formulir proposal penelitian poltekkes depkes mataram

POLA VARIASI GEN PENYANDI FAKTOR VIRULENSI ISOLAT KLINIK STREPTOCOCCUS
PNEUMONIAE YANG DIISOLASI DARI CSF, SWAB HIDUNG DAN LINGKUNGAN UDARA
DI KOTA MATARAM
Yunan Jiwintarum, Fihiruddin, I Gusti Putu Wilusantha
Abstract: Streptococcus pneumoniae is a major cause of pneumonia (60 - 80%), but can also cause sinusitis,
otitis media, mastoiditis, conjunctivitis, meningitis and endocarditis. Infection by the bacterium Streptococcus
pneumoniae occurs via the respiratory tract (respiratory route) after the colonization of the nasopharynx, the
bacteria penetrate the mucosal immune system and blood flow into the next peresisten in the lining of the brain
and Cerebro spinal fluid (CSF), which consequently can cause meningitis. The characteristics of serological
types of Streptococcus pneumoniae from CSF is 18.23, 4, 6, 9, 14, 33, 18, 23 type air environment and nasal
swab type 3, 18,14,4, 23. From each - each type is not known different types of DNA that determine the nature
of virulence. The purpose of this study was to determine the pattern of variation of gene encoding virulence
factors of Streptococcus pneumoniae clinical isolates were isolated from CSF, Nasal swab and Environmental
Air. The results of this study is to show the pattern of variation of gene encoding Virulence Factor of
Streptococcus pneumoniae clinical isolates were isolated from CSF, Nasal swab and Environmental Markets
Airport, Terminal and by using PCR (Polymerase Chain Reaction) is the same which identified the positive lytA
gene coding for virulence factors of N- Acetylmuramoyl - L - alanine amidase which determine the nature
Autolisis, virulence genes encoding type N- Neuraminidase encode virulence factors and virulence genes coding
for a type of encode Pneumococcal Surface Protein A resulted pneumolisin. Further investigation is needed to
know the genotyping of the gene variation - gene using specific primers for genotyping and analysis of DNA
encoding squencing virulence, so it can be used to determine the dendogram and pylogenetik dominant local
strains of Streptococcus pneumoniae genome back packing in preparation for recombinant protein candidates for
vaccine manufacture and diagnostic kits using local antigens.
Kata Kunci: Pola Variasi Gen, Streptococcus pneumoniae, CSF, Swab Hidung, Lingkungan Udara.
dini dapat menyembuhkan infeksi oleh bakteri ini.
LATAR BELAKANG
bakteri
Bakteri ini sudah mulai resisten terhadap antibiotika
berbentuk diplococcus seperti lancet, berkapsul, tidak
tetrasiklin, eritromisin, dan linkomisin (Shulman
berspora, tidak bergerak dan bersifat Gram +.
ST,et
Koloninya jernih kecil–kecil dan membentuk alfa
merupakan penyebab utama dari pneumoniae (60–
haemolisa bila ditumbuhkan pada media BAP. Uji
80%), tetapi juga dapat menyebabkan sinusitis, otitis
kelarutan empedu positip, katalase negatip, uji
media, mastoiditis, conjunctivitis, meningitis, dan
pembengkakan kapsul positip, uji optuchin positip.
endocarditis (Brooks GF,et. al, 2001).
Streptococcus
pneumoniae
pneumolisin.
Karena
pneumococcus
1994).
Infeksi
Banyak menghasilkan enzim seperti streptokinase,
streptodornase, hiakuronidase, hemolisin,
al,
pneumoniae
dan
Streptococcus
oleh
bakteri
pneumoniae
Streptococcus
terjadi melalui jalan saluran napas
(Respiratory route) setelah terjadi kolonisasi di
sensitif
dalam
terhadap banyak obat anti jasad renik, pengobatan
nasofaring,
bakteri
menembus
sistem
__________________________________________________________________________________________
Yunan Jiwintarum, Fihiruddin, I Gusti Putu Wilusantha: Analis Kesehatan Poltekkes Kemenkes Mataram, Jl.Prabu Rangkasari Dasan
Cermen Matram
708
JURNAL KESEHATAN PRIMA VOL. 5 NO.1, FEBRUARI 2011
kekebalan mukosa dan masuk ke dalam aliran darah
yang menentukan sifat virulensinya. Perbedaan tipe
yang selanjutnya peresisten di selaput otak dan
DNA dapat diketahui dengan metode pemerksaan
Cerebro
PCR. Polymerase chain reaction (PCR) dipakai
Spinal
Fluid
(CSF)
yang
dapat
menyebabkan meningitis (Howard et al, 1994).
Untuk
menentukan
serotype
untuk melipatgandakan DNA/RNA in vitro secara
dari
ensimatis
dengan
adanya
ensim
polimerase
Streptococcus pneumoniae digunakan metode kultur
termostabil di dalam suatu mesin pengubah suhu
untuk menumbuhkan Streptococcus pneumoniae
(thermo cycler) (White et. al, 1993; Purwanta dkk.,
dengan media BAP dan inkubator CO2 yang relatif
1999).
biaya kultur mahal dan metode test yang sebenarnya
sudah
dalam waktu singkat, selain itu dapat membantu para
pembacaannya membutuhkan mikroskop flourensen
klinisi dan ahli
dan mikroskop medan gelap sehingga jarang
diagnosis kasus-kasus penyakit infeksi yang sulit
laboratorium di Indonesia mengerjakannya. Sekarang
dengan tepat, sehingga dapat dilakukan tindakan
berkembang test penentuan serotyping menggunakan
pengobatan dan pencegahan yang spesifik secara
antisera panel dari Streptococcus pneumoniae yang
dini. PCR mampu mendeteksi 1-5 copy DNA ( ≤ 10
sensitif dapat menentukan type dari bakteri ini, tetapi
3
kelemahan dari diagnostik ini apabila antigen kurang
cukup sederhana dan memiliki sensitifitas dan
CFU/ml,
hasilnya
test
bisa
atau
untuk
pembengkakan kapsul, tetapi karena test ini dalam
3
Quellung
digunakan
mengamplifikasi fragmen DNA secara eksponensial
10
yaitu
dapat
test
dari
lama
PCR
negatif.
epidemiologi untuk menegakkan
CFU/ml atau < 2,5 –3,5 ug DNA), tahapan kerja
spesifisitas yang tinggi (94-100%) (Cherian et al,
Streptococcus pneumoniae terdiri atas 12 tipe
1998).
penting yaitu tipe 3 ,4 ,6 ,9, 11, 14, 15, 18, 19, 22,
Dengan mengetahui data tentang perbedaan
23, dan 33. Yang sering menyebabkan infeksi
tipe DNA yang menentukan virulensi dari masing –
meningitis pada individu yang masih muda (bayi)
masing
adalah tipe 6, 14, 18, 19, dan 23. Selain dari sifat–
menggunakan
sifat
spesifisitas dan sensitifitas
tersebut
di
atas
sifat
terhadap
serotipe
tersebut
metode
PCR
secara
molekuler
yang
memiliki
yang tinggi maka
ethyhydrocuprieme Hydrochloride (Optuchin test)
diharapkan dapat digunakan untuk membuat kit–kit
dimana akan terjadi lisis pada sel Streptococcus
diagnostik yang lebih selektif sesuai dengan serotype
pneumoniae (Cherian T, et. al, 1998; Joklik WK et.
dan tipe DNA virulensinya. Oleh karena itu perlu
al, 1992).
dilakukan penelitian mengenai “Pola Variasi Gen
Hasil penelitian Diarti MW dkk. tahun 2004
menyatakan
Penyandi
Faktor
Virulensi
isolat
klinik
bahwa karakteristik serologi dari
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
Streptococcus pneumoniae dari CSF adalah tipe 18,
Swab Hidung dan Lingkungan Udara.” Rumusan
23; lingkungan udara tipe 4, 6, 9, 14, 33, 18, 23; dan
masalah dalam penelitian ini adalah bagaimanakah
Swab hidung tipe 3, 18, 14, 4, 23. Dari masing –
bentuk pola variasi gen penyandi faktor virulensi
masing tipe ini belum diketahui perbedaan tipe DNA
isolat klinik Streptococcus
709
pneumoniae
yang
Jiwintarum, Pola Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi Isolat Klinik Streptococcus Pneumoniae
diisolasi dari CSF, Swab Hidung dan Lingkungan
Cara Pengumpulan Data
Udara yang berkaitan dengan sifat virulensi dari
Data
primer
isolat
Streptococcus
masing – masing serotipe Streptococcus pneumoniae
pneumoniae yang diisolasi dari lingkungan udara
secara
PCR?
didapatkan dengan melakukan kultur Streptococcus
Sedangkan tujuannya adalah untuk mengetahui pola
pneumoniae menggunakan metode konvensional.
variasi gen penyandi faktor virulensi isolat klinik
Sedangkan Data sekunder isolat Streptococcus
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
pneumoniae yang diisolasi dari sampel CSF dan
Swab Hidung dan Lingkungan Udara.
Swab hidung di dapatkan dari koleksi laboratorium
molekuler
menggunakan
metode
Mikrobiologi Insthalasi Litbang Rumah Sakit Umum
METODE PENELITIAN
Penelitian
ini
Provinsi NTB. Data mengenai Pola Variasi Gen
merupakan
penelitian
Penyandi
eksploratorik laboratorium yaitu mempelajari dan
Virulensi
dari
serotype–serotype
Virulensi
isolat
klinik
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
memberikan gambaran mengenai karakteristik tipe
DNA
Faktor
swab hidung, dan lingkungan udara pasar, terminal,
isolat
dan rumah sakit diperoleh dengan melakukan analisa
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
molekuler PCR dengan 3 pasang primer yang
Swab hidung dan Lingkungan udara pasar, terminal
berbeda yaitu:
dan rumah sakit dengan menggunakan metode PCR.
Sampel yang digunakan dalam penelitian ini: Isolat
Lyt A1 5’ GTC GGC GTG CAA CCA TAT
Streptococcus
AGG CAA 3’ 413 bp
pneumoniae dari lingkungan udara
pasar, terminal, dan rumah sakit (data primer) dan
Lyt A2 5’ GGA TAA GGG TCA ACG TGG
isolat klinik Streptococcus
TCT GAG 3’
pneumoniae dari CSF
dan Swab hidung (data sekunder) didapatkan dari
nanAup 5’ TCA ACT TTC GGG GGA GAG C 3’
isolat klinik koleksi laboratorium Mikrobiologi
nanAdn 5’ TGG AGC GAA TTA TAG GCA AAC
Insthalasi Litbang Rumah Sakit Umum Provinsi
T3’
NTB.
pspAup 5’ AAA GAG ATT GAT GAG TCT GA
3’
Bahan Penelitian
pspAdn 5’ TTA AAC CCA TTC ACC ATT GG
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini:
Isolat Streptococcus
3’
pneumoniae dari lingkungan
udara pasar, terminal, dan rumah sakit (data primer)
dan isolat klinik Streptococcus
Isolasi Bakteri Streptococcus pneumoniae dari
Lingkungan Udara
pneurmoniae dari
Kultur
CSF dan Swab hidung (data sekunder) didapatkan
primer
bakteri
Streptococcus
pneumoniae dari lingkungan udara pasar, lingkungan
dari isolat klinik koleksi laboratorium Mikrobiologi
udara terminal, dan lingkungan udara rumah sakit).
Insthalasi Litbang Rumah Sakit Umum Provinsi
Lokasi yang diambil sampel udaranya adalah: Lokasi
NTB.
Terminal: Terminal Mandalika (1 Lokasi), Lokasi
710
JURNAL KESEHATAN PRIMA VOL. 5 NO.1, FEBRUARI 2011
Pasar: Pasar Pagesangan, Pasar Mandalika, Pasar
yang
Kebon Roek, Pasar Sindu, dan Pasar Cakranegara (5
pneumoniae menggunakan reagen kit Meningitis–
lokasi), Lokasi Rumah Sakit Umum Provinsi NTB:
slide (Bio–merieux) yang berisi 5 panel aglutinasi
Ruang tunggu pasien poli paru, poli penyakit dalam,
yaitu
lorong poli, dan lorong pengunjung pasien (4 lokasi).
pneumoniae, E. coli, Neisseria meningitidis tipe A,
Masing–masing
dan Neisseria meningitidis tipe B.
lokasi diambil 3 titik pada jam
yang sama dengan jarak setiap titik ±
positip
Haemophilus
Dilakukan uji Serotyping
pada media BAP (Blood Agar Darah) dengan
menggunakan
panel antisera S.pneumoniae (Staten Serum Institut
menggunakan darah domba 10% dan ditambahkan
untuk
Streptococcus
Uji Serotyping Menggunakan Panel Antisera
Streptococcus pneumoniae
sampel (30 media isolasi). Kultur primer dilakukan
isovitalex
influenzae,
Streptococcus
2 meter,
sehingga jumlah sampel 3 titik x 10 lokasi = 30
suplement
teridentifikasi
Swiss), dimana masing – masing tipe/group antisera
menyuburkan
telah dilekatkan pada permukaan lateks. Dengan
pertumbuhan bakteri Streptococcus pneumoniae.
menggunakan panel antisera ini akan diketahui
Inkubasi dilakukan selama 24 jam pada inkubator
serotipe maupun untype dari S.pneumoniae, terhadap
CO2 10% karena bakteri ini bersifat mikroaerofilik.
sampel Streptococcus pneumoniae hasil pemurnian
Pemurniaan dari bakteri ini juga dilakukan dengan
dari kultur lingkungan udara pasar, terminal, dan
menggunakan BAP + Isovitalex.
rumah
sakit
yang
positip
teridentifikasi
Streptococcus pneumoniae menggunakan reagen kit
Sub Kultur Isolat Streptococcus pneumoniae.
Meningitis–slide (Bio–merieux).
Sub kultur isolat Streptococcus pneumoniae
yang merupakan koleksi Unit Riset Biomedik RSUP
Uji Tipe Dna Virulensi dengan Metode Pcr
Tahapan Kegiatan untuk Memperoleh Data Pola
Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi Isolat
Klinik Streptococcus pneumoniae yang Diisolasi
dari Csf, Swab Hidung, dan Lingkungan Udara
Pasar, Terminal, dan Rumah Sakit
NTB yang berasal dari CSF dan lingkungan udara
dengan masing – masing isolat 10 isolat yang sudah
teridentifikasi serotypenya. Sub kultur di lakukan
pada media BAP + Isovitalex, inkubasi dilakukan
selama 2 x 24 jam pada inkubator CO2 10 % karena
1. Ekstraksi DNA
bakteri ini bersifat mikroaerofilik.
Ekstraksi DNA isolat klinik Streptococcus
pneumoniae yang diisolasi dari CSF, swab hidung,
Test Agglutinasi Latex Streptococcus pneumoniae
Menggunakan Reagen Kit Meningitis–Slide ( BioMerieux ) dan Uji Serotyping Menggunakan Panel
Antisera Streptococcus Pneumoniae dari Sample
Lingkungan Udara Terminal, Pasar, dan Rumah
Sakit
dan lingkungan udara pasar, terminal, dan rumah
sakit dilakukan menggunakan reagen trizol. Suspensi
isolat Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari
CSF,
Dilakukan uji aglutinasi latex dari bakteri
swab hidung, dan lingkungan udara pasar,
terminal,
Streptococcus pneumonia hasil pemurnian dari kultur
dan
rumah
sakit
menggunakan regen Trizol.
lingkungan udara pasar, terminal, dan rumah sakit
711
dilakukan
dengan
Jiwintarum, Pola Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi Isolat Klinik Streptococcus Pneumoniae
(berlangsung sampai 35 siklus) tahap terakhir siklus
2. Amplifikasi DNA
untuk
diperpanjang 1 step elongasi 72oC selama 4 menit
mendeteksi adanya gen spesifik pengkode faktor
untuk memberi kesempatan proses elongasi berjalan
virulensi. Reaksi amplifikasi dilakukan pada 50 µl
dengan sempurna dan 1 step 20oC overwait menjaga
menggunakan PCR core Invitrogen. Pasangan primer
amplikon tetap stabil walaupun ditinggal 24 jam.
yang digunakan adalah:
Produk
Lyt A1 5’ GTC GGC GTG CAA CCA TAT
menggunakan
AGG CAA 3’
menggunakan penyelator ethidium bromida dan
Lyt A2 5’ GGA TAA GGG TCA ACG TGG
dibaca di bawah sinar ultra violet (Alberts B et. al,
TCT GAG 3’
1989; Bej AK et. al, 1991).
Amplifikasi
DNA
dilakukan
PCR
(hasil
amplifikasi)
elektroforesis
gel
dianalisis
agarose
2%
nanAup 5’ TCA ACT TTC GGG GGA GAG C 3’
Analisis Data
nanAdn 5’ TGG AGC GAA TTA TAG GCA AAC
Data mengenai pola variasi gen penyandi
T3’
pspAup 5’ AAA GAG ATT GAT GAG TCT GA
faktor
3’
pneumoniae yang diisolasi dari CSF, swab hidung,
pspAdn 5’ TTA AAC CCA TTC ACC ATT GG
dan lingkungan udara pasar, terminal, dan rumah
3’
sakit dianalisa secara deskriptif.
(Whatmore et. al, 1999).
virulensi
isolat klinik Streptococcus
HASIL DAN PEMBAHASAN PENELITIAN
Hasil Kultur Primer Streptococcus Pneumoniae
yang Berasal dari Lingkungan Udara Pasar,
Terminal, dan Rumah Sakit
Campuran reagen mix PCR core system
(Promega) dengan komposisi campuran adalah:
ddH20 30,75 ul Buffer ( - ) Mg 5 ul, MgCl2 3 ul,
Hasil
kultur
primer
Streptococcus
dNTP 1 ul, Forward Primer 2,5 ul, Reverse Primer
pneumoniae yang berasal dari lingkungan
2,5 ul, Taq Polimerase 0,25 ul, Templete 5 ul,ingá
pasar, terminal, dan rumah sakit yang positip
total
teridentifikasi
volumenya
menjadi
50
ul.
Pelaksanaan
adanya
bakteri
udara
Streptococcus
pencampuran bahan–bahan tersebut dilakukan dalam
pneumoniae
adalah
box pendingin supaya DNA dan enzim yang
Pagesangan,
lingkungan
digunakan tidak rusak (Promega, 2000).
lingkungan udara Pasar Kebon Roek, dan lingkungan
lingkungan
udara
udara
Pasar
Pasar
Shindu,
udara Rumah Sakit ruang tunggu pasien poli paru
3. Amplifikasi dan visualisasi DNA.
dan lingkungan ruang tunggu pasien poli penyakit
Kondisi PCR dalam amplifikasi ini yaitu:
Temperatur pre denaturasi
dalam. Hasil positip ini dipengaruhi oleh beberapa
94oC selama 4 menit,
faktor antara lain adalah banyaknya pengunjung
setiap siklus terdiri dari: Denaturasi ( pemisahan
pasien, karena pengambilan sampel dilaksanakan
DNA ) 92oC selama 1 menit, Annealing (penempelan
primer) 58oC selama 1 menit,
(pemanjangan DNA)
72
pada hari Senin dan Selasa saat pengunjung ramai.
Elongasi/Ekstensi
Faktor lainnya adalah pasien yang datang berobat di
o
C selama 1 menit
712
JURNAL KESEHATAN PRIMA VOL. 5 NO.1, FEBRUARI 2011
poli penyakit paru rata–rata tidak menggunakan
transportasi yang lebih padat bila dibandingkan
masker sehingga droplet, batuk, dan dahak yang
dengan lingkungan pasar lainnya.
dikeluarkan pada saat menunggu giliran pemeriksaan
Hasil
Uji
Latex
Aglutinasi
Serotyping
Streptococcus Pneumoniae dari Csf Dan Swab
Hidung
serta Test Agglutinasi Latex
Streptococcus Pneumoniae Menggunakan Reagen
Kit Meningitis-Slide (Bio-Merieux)
akan tersebar di udara ruang tunggu pasien yang
rata–rata menunjukkan gejala klinis batuk, sesak, dan
influenza.
Faktor
teridentifikasinya
yang
Streptococcus
menyebabkan
pneumoniae
di
Hasil uji serotyping isolat Streptococcus
ruang tunggu pasien poli penyakit dalam disebabkan
pneumoniae
tersebarnya udara dari ruang tunggu pasien poli paru,
14,
Hal ini juga menyebabkan penyebaran keberadaan
Hal
ini
sesuai
penting
dengan
dalam
yang
(bayi) adalah tipe 6, 14, 18, 19, dan 23. Uji aglutinasi
latex dari bakteri Streptococcus pneumonia hasil
disebabkan oleh banyaknya transaksi pedagang dan
pemurnian dari kultur lingkungan udara pasar,
pembeli, lokasinya yang dekat dengan jalan raya,
terminal, dan rumah sakit yang positip teridentifikasi
banyak aktivitas transportasi terutama transportasi
Streptococcus
menggunakan kendaraan tradisional seperti cidomo
pneumoniae
dilakukan
dengan
menggunakan reagen kit Meningitis– slide (Bio–
yang penariknya menggunakan jasa kuda membuat
merieux) yang berisi 5 panel aglutinasi yaitu
polusi udara oleh bahan biologi semakin tinggi.
Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae,
Faktor–faktor ini dapat mengkontaminasi udara,
E. coli, Neisseria meningitidis tipe A dan Neisseria
droplet, dan aktivitas batuk dari pada pengunjung
meningitidis tipe B. Uji serotyping
pasar membuat kemungkinan besar terdapatnya
menggunakan
panel antisera Streptococcus pneumoniae (Staten
bakteri Streptococcus pneumoniae di lingkungan
Serum
udara pasar. Sedangkan hasil negatif didapatkan di
Institut
Swiss),
dimana
masing–masing
tipe/group antisera telah dilekatkan pada permukaan
pasar Mandalika, Terminal Mandalika, dan Pasar
lateks. Dengan menggunakan panel antisera ini akan
tidak
pneumoniae
tipe
infeksi meningitis pada individu yang masih muda
Pagesangan, Pasar Sindu, dan Pasar Kebon Roek
Streptococcus
menunjukkan
Streptococcus
15, 18, 19, 22, 23, dan 33. Yang sering menyebabkan
Streptococcus pneumoniae di lingkungan udara Pasar
teridentifikasinya
dari
terdapat 12 tipe penting yaitu tipe 3, 4, 6, 9, 11, 14,
yang terkontaminasi. Hasil positif teridentifikasinya
penyebab
Serotyping
dikemukakan Brooks et. al pada tahun 2001, bahwa
terjadinya
penularan Streptococcus pneumoniae melalui udara
Faktor
4.
patogenitasnya.
pengantar pasien rata–rata tidak menggunakan
Cakranegara.
dan
pneumoniae
bakteri Streptococcus pneumoniae. Pasien dan
memungkinkan
antisera
sample CSF dan Swab Hidung adalah tipe 23, 18, 3,
berdekatan dengan ruang tunggu pasien poli paru.
sehingga
panel
Streptococcus pneumoniae yang di sub kultur dari
karena letak ruang tunggu pasien poli penyakit dalam
masker
menggunakan
diketahui serotipe maupun untype dari Streptococcus
di
pneumoniae,
Terminal Mandalika disebabkan faktor polusi gas
terhadap
sampel
Streptococcus
pneumoniae hasil pemurnian dari kultur lingkungan
karbon monoksida (CO) yang tinggi dari aktifitas
713
Jiwintarum, Pola Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi Isolat Klinik Streptococcus Pneumoniae
udara pasar, terminal, dan rumah sakit yang positip
patogenitas Streptococcus pneumoniae. Hal ini
teridentifikasi
pneumoniae
sesuai dengan hasil penelitian Diarti M.W. dkk.
menggunakan reagen kit Meningitis–slide (Bio–
tahun 2004 menyatakan bahwa karakteristik serologi
merieux).
variasi
dari Streptococcus pneumoniae dari CSF adalah tipe
serotype/terdapat kesamaan serotyping dari bakteri
18, 23, lingkungan udara tipe 4, 6, 9, 14, 33, 18, 23
Streptococcus
masing–masing
dan Swab hidung tipe 3, 18, 14, 4, 23. Dari masing–
isolat yang diisolasi dari sampel lingkungan udara
masing tipe ini menurut Brooks et al pada tahun
terutama tipe 18 dan 14. Lingkungan udara Pasar
2001, bahwa terdapat 12 tipe penting yaitu tipe 3, 4,
Pagesangan
Streptococcus
6, 9, 11, 14, 15, 18, 19, 22, 23, dan 33. Yang sering
pneumoniae tipe 18 dan 14, lingkungan udara Pasar
menyebabkan infeksi meningitis pada individu yang
Sindu teridentifikasi Streptococcus pneumoniae 3,
masih muda (bayi) adalah tipe 6, 14, 18, 19, dan 23.
Streptococcus
Hasil
tidak
pneumoniae
adanya
dari
teridentifikasi
18, dan 14, lingkungan udara Pasar Kebon Roek
Hasil Uji Pola DNA Variasi Gen Penyandi Faktor
Virulensi
Isolat
Klinik
Streptococcus
Pneumoniae yang Diisolasi dari Csf, Swab
Hidung dan Lingkungan Udara dengan Metode
PCR
teridentifikasi Streptococcus pneumoniae 3, 18, dan
14, lingkungan udara Rumah Sakit ruang tunggu
pasien
poli
penyakit
Paru
teridentifikasi
Streptococcus pneumoniae tipe 3, 18, dan 14 dan
Hasil pola variasi gen penyandi faktor
lingkungan udara Rumah Sakit ruang tunggu pasien
virulensi isolat klinik Streptococcus
poli penyakit dalam teridentifikasi Streptococcus
pneumoniae
tipe
14,
4,
dan
14.
yang diisolasi dari CSF,
Tipe–tipe
menggunakan metode PCR dengan primer yang
lingkungan udara pasar dan Rumah Sakit termasuk
yang
penting
lyt A1
dalam
virulensi
2
3
413 bp
Faktor
pspA adalah sebagai berikut:
4
5
6
7
8
\
Pola DNA Variasi Gen Penyandi
Virulensi
413 bp
5’ GGA TAA GGG TCA ACG TGG TCT GAG 3’
1
Keterangan:
dapat mendeteksi adanya gen lytA, gen nanA dan
dan
5’ GTC GGC GTG CAA CCA TAT AGG CAA 3’
lyt A2
Swab Hidung dan
Lingkungan Udara pasar, terminal dan rumah sakit
Streptococcus pneumoniae yang teridentifikasi dari
tipe–tipe
pneumoniae
pneumoniae yang diisolasi dari CSF, Swab Hidung
isolat klinik Streptococcus
dan
714
Lingkungan
Udara
dengan
metode
PCR
JURNAL KESEHATAN PRIMA VOL. 5 NO.1, FEBRUARI 2011
menggunakan primer gen lytA. Lanes 1: Kontrol
yaitu adanya gen penyandi tipe virulensi lyt A1 dan
negatif, Lanes 2: Streptococcus
pneumoniae
lyt A2. N-Acetylmuramoyl –L– Alanine amidase
Lanes 3:
dikode oleh gen lytA. Gen lyt A1 dan lyt A2
lingkungan udara Pasar Pagesangan,
Streptococcus pneumoniae lingkungan udara Pasar
merupakan
Sindu, Lanes 4: Streptococcus
pneumoniae
Acetylmuramoyl - L– Alanine amidase atau amidase
lingkungan udara Pasar Kebon Roek, Lanes 5:
muramil L – alanin yang menentukan sifat Autolisis
Marker DNA ladder,
dari
Lanes 6: Streptococcus
gen
penyandi
Streptococcus
faktor
pneumoniae
virulensi
sehingga
N-
sulit
pneumoniae lingkungan udara Rumah Sakit, Lanes 7:
dipertahankan dalam biakan invitro. Enzim N-
Streptococcus
pneumoniae
Acetylmuramoyl – L – Alanine amidase diaktifkan
Streptococcus
pneumoniae swab hidung. Produk
CSF,
Lanes
8:
oleh
bermacam–macam
rangsangan
termasuk
PCR menunjukkan hasil adanya kesamaan Pola
empedu, yang merupakan dasar dari kelarutan
Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi isolat klinik
empedu dan membedakan Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
dari bakteri α- haemolitikus lainnya (Shulman, 1994;
swab hidung, dan lingkungan udara di Kota Mataram
Brooks GF, Janet SB, and Stephen AM, 2001).
nanAup 5’ TCA ACT TTC GGG GGA GAG C 3’
480 bp
nanAdn 5’ TGG AGC GAA TTA TAG GCA AAC T3’
1 2 3 4 5 6
7
8 9 10 11 12 13 14 15
2000 bp
1200 bp
800 bp
480 bp
400 bp
200 bp
Keterangan : Pola DNA Variasi Gen Penyandi
pneumoniae lingkungan udara Pasar Kebon Roek,
Faktor
isolat klinik Streptococcus
Lanes 6: Loading buffer, Lanes 7: Streptococcus
pneumoniae yang diisolasi dari CSF, Swab Hidung
pneumoniae lingkungan udara Rumah Sakit, Lanes
dan
8: Streptococcus
Virulensi
Lingkungan
Udara
dengan
metode
PCR
pneumoniae
CSF 1, Lanes 9:
menggunakan primer gen nanA. Lanes 1: Marker,
Streptococcus pneumoniae Swab Hidung 1, Lanes
Lanes 2: Kontrol Negatif, Lanes 3: Streptococcus
10: Streptococcus
pneumoniae
Streptococcus pneumoniae Swab Hidung 2, Lanes
lingkungan udara Pasar Pagesangan,
Lanes 4: Streptococcus
udara
Pasar
Sindu,
pneumoniae lingkungan
Lanes
5:
pneumoniae CSF 2, Lanes 11:
12: Tidak ada sampel, Lanes 13: Tidak ada sampel,
Streptococcus
Lanes 14: Tidak ada sampel, Lanes 15: Tidak ada
715
Jiwintarum, Pola Variasi Gen Penyandi Faktor Virulensi Isolat Klinik Streptococcus Pneumoniae
sampel. Produk PCR menunjukkan hasil adanya
penyandi tipe virulensi nanA yang menyandi faktor
kesamaan Pola Variasi Gen Penyandi Faktor
virulensi Neuraminidase. Neuraminidase merupakan
Virulensi isolat klinik Streptococcus
pneumoniae
komponen protein permukaan bakteri yang berfungsi
Swab Hidung, dan
untuk melepas partikel bakteri dari sel yang telah
yang diisolasi dari CSF,
lingkungan udara di Kota Mataram yaitu adanya gen
dilekatinya (Shulman, 1994).
pspAup 5’ AAA GAG ATT GAT GAG TCT GA 3’ 420 bp
pspAdn 5’ TTA AAC CCA TTC ACC ATT GG 3’
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11
12
13 14 15
420 bp
Keterangan: Pola DNA Variasi Gen Penyandi
Tidak ada sampel,
Lanes 14: Tidak ada sampel,
Faktor
Lanes
ada
Virulensi
isolat klinik Streptococcus
15:
Tidak
sampel.
Produk
PCR
pneumoniae yang diisolasi dari CSF, Swab Hidung
menunjukkan hasil adanya kesamaan Pola Variasi
dan
Gen Penyandi Faktor
lingkungan
menggunakan
udara
primer
dengan
gen
metode
pspA.
Lanes
PCR
Virulensi
isolat klinik
1:
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
Streptococcus pneumoniae lingkungan udara Pasar
Swab Hidung, dan lingkungan udara di Kota
Pagesangan 1, Lanes 2: Streptococcus
Mataram yaitu adanya gen penyandi tipe virulensi
pneumoniae
lingkungan udara Pasar Pagesangan 2, Lanes 3
pspA
Streptococcus pneumoniae lingkungan udara Pasar
Surface
Kebon Roek, Lanes 4:Streptococcus
(Whatmore et al,1999).
lingkungan
udara
Pasar
Sindu,
pneumoniae
Lanes
lingkungan udara Rumah Sakit 2,
menyandi/mengkode
Protein
A
Pneumococcal
menghasilkan
pneumolisin
5:
KESIMPULAN
Streptococcus pneumoniae lingkungan udara Rumah
Sakit 1, Lanes 6: Streptococcus
yang
Tipe
pneumoniae
DNA
virulensi
serotype
isolat
Streptococcus pneumoniae yang diisolasi dari CSF,
Lanes 7:
Swab hidung dan lingkungan udara teridentifikasi
Streptococcus pneumoniae Swab Hidung, Lanes 8:
positip adalah gen lytA penyandi faktor virulensi N-
Streptococcus pneumoniae CSF, Lanes 9: Marker,
Acetylmuramoyl – L – Alanine amidase yang
Lanes 10: Tidak ada sampel, Lanes 11: Tidak ada
menentukan sifat Autolisis, gen penyandi tipe
sampel, Lanes 12: Tidak ada sampel, Lanes 13:
716
JURNAL KESEHATAN PRIMA VOL. 5 NO.1, FEBRUARI 2011
virulensi nanA yang menyandi faktor virulensi
Microbiology. Second edition, St. Louis:
Mosby-Year Book Inc., 1994, pp. 289-296.
Neuraminidase dan gen penyandi tipe virulensi pspA
Joklik WK, Willett HP, Amos DB, Wilfert CM.
Zinsser Microbiology. 20th Ed., California:
Appleton & Lange, 1992, pp. 445-450, 461
– 469.
yang menyandi/mengkode Pneumococcal Surface
Protein A menghasilkan pneumolisin.
Shulman ST, Phair JP, Sommers HM. Dasar Biologis
dan Klinis Penyakit Infeksi. Edisi ke empat,
penerjemah Wahab AS, Jogyakarta: Gadjah
Mada University Press, 1994, hlm 362-393.
DAFTAR PUSTAKA
Alberts B, Bray D, Lewis J, Raff M, Roberts K and
Watson JD. Molecular Biology of The Cell.
2nd ed., New York, Garland, 1989, pp. 95107.
Promega. Polymerase Chain Reaction (PCR) Core
System Manual. Technical Bulletin.
Madison
USA: Promega Corporation,
2000, pp. 1-11.
Bej AK, Mahbubani MH, Atlas RM. Amplification
of Nucleic Acids by Polymerase Chain
Reaction (PCR) and Other Methods and
Their Applications. Critical Reviews in
Biochemistry and Molecular Biology, 1991,
26 (3/4): 301-334.
Brooks
Purwanta M, Lusida MI, Handajani R.
Polymerase Chain Reaction. dalam:
Suhartono
TP.
Biologi
Molekuler
Kedokteran. Surabaya: Airlangga University
Press, 1999, hlm. 150-166.
GF, Janet SB, and Stephen AM.
Mikrobiologi Kedokteran. Diterjemahkan
oleh Staf Mikrobiologi FK Unair. Ed. 1,
Jakarta: Penerbit Salemba Medika, 2001,
hlm 395–399, 429-431.
White TJ, Madej R, Persing DH. The Polymerase
Chain Reaction: Clinical Applications.
Advances in Clinical Chemistry, 1993, 29:
161-196.
Cherian T, Lalitha MK, Anand M. Polymerase Chain
Reaction and Enzyme Immuno Assay (EIA)
For The Detection Of Streptococcus
pneumoniae DNA in Cerebrospinal Fluid
Sample from Patien with Cultur Negative
Meningitis. Journal Clin Microbiology,
1998, pp. 3-10.
Whatmore,AM., King,SJ., Doherty,SC Sturgeon et.
al., Molecular Characterization of Equine
Isolate of Streptococcus Pneumoniae:
Natural Discruption Of Genes Encoding
The Virulence Factors Pneumolysin and
Autolysin. Infect immun. 1999, June.67
(6):2776-2782.
Howard BJ, Keiser JF, Smith TF, Weissfeld AS,
Tilton RC. Clinical and Pathogenic
717