Sejarah Klasifikasi dan Perkembangan Taksonomi Tumbuhan

Modul 1
Sejarah Klasifikasi dan Perkembangan
Taksonomi Tumbuhan
Dr. Sri Sudarmiyati Tjitrosoedirdjo, M.Sc.
Dr. Ir. Tatik Chikmawati, M.Si.
PE NDAHUL UA N
S
alah satu cara untuk lebih memahami dan mendalami taksonomi
tumbuhan adalah dengan mempelajari awal perkembangannya pada masa
lampau hingga keadaan mutakhir. Sejarah klasifikasi tumbuhan adalah salah
satu subjek yang perlu dipelajari. Dengan mempelajari sejarah dapat
dipahami dan diketahui siapa-siapa yang berjasa mengembangkannya,
bagaimana ide dan alasan mereka dalam membuat klasifikasi.
Apabila kita mempelajari taksonomi tumbuhan untuk pertama kali tentu
akan terkejut dengan banyaknya sistem klasifikasi. Sistem klasifikasi
tumbuhan ini berkembang menurut jamannya. Sistem-sistem yang ada terus
berkembang mengalami perubahan, perbaikan, atau segera dibuang sama
sekali setelah diperoleh data dan pengetahuan baru yang lebih sempurna.
Perkembangan dan kemajuan ilmu botani akan mempengaruhi corak dan
sistem klasifikasi yang akan dianut orang pada masa-masa tertentu.
Sebenarnya klasifikasi yang banyak dipakai sehari-hari adalah
menggolongkan tumbuhan berdasarkan sifat-sifat yang berguna bagi manusia
misalnya tanaman obat, rempah, serat, palawija, gulma dan sebagainya.
Sistem klasifikasi yang paling awal muncul adalah sistem klasifikasi
berdasarkan perawakan atau habitus, kemudian digantikan dengan sistem
numerik, dilanjutkan dengan sistem kekerabatan filogenetik. Pada masa
sekarang ini dengan pesatnya perkembangan teknologi, peralatan optik, dan
komputer berdampak pada pesatnya perkembangan ilmu taksonomi.
Demikian pula sejalan dengan perkembangan ilmu biologi molekuler sangat
mempengaruhi sistem klasifikasi modern.
Sistem klasifikasi dapat dikelompokkan menjadi 4 pendekatan, yaitu
klasifikasi buatan, alam, filogeni, dan molekuler. Kadang-kadang satu sama
1.2
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
lain saling bertautan sehingga batas perbedaannya cenderung tidak jelas.
Urut-urutan timbulnya sistem klasifikasi itu serta kesempurnaan ilmiah
sistem-sistem yang dihasilkannya sejalan dengan perkembangan botani
secara keseluruhan, jadi berhubungan erat dengan kemajuan pengetahuan
manusia tentang tumbuh-tumbuhan.
Sistem klasifikasi buatan hanya didasarkan pada satu atau dua ciri
morfologi yang mudah dilihat saja. Sistem klasifikasi seperti ini sekarang
sudah tidak terpakai lagi, sebab sudah tidak dapat mengimbangi kemajuan
dan perkembangan ilmu botani modern. Misalnya sistem klasifikasi
tumbuhan berdasarkan perawakan tumbuhan. Sistem klasifikasi alam, lebih
mencerminkan keadaan sebenarnya seperti yang terdapat di alam, dan
sifatnya serbaguna karena banyak pernyataan kekerabatan yang dimiliki
kesatuannya sehingga memiliki sifat-sifat yang dapat diramalkan. Sistem
klasifikasi filogenetik, menggunakan urutan klasifikasi yang menunjukkan
urutan filogeninya. Suatu takson anggota-anggotanya saling berkerabat erat
satu sama lain sebab berasal dari satu nenek moyang yang sama melalui suatu
proses evolusi. Yang dipakai dasar terutama hubungan kekerabatan dan sifat
primitif atau majunya suatu takson. Sejarah taksonomi tumbuhan diberikan
mulai dari awal perkembangannya hingga keadaan mutakhir.
Modul ini terbagi menjadi tiga kegiatan belajar, Kegiatan Belajar 1
membahas tentang Sejarah Klasifikasi Tumbuhan, Kegiatan Belajar 2
menguraikan tentang Dasar-dasar Taksonomi Tumbuhan, dan Kegiatan
Belajar 3 menjelaskan tentang Aktivitas Penelitian Taksonomi Tumbuhan.
Setelah mempelajari modul ini, secara umum Anda diharapkan dapat
menjelaskan perkembangan taksonomi tumbuhan, bermacam-macam
klasifikasi tumbuhan berikut orang-orang yang mengembangkannya.
Sedangkan secara khusus Anda diharapkan dapat menjelaskan:
1. Sejarah Klasifikasi Tumbuhan.
2. Dasar-dasar Taksonomi Tumbuhan.
3. Aktivitas Penelitian Taksonomi Tumbuhan.
1.3
 BIOL4311/MODUL 1
Kegiatan Belajar 1
Sejarah Klasifikasi Tumbuhan
P
erkembangan klasifikasi tumbuhan dapat dibedakan menjadi beberapa
periode, mulai dari periode klasifikasi yang sederhana, kemudian
diikuti dengan periode sesudah munculnya teori evolusi, dan akhir-akhir ini
periode pesatnya perkembangan klasifikasi molekuler.
A. PERIODE SISTEM KLASIFIKASI BERDASARKAN
PERAWAKAN
Sistem klasifikasi ini dikembangkan oleh orang-orang Yunani hingga
bertahan sampai 10 abad. Tumbuhan diklasifikasikan hanya berdasarkan
perawakannya: pohon, semak, herba dan tumbuhan pemanjat. Sampai dengan
pertengahan abad ke XVIII satu-satunya sistem klasifikasi yang dianut adalah
sistem klasifikasi buatan yang dibuat oleh Theophrastus (370-285) dan
dianggap sebagai bapak botani, ia adalah murid dari ahli filsafat terkenal
Aristoteles. Selain membedakan tumbuhan dari perawakannya, telah dikenal
pula daur hidupnya: semusim (annual), dua musim (biannual) atau tahunan
(perennial). Ia juga telah membedakan bunga majemuk tidak terbatas
(indeterminate) dan terbatas (determinate), serta perbedaan posisi ovarium.
Pada jamannya, Theophrastus bersahabat dengan Alexander de Great
yang banyak menaklukkan negara-negara jauh di belahan bumi sebelah timur
dan kemudian membawa tumbuhan yang sebelumnya tidak dikenal.
Tumbuhan ini kemudian ditulis oleh Theophrastus untuk pertama kalinya
seperti: kapas, lada, kayu manis, pisang dan lain sebagainya. Bukunya
Historia Plantarum secara garis besar berisi tentang pengklasifikasian dan
pembuatan pertelaan 480 jenis tumbuhan, buku ini dianggap sebagai tanda
dimulainya botani ilmiah dan sekaligus merupakan karya tertulis paling tua.
Sumbangan pemikiran Theophrastus sangat berarti, dia juga menelaah
perkecambahan biji dan pertumbuhan semai, serta menunjukkan bagaimana
biji-biji yang bermacam-macam itu berkecambah. Ia menyatakan bahwa akar
merupakan struktur pertama yang muncul dari semua proses perkecambahan
biji. Dia juga mengklasifikasikan daun-daun dan memperhatikan penataan
daun pada batang. Meskipun ia bekerja berabad-abad sebelum penemuan
alat-alat optik dan mikroskop, bagian dalam tumbuhan dipelajarinya dengan
1.4
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
cermat. Ia menunjukkan bahwa tidak semua bagian tumbuhan di bawah tanah
adalah akar, bagian itu dapat berupa umbi, kormus atau modifikasi lain dari
batang.
Theophrastus juga mengamati penyebaran tumbuhan dan kaitannya
dengan lingkungan, dengan demikian ia merupakan orang pertama yang
mempelajari dan mengembangkan geografi serta ekologi tumbuhan. Ia
memperhatikan bahwa angin, cahaya, naungan dan berdesakannya tumbuhan
mempengaruhi pertumbuhannya. Dapat dikatakan bahwa Theophrastuslah
yang meletakkan dasar secara kokoh untuk ilmu-ilmu lainnya.
Sejak masa kehidupan Theophrastus sampai abad ke-enam belas
sebenarnya tidak terdapat kemajuan yang berarti dalam klasifikasi tumbuhan.
Namun pada masa itu para herbalis, yakni tabib ahli tentang tumbuhan
berkhasiat yang mampu menyembuhkan penyakit terutama orang-orang
Jerman, Inggris, dan Italia, menunjukkan adanya kegiatan yang meningkat
dan meluas. Mereka melakukan penelitian terhadap penggunaan tumbuhan
secara praktis, terutama dipelajari tentang khasiatnya sebagai obat. Karya
tulis mereka sangat banyak berisi pertelaan tentang tumbuhan asli yang
mereka kenal maupun jenis-jenis tumbuhan pendatang lainnya. Beberapa ahli
berpendapat bahwa botani modern dimulai dari usaha para herbalis untuk
menemukan dan mempelajari tumbuhan berkhasiat obat.
Di belahan dunia lainnya selain Eropa-pun berkembang juga
pengetahuan tentang botani khususnya yang berkaitan dengan tumbuhan
berkhasiat obat. Dapat dicatat pengetahuan tentang tanaman obat di China
dan India telah cukup maju dan terdata secara tertulis. Demikian pula di
Timur Tengah para ilmuwan seperti Ibnu Sina telah menulis karya besar
Canon Medicine.
Pada abad pertengahan dan abad-abad berikutnya kemudian muncul
nama-nama ahli sistematika tumbuhan di Eropa terutama di Jerman, Belanda,
Inggris dan Belgia. Albertus Magnus (1192-11280), telah mengenal
perbedaan struktur batang, selain itu juga telah membedakan tumbuhan
dikotil dan monokotil, tumbuhan berpembuluh dan tidak. Pada jamannya
telah digunakan lensa sederhana untuk mengamati tumbuhan dan secara garis
besar konsep Theophrastus dapat diterimanya. Otto Brunsfels (1464-1534)
merupakan ilmuwan yang pertama kali menggolongkan perfecti dan
imperfecti, penggolongan tumbuhan berdasarkan ada tidaknya bunga dan
yang pertama kali mengemukakan konsep marga (genus). Dia pula yang
pertama kali menghasilkan gambar ilustrasi dari tumbuhan herba yang
 BIOL4311/MODUL 1
1.5
sebagian besar dibuat berdasarkan material dari pekerjaan Theophrastus,
Dioscorides dan Plinius.
Para herbalis periode 1500-1580 kebanyakan mempelajari tumbuhan
untuk keperluan praktis misalnya penggunaan untuk keperluan obat atau
pertanian. Sangat sedikit yang memikirkan tentang klasifikasi tumbuhan.
Andrea Caecalpino (1516-1603), dalam bukunya De Plantis (1583)
dikemukakan dasar-dasar klasifikasi 1500 tumbuhan. Pemikirannya lebih
maju dibandingkan dengan konsep asli yang lebih berdasarkan manfaat
tumbuhan. Pendekatan ilmiah telah digunakan untuk klasifikasinya.
Tumbuhan tersebut diklasifikasikan berdasarkan perawakan pohon atau herba
kemudian lebih lanjut berdasarkan tipe bunga dan biji. Dia juga membedakan
ovarium superior dan inferior, ada tidaknya umbi, getah atau latex dan
jumlah ruangan di dalam ovarium. Caesalpino menuliskan pendapatnya
dalam bentuk naratif, tidak menyusun dalam bentuk suatu garis besar ataupun
sinopsis, namun pemikiran-pemikirannya mempengaruhi ahli-ahli
sesudahnya seperti de Turnefort, John Ray dan Linnaeus.
Jean (Johan) Bauhin (1541-1631) sangat terkenal dengan hasil
ilustrasinya yang bergambar Historia Plantarum Universalis (1650) dalam
3 jilid yang sangat komprehensif, memuat sinonim 5000 tumbuhan. Buku ini
diterbitkan oleh menantunya J.H. Cherler, dan untuk pertama kalinya memuat
pertelaan diagnosis yang bagus dari jenis (spesies). Sebelumnya Gaspard
Bauhin (1560-1624) yang merupakan kakak Cherler menerbitkan buku Pinax
Theatri Botanici (1623) berisi tentang nama dan sinonim 600 jenis mampu
bertahan cukup lama. Gaspard Bauhin juga mengklasifikasikan tumbuhan
berdasarkan tekstur dan bentuknya, ia merupakan orang pertama yang
memakai tatanama binomial untuk jenis dan kemudian dipopulerkan oleh
Linnaeus.
Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708), mengelompokkan tumbuhan
berbunga menjadi 2 kelompok, pohon dan herba. Masing-masing dibagi lagi
berdasarkan ciri bunganya, mempunyai petal atau tidak, bunga tunggal atau
majemuk. Sistem pengelompokan ini banyak digunakan di Eropa, seperti di
Prancis dipertahankan sampai digantikan oleh sistem de Jussieu (1780).
Sedangkan di negara Eropa lainnya juga tetap bertahan sampai digantikan
oleh sistem Linnaeus. De Tournefort menyempurnakan konsep mengenai apa
yang disebut genus yang telah dirintis oleh Brunfels.
John Ray (1628-1705) dari Inggris mengklasifikasikan tumbuhan jauh
sebelum Linnaeus dan banyak mengambil pemikiran dari para pendahulunya
1.6
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
misalnya Albertus Magnus dan Caesalpino. Dalam bukunya Methodus
Plantarum ia mengusulkan klasifikasi kurang lebih 18.000 jenis. Ray
menyusun sistem klasifikasi dengan dasar tumbuhan yang terlihat serupa
dikelompokkan bersama, sehingga dianggap sebagai pioner sistem alam.
Sistem klasifikasi Ray dibagi dalam kelompok utama yaitu tumbuhan
berkayu dan herba. Dia telah mengenal tumbuhan dikot dan monokot, serta
kelas-kelas berdasarkan tipe buahnya. Kecuali itu Ray juga membagi
tumbuhan berdasarkan tipe daun dan bunganya. Sistemnya didasarkan atas
bentuk dan morfologi dari struktur tumbuhan, dan di banyak sisi lebih bagus
dari sistem buatan Linnaeus yang datang kemudian.
B. PERIODE SISTEM KLASIFIKASI BUATAN DAN KLASIFIKASI
NUMERIK
Sistem klasifikasi berdasarkan perawakan yang telah ada sebelumnya
digantikan oleh sistem klasifikasi buatan yang didasarkan atas pemikiran
Carolus Linnaeus (1707-1778). Sistem Linnaeus dikenal sebagai sistem
”seksual” karena Linnaeus memusatkan perhatian terhadap jumlah benang
sari dan hubungan antara benang sari yang satu dengan lainnya serta terhadap
bagian-bagian bunga lainnya. Menurut pendapatnya organ reproduksi lebih
penting dibandingkan dengan ciri lainnya. Sistem Linnaeus ini mengenal
adanya 24 kelas untuk menampung dunia tumbuhan yang diklasifikasikan
berdasarkan jumlah, posisi, pengaturan dan panjang benang sari. Kemudian
kelas-kelas tadi dibagi menjadi beberapa bangsa berdasarkan sifat-sifat putik
bunganya. Karena mengabaikan ciri morfologi, maka pengelompokan yang
berdasarkan alat reproduksi seksual tumbuhan ini menghasilkan suatu sistem
yang kaku dan tidak alamiah. Akan tetapi kegunaannya terasa sangat besar
untuk memudahkan identifikasi atau determinasi tumbuhan. Sistem Linnaeus
yang didasarkan atas alat reproduksi ini disebut sistem ”seksual”, karena cara
pengklasifikasiannya didasarkan pada jumlah alat kelamin maka dikenal pula
sebagai sistem numerik. Buku Linnaeus yang sangat terkenal Spesies
Plantarum terbit Tahun 1753, sekaligus tahun tersebut ditetapkan sebagai
tahun titik tolak berlakunya tatanama tumbuhan terutama tumbuhan
berpembuluh. Linnaeus memberikan referensi yang sangat berharga dalam
sistem pembuatan identifikasi tumbuhan berdasarkan ciri seksualnya. Dalam
buku Spesies Plantarum Linnaeus memberikan nama spesies tumbuhan
secara konsekuen memakai tatanama binomial yang sebelumnya telah dirintis
 BIOL4311/MODUL 1
1.7
oleh Caspar Bauhin. Linnaeus dan tokoh seangkatannya sangat dihargai
karena banyak menciptakan suatu mekanisme klasifikasi. Mereka berasumsi
bahwa jenis (spesies) adalah dasar landasan taksonomi. Mereka dapat
memahami dengan jelas bahwa beberapa tumbuhan mempunyai hubungan
sangat dekat satu dengan lainnya, akan tetapi klasifikasinya tidak
menggambarkan hubungan kekerabatan dan tidak sesuai dengan kehendak
alam sehingga sistemnya disebut sistem buatan.
Linnaeus tidak hanya dikenal dengan pemikiran dari hasil karya yang
diterbitkannya, akan tetapi juga dikenal karena kemampuannya mendidik dan
mengembangkan semangat kepada murid-muridnya sehingga menjadi orangorang ternama dalam bidang botani antara lain: Peter Kalm (1716-1779),
salah seorang murid Linnaeus yang memiliki kemampuan sebagai kolektor
handal di Finlandia, Rusia dan Amerika. Frederick Hasselquist (1722-1752),
salah satu murid Linnaeus yang mempunyai kegemaran mengumpulkan
tumbuh-tumbuhan dari wilayah Timur Tengah terutama Irak, Palestina, Arab,
Mesir dan Syria. Hasselquist meninggal karena sakit di Bagdad, koleksikoleksinya sangat berharga karena tumbuhan yang dikumpulkan tersebut
belum dikenal. Dari hasil koleksi ini Linnaeus dapat mempelajari langsung
dari tangan pertama. Murid Linnaeus lainnya yang mempunyai banyak
kontribusi mengumpulkan tumbuhan adalah Carl Peter Thunberg (17431828). Pada waktu Jepang tertutup dan terisolasi dari dunia luar, Thunberg
sebagai seorang ahli bedah diperkenankan memasuki wilayah Jepang dan
berhasil membuat koleksi tumbuhan dari Jepang yang sebelumnya tidak
pernah dikenal. Dari Jepang perjalanan dilanjutkan ke Afrika Selatan dan
selama 3 tahun Thunberg melakukan koleksi di Tanjung Harapan, hasilnya
ditemukan 300 spesies baru untuk dunia ilmu pengetahuan.
Sampai dengan Tahun 1760 sistem Linnaeus digunakan secara luas di
Belanda, Jerman, dan Inggris, akan tetapi tidak pernah digunakan di Prancis.
Pada waktu itu sistem yang dipakai di Prancis adalah sistem de Tourneford
sampai kemudian digantikan oleh sistem dari de Jussieu.
Sistem Linnaeus cukup lama dipergunakan, buku Spesies Plantarum
disempurnakan dan disunting ulang oleh Carl Ludwig Willdenow (17651812) dari Universitas Berlin, Jerman sehingga merupakan buku yang sangat
komprehensif terdiri dari 9 jilid. Di Amerika sistem Linnaeus dibawa oleh
para ahli botani yang berimigrasi ke Amerika, sampai kemudian muncul
sistem-sistem klasifikasi tumbuhan di Amerika.
1.8
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Sepeninggal Linnaeus, penanganan koleksinya dilanjutkan oleh anaknya,
Carl, yang juga seorang ahli botani menggantikan kedudukan dan jabatan
ayahnya di Universitas. Namun setelah meninggalnya Carl (1783), istri dan
anaknya tidak berminat untuk mengelola koleksinya yang sangat berharga
itu. Koleksi tersebut dijual kepada ahli botani Inggris James Edward Smith.
Sebanyak 226 peti besar dikirim dengan kapal ke Inggris, berangkat dari
Stockholm pada bulan September 1784. Raja Swedia kemudian menyadari
bahwa koleksi penting dan sangat berharga telah terjual ke negara lain, beliau
segera memerintahkan untuk mengejar kapal tersebut dan mengembalikannya
ke Swedia, namun telah terlambat. Koleksi Linnaeus tersebut kemudian
dijual ke the Linnean Society of London dan sampai sekarang masih
terpelihara dengan baik, sehingga kini kita masih dapat merunut spesimen
tipe dari Linnaeus.
C. PERIODE SISTEM KLASIFIKASI BERDASARKAN
KEKERABATAN
Hampir separuh dari abad ke delapan belas merupakan saat-saat penting,
karena banyak sekali ditemukan dan dikumpulkan tumbuhan hidup, biji, dan
spesimen herbarium dari seluruh penjuru dunia yang dibawa ke Eropa, yang
pada waktu itu merupakan pusat ilmu botani. Banyak sekali jenis yang baru
dikenal, masing-masing diberi nama, dipertelakan dan ditempatkan dalam
sistem klasifikasi. Pengetahuan yang dipelajari pada waktu itu lebih
mengarah ke organografi dan fungsi tumbuhan. Dampak dari perkembangan
ilmu optik sangat besar terhadap perkembangan ilmu botani. Babak baru
dalam sejarah taksonomi tumbuhan ditandai dengan munculnya sistem
klasifikasi alam yang didasarkan pada hubungan kekerabatan dengan
berdasar pada banyaknya persamaan bentuk yang terlihat. Antonie Laurent de
Jussieu (1748-1836) mengusulkan, sistem klasifikasi baru untuk
menyempurnakan sistem yang dibuat pamannya. De Jussieu membuat suatu
bentuk kekerabatan pada suku Ranunculaceae. Ini merupakan suatu awal era
sistem alam. Oleh De Jussieu tumbuhan diklasifikasikan menjadi:
acotyledoneae, monocotyledoneae dan dicotyledoneae, kemudian
dikelompokkan menjadi 5 berdasarkan ciri korola, yaitu apetalae, petalae,
monopetalae, polypetaleae dan diclinae. Usulan klasifikasi baru ini terbit
Tahun 1789 dalam bukunya Genera Plantarum, tumbuhan berbunga
dikelompokkan menjadi 15 kelas dan dibagi lagi menjadi 100 ordo (Ordines
 BIOL4311/MODUL 1
1.9
naturale), di mana masing-masing dibedakan, diberi nama dan dipertelakan.
Hal ini diperlakukan hampir untuk semua kelas kecuali yang pertama dan
terakhir adalah angiospermae.
Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) dan dua generasinya
memberikan kontribusi yang cukup besar bagi ilmu botani. Khususnya dalam
bidang fisiologi, morfologi, dan taksonomi. Karya yang terkenal dalam
bidang botani antara lain dalam bidang fisiologi, morfologi dan terutama
taksonomi. Dia yang merevisi karya Lamarck Flore Franqoise dan karya
monumentalnya adalah Prodromus sistematis naturalis regni vegetabilis.
Lamarck mengenalkan pendekatan filosofi yang sangat dihargai oleh banyak
kalangan ilmiah sampai pertengahan abad berikutnya.
D. PERIODE SISTEM KLASIFIKASI BERDASARKAN FILOGENI
Sejak terbitnya buku The Origin of Species dan diterimanya teori
evolusi yang dicetuskan oleh Darwin, muncul ketidakpuasan dengan sistem
de Candolle ini. Sistem yang muncul pada periode ini telah memasukkan
unsur proses evolusi, yang kemudian dapat diterima oleh para ahli biologi
bahwa kehidupan yang ada sekarang merupakan hasil dari proses evolusi.
Sistem klasifikasi pada periode ini mengklasifikasikan tumbuhan dari bentuk
yang sederhana hingga bentuk yang kompleks, dan hampir semua sistemnya
telah mempertimbangkan hubungan genetik dari nenek moyang.
Dalam sistem klasifikasinya, jenis-jenis yang ada tidak lagi sesuatu yang
statis, mantap, dan tidak berubah-ubah, melainkan merupakan populasi yang
bervariasi, dinamis, selalu mengalami perubahan, dan diakui sebagai
keturunan dari jenis yang sudah pernah ada sebelumnya. Suatu takson
memiliki anggota yang saling berkerabat erat satu sama lain sebab berasal
dari satu nenek moyang yang sama melalui proses evolusi. Dalam sistem
filogeni, urutan klasifikasi sekaligus menunjukkan urutan filogeninya. Dasar
yang dipakai terutama adalah hubungan kekerabatan dan sifat primitif serta
majunya suatu golongan. Sistem ini berkembang dengan cepat terutama
dengan diterimanya teori Darwin secara luas. Dari teorinya, para ahli botani
berpendapat bahwa bentuk kehidupan yang ada sekarang adalah hasil proses
evolusi. Klasifikasi disusun dengan melihat keturunan dan hubungan
kekerabatan. Upaya untuk menemukan hubungan filogenetik semacam ini
dilakukan dengan cara mengelompokkan organisme hidup ke dalam suatu
deret mulai dari bentuk paling primitif sampai bentuk yang paling maju.
1.10
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Untuk hal ini tidak sedikit hambatan maupun masalah yang dihadapi.
Diperlukan bukti-bukti dari beberapa sumber. Jumlah tumbuhan hidup
dewasa ini sangat banyak, sementara jenis-jenis baru bermunculan,
sedangkan jenis-jenis yang lebih dahulu telah punah, serta banyak jenis
bervariasi dan tidak mantap. Dengan demikian pola klasifikasi menjadi tidak
berkesinambungan dan bersifat kompleks. Catatan tentang fosil menjadi
penting untuk menentukan asal-usul sekelompok tumbuhan yang berevolusi,
karena dalam segala hal teramat tidak lengkap. Ditambah adanya perbedaan
pandangan yang mencolok dari para ahli botani terhadap arti penting
berbagai tanda atau kelompok sifat tumbuhan. Pada gilirannya, pendapatpendapat tersebut telah berubah karena adanya penemuan tumbuhan yang
semakin bertambah banyak serta beberapa fakta baru mengenai tumbuhan .
Dengan demikian untuk kepentingan klasifikasi apapun terhadap tumbuhan
selalu tidak kunjung selesai, dan bersifat sementara serta sewaktu-waktu
mengalami revisi.
Penggolongan tumbuhan dalam sistem filogeni berasumsi bahwa arah
pertama dalam evolusi pada dunia tumbuhan maupun hewan dimulai dari
organisme yang dianggap primitif (sederhana) menuju bentuk yang lebih
kompleks (maju). Banyak sekali bukti, baik berasal dari tumbuhan hidup
maupun fosil, memperlihatkan urut-urutan tersebut. Keragaman yang
dihasilkan dengan adanya gerak mekanisme evolusioner memungkinkan kita
untuk mengelompokkan organisme menjadi jenis, marga, suku, bangsa, kelas
serta divisi, dan mengaturnya ke dalam suatu urut-urutan yang tertib. Semua
hal tersebut didasarkan atas terdapatnya sifat-sifat primitif atau maju pada
tumbuhan. Pada umumnya sekelompok tumbuhan dianggap mempunyai
hubungan paling erat (dekat), jika terdapat ciri-ciri atau tanda-tanda yang
serupa. Sedangkan hubungan kekerabatan dianggap paling renggang (jauh)
apabila ciri-ciri yang sama sangat sedikit ditemukan.
Walaupun arah evolusi yang umum memperlihatkan kecenderungan
progresif, dapat pula, pada jenis tertentu ada gejala ke arah kemunduran atau
ke arah sifat-sifat yang lebih sederhana. Kesulitan dalam penelaahan
filogenetik menjadi bertambah dengan adanya kenyataan tersebut, misalnya
apakah keadaan maupun struktur tumbuhan tertentu itu memang benar-benar
primitif, ataukah sifat primitif itu terjadi hanya sebagai akibat proses
kemunduran. Berbagai kesulitan ini terdapat di mana-mana, karena barang
bukti terjadinya proses kemunduran bisa didapat pada bentuk organisme
sederhana, seperti ganggang dan fungi, maupun pada tumbuhan berpembuluh
 BIOL4311/MODUL 1
1.11
yang lebih tinggi tingkatannya. Sebagai contoh misalnya, pada bermacammacam bunga dapat dilihat bahwa bagian-bagian tertentu seperti benangsari,
mahkota bunga, ataupun seluruh bagian bunga, mungkin tidak ada. Ditinjau
secara morfologi luar, mungkin tidak ada bukti bahwa bagian-bagian bunga
itu pernah terdapat sebelumnya, atau digantikan oleh kelenjar, sisik, maupun
kelenjar madu. Namun jika ditinjau secara anatomi, mungkin terlihat adanya
berkas-berkas pembuluh pada posisi yang sesuai dengan kondisi bunga yang
di dalamnya berkembang dengan sempurna.
Kesulitan lain yang ditemukan dalam penafsiran tentang hubungan
kekerabatan evolusioner adalah evolusi konvergen (memusat). Istilah ini
digunakan untuk perkembangan struktur serupa pada organisme yang tidak
mempunyai hubungan kekerabatan maupun hubungan kekerabatannya jauh.
Bentuk semacam itu meskipun tidak berasal dari nenek moyang yang sama,
tetapi dapat memperlihatkan kesamaan yang mungkin menyesatkan dalam
mencari bukti-bukti hubungan kekerabatan. Sebuah contoh tentang evolusi
konvergen ialah asal usul bebas jaringan pembuluh dalam lima golongan
tumbuhan berpembuluh berbeda. Hal ini dapat dilihat pada: 1) Tumbuhan
monokot; 2) Tumbuhan dikot; 3) Rane-ranean (Sellaginellales); 4) Paku
sejati (Filicales); dan 5) Belinjo-belinjoan (Gnetales).
Meskipun berhadapan dengan evolusi yang bersifat mundur (retrogresif),
konvergensi (memusat), dan berbagai kesulitan lainnya, namun penelaahan
tentang evolusi dalam dunia tumbuhan akan tetap berjalan, yang tujuannya
berupa klasifikasi berdasarkan kekerabatan karena keturunan. Klasifikasi
semacam itu mungkin tidak pernah sempurna, tetapi daya upaya yang
dilakukan akan menghasilkan pola arah klasifikasi yang lebih teliti serta
didasarkan atas hubungan genetik dan bukan dengan melihat kesamaan sifat
dalam bentuk luarnya saja. Upaya ini akan menuju kepada pengertian yang
lebih baik perihal proses-proses evolusioner yang telah membentuk dunia
makhluk hidup. Salah satu ciri sistem filogeni adalah penyusunan silsilah
atau penyusunan pohon filogeni untuk mencoba menunjukkan asal usul
setiap kesatuan taksonomi.
Dasar-dasar filsafat teori evolusi itu sebenarnya tidak mengakibatkan
perubahan klasifikasi yang luar biasa. Sistem de Candolle serta Bentham dan
Hooker tidak banyak berbeda isinya dengan sistem klasifikasi yang disusun
sesudah keluarnya teori Darwin, kecuali dalam istilah-istilah misalnya
kesamaan diganti dengan kekerabatan.
1.12
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
August Wilhelm Eichler (1839-1887), pada Tahun 1875 mengusulkan
sistem klasifikasi berdasarkan pendekatan genetik di antara tumbuhan, dan
menyetujui terhadap konsep evolusi.
Pengaruh sistemnya sampai sekarang masih terasa, sistem tersebut
menggantikan sistem de Candolle termasuk di Amerika dan Inggris di mana
pengaruh Bentham dan Hooker sangat dominan. Eichler membagi tumbuhan
dalam dua subgrup: Cryptogamae dan Phanerogamae (tumbuhan berbiji).
Cryptogamae terdiri dari tiga divisi: Thallophyta, Bryophyta, serta
Pteridophyta, sedangkan Phanerogamae terdiri dari tumbuhan berbiji. Eichler
memisahkan Alga dari Fungi dan membagi Alga menjadi Cyanophyceae,
Chlorophyceae, Phaeophyceae, dan Rhodophyceae. Byrophyta dibagi
menjadi Hepaticae dan Musci, sedangkan Pteridophyta dibagi menjadi tiga
kelas: Equisetineae, Lycopodineae dan Filicineae. Phanerogamae dibagi
menjadi Angiospermae dan Gymnospermae. Angiospermae dibagi menjadi
dua kelas: Dicotyledoneae dan Monocotyledoneae. Klasifikasi Engler untuk
phanerogamae telah memperkirakan bahwa puncak perkembangan evolusi
ditunjukkan oleh proses reproduksinya, seperti yang digambarkan oleh
Hutchinson (1948): ”.....tumbuhan tanpa mahkota bunga..... biasanya lebih
primitif dibandingkan dengan yang mahkota bunganya berkembang
sempurna....”. Eichler berpendapat bahwa tumbuhan yang ruwet susunan dan
organisasi tubuhnya terutama alat perkembangbiakannya merupakan
golongan yang termaju evolusinya. Sekalipun sistemnya sudah sering
ditinggalkan orang, tetapi karena kesederhanaannya maka garis-garis
klasifikasinya dan istilah-istilah yang dipakai Eichler masih dipakai orang
sampai sekarang.
Sistem klasifikasi filogeni yang diusulkan para ahli botani sesudah itu
dapat dibagi menjadi dua golongan besar “aliran Engler” dan “aliran
Ranales”. Sistem klasifikasi aliran Engler dibuat oleh Adolph Engler (18441930) dipakai banyak orang karena buku-bukunya yang terkenal. Pada Tahun
1892 ia memublikasikan bukunya dengan memakai dasar klasifikasi dari
Eichler yang kemudian banyak dipakai oleh para ahli botani di dunia.
Bedanya dengan sistem Eichler adalah lebih detil dan banyak membahas
tentang tatanama dari kategori utama dibandingkan filosofi atau dasar-dasar
konsep di mana kategori dikembangkan. Banyak modifikasi sistem Eichler
dipengaruhi oleh Brongniart dan Sachs. Tumbuhan berbiji yang oleh Engler
disebut Embryophyta Siphonogama dibagi menjadi Gymnospermae dan
Angiospermae, kemudian Angiospermae dibagi menjadi Dicotyledoneae dan
 BIOL4311/MODUL 1
1.13
Monocotyledoneae. Tumbuhan dikotil dibagi menjadi anak-kelas
Archiclamideae (terdiri dari Choripetalae yang mempunyai petal lepas, dan
Apetalae tanpa petal) dan Metachlamideae (korola/mahkotanya gamopetalous
atau bersatu). Dengan sistem ini anak-kelas dibagi lagi menjadi bangsa yang
tersusun atas suku-suku yang dekat kekerabatannya. Dalam penyusunan
prinsip-prinsip sistematik, Engler dan Diels (1936) mengemukakan bahwa
bunga diclamydeous (perhiasan bunga terdiri dari dua seri kelopak dan
mahkota) berasal dari bunga monoclamydeous (perhiasan bunga dalam satu
seri atau tersusun berkarang). Demikian juga tentang perihal primitif dan
majunya suatu plasentasi ovarium, serta anggapan bahwa bunga unisek
adalah primitif.
Salah satu alasan mengapa sistem Engler banyak digunakan karena
Engler bersama Prantl menggunakan sistemnya untuk klasifikasi tumbuhan
dengan cara menerbitkan dalam 20 jilid buku, yang diberi nama Die
naturlichen pflanzenfamilie (1887-1899), berisi cara identifikasi untuk
semua marga tumbuhan mulai dari alga hingga yang paling maju
tingkatannya (tumbuhan berbiji). Publikasi ini disertai dengan gambar dan
kunci-kunci yang modern. Edisi kedua disunting oleh para ahli sistematika
Jerman terbit Tahun 1924, dengan hanya mengalami sedikit perubahan dan
modifikasi pada sistemnya Engler dan Gilg’s. Oleh Engler dan Diels
selanjutnya diterbitkan buku Syllabus der Pflanzenfamilien, satu buku
dengan banyak edisi memberikan susunan kelas, bangsa dan suku tumbuhan.
Edisi terakhir, edisi ke-17 dipublikasikan Tahun 1936.
Engler menganggap monokot lebih primitif dibandingkan dengan dikot,
anggrek lebih berkembang dibandingkan dengan rumput, dan di antara
tumbuhan dikot yang tidak mempunyai perhiasan bunga yang disebut
Amentiferae dianggap jenis primitif dibandingkan dengan yang mempunyai
mahkota bunga. Pandangan ini banyak yang tidak menyetujuinya. Pengaruh
sistem Engler ini banyak diminati karena uraian dalam publikasinya detil
termasuk ensiklopedi yang disunting oleh Engler.
Richard von Wettstein (1862-1931), ahli botani dari Austria,
publikasinya terbit Tahun 1901 Handbuch der sistematischen Botanik
dalam 2 jilid (1930-1935), memberikan pandangan tentang filogeni pada
tumbuhan. Sementara struktur pola sistemnya menyerupai Engler, namun ada
penyusunan ulang pada banyak suku dikot dan ditambahkan pandangan
tentang filogenetik secara kontemporer. Secara umum sistem secara
filogenetik Wettstein lebih bagus dibandingkan klasifikasi Engler.
1.14
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Oswald Tippo (1942) mengajukan suatu kerangka sistem klasifikasi
filogeni dunia tumbuhan, Bryophyta, dan Tracheophyta (tumbuhan
berpembuluh dari paku-pakuan) sampai tumbuhan berbiji adalah berasal dari
ganggang hijau Chlorophyta. Divisi Tracheophyta dibagi menjadi kelas-kelas
Psilopsida, Sphenopsida, Cycopsida dan Pteropsida. Sistem klasifikasi Tippo
ini sampai sekarang masih ada yang menggunakan.
Aliran Ranales berpendapat bahwa tumbuhan berbiji primitif bunganya
runjung menyerupai organ reproduksi pada tusam. Mereka berpendapat
bahwa bunga primitif mempunyai bagian-bagian yang banyak, lengkap dan
lepas-lepas, dan sistem penyerbukannya dibantu oleh serangga. Keturunannya masih bersifat primitif misalnya pada suku-suku Magnoliaceae,
Annonaceae, Nymphaeaceae, dan lain-lain yang masuk dalam golongan
Ranales.
Salah seorang pemuka aliran Ranales adalah Charles Edwin Bessey
(1845-1915), merupakan orang Amerika pertama yang menyusun klasifikasi
tumbuhan berdasarkan filogeni. Dia tidak sependapat dengan hipotesis
Eichler dan Engler. Pada awal kariernya sebagai ahli botani dipengaruhi oleh
pemikiran teori evolusi Darwin maupun Wallace. Menurutnya sistem Bessey
dipengaruhi oleh de Candolle, Bentham dan Hooker yang telah disesuaikan
dengan prinsip-prinsip evolusi. Kemudian yang disebut cohort adalah ordo
dan masih banyak lagi nama-nama baru, di antaranya ordo (bangsa) dikenal
sebagai familia (suku). Setelah mengalami beberapa revisi bentuk terakhir
dengan penyusunan bangsa dan suku muncul pada Tahun 1915.
Bessey menggambarkan kecenderungan dalam paham yang lebih maju
(kadang-kadang reversal), sistem klasifikasinya tercermin dalam diagram
yang digambarkannya. Konsepnya hampir menyerupai Linnaeus dan de
Jussieu. Meskipun Bessey mengemukakan bahwa sistem klasifikasi harus
merefleksikan filogeni, namun cara menghasilkan suatu bentuk klasifikasi
tumbuhan sangat sulit untuk dicapai.
Dikta Bessey merupakan gambaran secara garis besar untuk
menghasilkan filogeni, berisi tentang komponen utama pemikiran terkait
evolusi dan dapat bertahan hingga waktu yang lama. Pemikirannya
mempengaruhi sistem klasifikasi yang ada sekarang yang cukup populer
yakni Cronquist (1981), Dahlgren (1983), Thakhtayan (1997), dan Thorne
(1999).
Hans Hallier (1868-1932) memublikasikan sistem klasifikasi filogeni
dengan prinsip yang sama dengan Bessey. Perbedaannya terdapat tambahan
 BIOL4311/MODUL 1
1.15
hasil penelitian dalam bidang paleobotani, anatomi, serologi, dan ontogeni,
sedangkan Bessey lebih banyak memuat sintesa-sintesa yang tidak banyak
diuji. Hallier tidak sependapat dengan konsep Engler. Uraiannya tentang
monokot lebih kritis dibandingkan dengan dikot.
John Hutchinson (1884-1972) adalah seorang tokoh lain penganut aliran
ranales. Sistem klasifikasinya memakai pemikiran-pemikiran dari Bessey dan
menambahkan dengan pemikirannya sendiri. Bukunya yang terkenal adalah
Families of Flowering Plants. Suku-suku pada Dicotyledoneae
dikelompokkan dalam golongan Lignosae yang umumnya berkayu,
sedangkan perdu dan herba dimasukkan dalam golongan herbaceae.
Sistem klasifikasi Bessey dan Hutchinson besar sekali pengaruhnya
terhadap penganut-penganut aliran ranales.
Awal Tahun 1950-an beberapa sistem klasifikasi baru diusulkan.
Pengembangan sistem klasifikasi telah memakai data-data dan pengetahuan
tentang struktur tumbuhan, fisiologi dan komposisi kandungan kimianya.
Banyak penemuan paleobotani yang membantu interpretasi filogeni.
Beberapa sistem filogeni diusulkan, beberapa sistem klasifikasi filogeni
modern diuraikan di bawah ini.
Armen L. Takhtajan (1910), seorang ahli botani Rusia yang mengawali
publikasinya tentang evolusi tumbuhan berbunga pada Tahun 1940-an. Garis
besar evolusi tumbuhan berbunga dan sistem klasifikasi pertamanya mulai
dikenal dengan diterjemahkannya karya Takhtajan pada Tahun 1950. Karyakarya awalnya lebih banyak membicarakan pola evolusi angiospermae,
sedangkan versi lain dari karyanya terbit Tahun 1980.
Awal Tahun 1980-an berkembang konsensus tentang kekerabatan.
Atur J. Cronquist (1919-1992) seorang ahli botani Amerika mengembangkan
sistem klasifikasi hingga sekarang ini banyak digunakan di Amerika. Karyakarya awalnya tentang filogeni Angiospermae paralel dengan Takhtajan.
Cronquist memublikasikan garis besar sistem klasifikasi untuk tumbuhan
dikot pada Tahun 1957, kemudian berkorespondensi secara intensif dengan
Takhtajan yang banyak membantu mewujudkan ide-idenya. Tahun 1968
terbit bukunya The Evolution and Clasification of the Flowering Plants.
Tahun 1981 pada bukunya An Integrated Sistem Classification of
Flowering Plants, memuat banyak modifikasi dan mencakup uraian detil
dari masing-masing suku.
Kelebihan sistem Cronquist ini adalah didokumentasikan dengan baik,
dilengkapi dengan pertelaan, informasi tentang anatomi, kandungan kimia,
1.16
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
dimulai dengan angiospermae yang ada di garis awal, meskipun penempatan
kelompok-kelompoknya kadang-kadang berbeda dengan yang sudah ada
sebelumnya. Konsensus di akhir abad ke dua puluh, tidak lagi menggunakan
ide-ide Engler, dan teori kladistik tidak lagi bertahan. Perubahan ini
disebabkan banyak data-data baru, metode analisa yang baru, dan kenyataan
bahwa sistematika tidak lagi mendeskripsikan kekerabatan di alam namun
cenderung hipotesa filogeni. Meskipun banyak aspek filogeni yang sampai
sekarang tidak jelas.
E. PERIODE SISTEM KLASIFIKASI MOLEKULER
Kemajuan baru dalam teknik biologi molekuler menambah kelengkapan
data tumbuhan yang dapat dimanfaatkan oleh ahli sistematika dalam
penggolongan tumbuhan. Suatu pendekatan dalam menginterpretasikan
kekerabatan antara organisme dengan menggunakan data molekuler yang
berupa data makromolekul telah menciptakan sistem klasifikasi berbasis
molekuler. Penggunaan data molekuler untuk sistematika tumbuhan sering
dianggap lebih baik karena beberapa alasan, antara lain:
1. sekuen protein dan DNA umumnya berevolusi lebih teratur sehingga
memudahkan dalam membuat model matematika untuk pengolahan
datanya;
2. data molekuler lebih sesuai dengan perlakuan kuantitatif;
3. karena sekuen DNA dan RNA terdiri dari empat macam nukleotida
maka jumlah data molekuler lebih melimpah;
4. data molekuler merupakan data genetik yang lebih baik untuk analisa
kekerabatan; dan
5. data molekuler terbuka untuk berbagai macam organisme sehingga dapat
digunakan untuk membandingkan organisme pada tingkat kekerabatan
jauh atau antara organisme dengan karakter morfologi yang sangat
berbeda. Selain itu, dengan teknik molekuler memungkinkan dapat
diperolehnya data rincian fosil sebagai pembanding karakter tumbuhan
yang masih hidup dengan tumbuhan fosil yang diduga sebagai nenek
moyangnya.
Sifat dari hasil kerja data molekuler dapat mendukung data lain seperti
morfologi dan anatomi, sehingga memungkinkan para ahli sistematika untuk
memilih di antara hipotesis kekerabatan yang sudah diajukan, dan
 BIOL4311/MODUL 1
1.17
memungkinkan menempatkan taksa yang masih menjadi masalah. Akan
tetapi pemakaian data molekuler jarang menemukan hal baru. Tipe data yang
banyak digunakan dalam sistematika molekuler meliputi sekuen asam amino
dalam protein dan sekuen nukleotida dalam asam nukleat.
Di antara protein pertama yang dianalisa dalam studi taksonomi adalah
sitokrom c, salah satu molekul pembawa elektron dalam rantai transpor
elektron. Molekul sitokrom c dari berbagai macam organisme disekuen, dan
ditentukan jumlah asam aminonya. Jumlah persamaan dan perbedaan antara
sekuen asam amino dari setiap organisme cenderung berbeda kemudian
dievaluasi hubungan evolusinya. Semakin kecil perbedaan, semakin dekat
hubungan antara dua organisme.
Dari data protein yang dikumpulkan menunjukkan bahwa, walaupun
struktur protein merupakan parameter berguna tetapi hasilnya sulit untuk
diinterpretasikan. Beberapa ahli biologi berpendapat bahwa perubahan asam
amino terjadi secara teratur dan acak, sebagai hasil mutasi dan tidak mewakili
hasil seleksi sehingga perbedaan asam amino dalam protein homolog dari
setiap organisme berbeda. Perbedaan yang dimaksud tidak mewakili
perbedaan fungsional, melainkan mewakili perbedaan dalam jumlah
substitusi asam amino yang sudah terjadi dalam protein homolog sejak mulai
memisah dari common ancestor. Oleh karena itu, penggunaan protein
homolog untuk menduga hubungan evolusi sangat dihindari.
Keragaman asam nukleat lebih banyak digunakan dalam
menginterpretasikan kekerabatan tumbuhan dengan beberapa alasan, antara
lain:
1. analisa sekuen asam nukleat menyediakan data kuat untuk pemahaman
hubungan evolusi;
2. banyak perbedaan gen, dengan variasi kecepatan perubahan, dapat
digunakan untuk mempelajari evolusi dalam garis evolusi berbeda; dan
3. sekuen non-coding menyediakan marker netral yang merefleksikan
kejadian evolusi di masa lalu. Sekuen DNA merupakan data yang paling
bagus untuk menginterpretasikan hubungan kekerabatan antara
tumbuhan. Data sekuen DNA menunjukkan urutan nukleotida dalam
wilayah DNA yang diteliti. Pembandingan wilayah homolog dari DNA
antara organisme menghasilkan karakter dan ciri yang dapat digunakan
untuk menginterpretasikan hubungan kekerabatan.
1.18
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Pada tumbuhan, ada 3 sumber data DNA yaitu inti (nDNA), kloroplas
(cpDNA), dan mitokondria (mtDNA). Pemakaian data sekuen DNA
kloroplas terbukti sangat berguna untuk melihat hubungan kekerabatan pada
takson tingkat tinggi maupun rendah. Gen kloroplas yang sudah disekuen
secara umum adalah atpB, rbcL, matK, ndhF. Data sekuen DNA inti jarang
digunakan dalam sistematika tumbuhan. Beberapa gen inti seperti alkohol
dehidrogenase (Adh) dahulu sering digunakan melalui studi enzim, dan
sekarang banyak digunakan melalui sekuennya. Satu tipe lagi sekuen DNA
inti yang banyak digunakan adalah wilayah internal transcribed spacer
(ITS) yang bagus untuk melihat hubungan kekerabatan pada takson tingkat
rendah, seperti spesies yang berkerabat dekat.
Contoh paling menonjol dalam penggunaan sekuen nukleotida adalah
analisa sekuen subunit kecil ribosom RNA (rRNA) menyediakan kejadian
pertama bahwa makhluk hidup dikelompokkan dalam tiga grup besar yaitu
bakteria, eukarya, dan archaea. Lebih dari 100 genom prokariot sudah
disekuen secara lengkap. Hasil dari sekuen DNA mendukung lebih lanjut
adanya tiga domain dalam kehidupan dan menunjukkan bahwa archaea dan
eukarya memiliki garis evolusi sama dan terlepas dari kelompok bakteria.
Contoh lain dalam mempelajari filogeni adalah studi yang lebih menyeluruh
dari filogeni tumbuhan berbiji didasarkan pada variasi dalam sekuen
nukleotida dari gen rbcL (gen kloroplas). Gen rbcL mengkode subunit besar
dari enzim Rubisco dari siklus Calvin, khususnya sesuai untuk analisa
kelompok tumbuhan yang luas. Gen ini merupakan gen kopi tunggal,
berevolusi lambat, tidak memiliki intron, dan cukup besar untuk menyimpan
karakter informatif secara filogeni.
Data molekuler sendiri mungkin tidak menyediakan hasil yang paling
akurat tentang hubungan kekerabatan. Oleh karena itu, beberapa ahli
sistematika berpikir bahwa semua data yang tersedia, baik dari molekul,
morfologi, anatomi, ultrastruktur, perkembangan, dan fosil dapat
dikombinasikan sebagai bahan pertimbangan dalam menginterpretasikan
filogeni antara organisme.
 BIOL4311/MODUL 1
1.19
LA TIH AN
Untuk memperdalam pemahaman Anda mengenai materi di atas,
kerjakanlah latihan berikut!
1) Jelaskan perkembangan sistem klasifikasi tumbuhan, apakah statis atau
mengalami perubahan!
2) Jelaskan sistem klasifikasi paling awal!
3) Jelaskan mengapa munculnya teori evolusi sangat mempengaruhi
klasifikasi tumbuhan!
4) Apa yang dimaksud dengan “aliran Engler”?
5) Apa yang dimaksud dengan “aliran Ranales”?
6) Apa yang dimaksud dengan sistem klasifikasi molekuler?
Petunjuk Jawaban Latihan
Untuk dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan latihan di atas, berikut
petunjuk yang harus Anda kerjakan:
1) Anda dapat menjelaskan perkembangan klasifikasi menurut jamannya.
2) Anda dapat menjelaskan sistem klasifikasi awal yang dikembangkan
oleh Theoprastus.
3) Anda dapat membaca kembali bagian modul yang membahas teori
evolusi Darwin dan pengaruhnya terhadap klasifikasi tumbuhan.
4) Untuk dapat mejawab pertanyaan ini Anda dapat membaca kembali bab
tentang sistem Engler dan Prantl.
5) Untuk dapat mejawab pertanyaan ini Anda dapat membaca kembali bab
tentang sistem yang dikembangkan Charles E. Bessey.
6) Untuk dapat mejawab pertanyaan ini Anda dapat membaca kembali bab
sistem molekuler sebagai suatu sistematika yang paling modern saat ini.
RA NGK UMA N
Sistem klasifikasi tumbuhan selalu berkembang menurut jamannya,
mengalami proses perubahan, perombakan, pembaharuan, perbaikan,
bahkan akan diganti atau malahan dibuang sama sekali setelah diperoleh
data-data baru, bukti dan pengetahuan baru. Perkembangan dan
1.20
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
kemajuan ilmu botani akan mempengaruhi corak dan sistem klasifikasi
yang dianut oleh orang-orang pada masa-masa tertentu.
Sistem klasifikasi paling awal dikembangkan oleh Theophrastus
(370-285 sebelum masehi), sistem ini dibuat berdasarkan perawakan
tumbuhan, sehingga tergolong sistem yang masih sangat sederhana.
Kemudian dikenal sistem klasifikasi buatan berdasarkan numerik
misalnya “sistem seksual” yang dikembangkan oleh Linnaeus. Sistem
klasifikasi ini dikembangkan berdasarkan hubungan kekerabatan dan
filogeni yang kemudian berkembang dengan pesat.
Dengan munculnya teori evolusi dan terbitnya tulisan Darwin
(1859) On the Origin of Species sangat mempengaruhi sistem klasifikasi
tumbuhan. Salah satu ahli yang memublikasikan konsep-konsep evolusi
sebagai penunjuk prinsip-prinsip klasifikasi adalah A.W. Engler.
Berikutnya Engler mengemukakan bahwa tumbuhan yang ruwet susunan
dan organisasi tubuhnya terutama alat perkembangbiakannya merupakan
golongan yang termaju evolusinya.
Sistem klasifikasi filogeni dapat dibagi menjadi dua golongan besar:
”aliran Engler” dan “aliran Ranales”
Sistem Engler banyak dipakai orang, salah satu alasannya adalah
bersama-sama dengan Prantl menerbitkan dalam 20 jilid buku yang
terkenal dengan nama Die naturlichen pflanzenfamilie (1887-1899),
berisi cara identifikasi semua marga tumbuhan mulai dari alga hingga
tumbuhan berbiji yang paling maju. Engler juga berpendapat bahwa
monokot lebih primitif dibandingkan dengan dikot, anggrek dianggap
lebih berkembang dibanding rumput, tumbuhan dikot yang tidak punya
perhiasan bunga (Amentiferae) dianggap lebih primitif dibandingkan
dengan yang punya mahkota bunga.
Aliran Ranales berpendapat, bunga primitif mempunyai bagianbagian yang banyak, lengkap dan lepas-lepas, keturunannya masif
bersifat primitif misalnya suku Magnoliaceae, Annonaceae,
Nymphaeaceae dan lain-lain yang termasuk golongan Ranales. Salah
seorang pemuka aliran Ranales adalah Charles Edwin Bessey (1915).
Pada masa-masa berikutnya dihasilkan sistem klasifikasi filogeni
modern dapat dicatat beberapa nama, seperti Takhtajan, Cronquist,
Dahlgren dan lain-lain.
Sistematika molekuler adalah suatu pendekatan dalam
menginterpretasikan kekerabatan antara organisme menggunakan data
molekuler yang berupa data makromolekul. Tipe data yang banyak
digunakan dalam sistematika molekuler meliputi sekuen asam amino
dalam protein dan sekuen nukleotida dalam asam nukleat. Sifat dari
hasil kerja data molekuler dapat mendukung data lain dalam
menempatkan taksa yang masih menjadi masalah.
 BIOL4311/MODUL 1
1.21
Bermacam-macam sistem klasifikasi ini berkembang menurut
jamannya sejalan dengan perkembangan ilmu pengetahuan botani.
TES FO RMA TIF 1
Pilihlah satu jawaban yang paling tepat!
1) Sistem klasifikasi berdasarkan menggolongkan perawakan tumbuhan
sebagai berikut ....
A. phanerogam dan cryptogam
B. pohon, semak dan herba
C. tumbuhan berpembuluh dan tidak berpembuluh
D. tumbuhan berbiji dan tidak berbiji
2) Apa yang menjadi dasar sistem klasifikasi Linnaeus?
A. alat reproduksi seksual tumbuhan.
B. alat reproduksi vegetatif tumbuhan.
C. kekerabatan.
D. evolusi.
3) Teori Darwin sangat mempengaruhi pandangan orang dalam
mengembangkan klasifikasi, yang kemudian memunculkan sistem
klasifikasi filogenetik. Selain kekerabatan, ciri yang sering dipakai pada
sistem filogenetik adalah penafsiran hubungan kekerabatan ....
A. evolusioner
B. berdasarkan kesamaan ciri morfologi
C. berdasarkan kesamaan ciri anatomi
D. berdasarkan kesamaan ciri morfologi dan fisiologi
4) Aliran Ranales berpendapat bahwa bunga primitif ....
A. mempunyai bagian-bagian banyak, lengkap, dan lepas-lepas
B. mempunyai bagian-bagian yang telah mengalami reduksi
C. telah mengalami modifikasi
D. bunga dengan mahkota
5) Tipe data yang digunakan pada sistem molekuler adalah ....
A. perawakan tumbuhan
B. morfologi dan anatomi
C. bentuk kromosom
D. sekuen asam amino dan nukleotida
1.22
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Cocokkanlah jawaban Anda dengan Kunci Jawaban Tes Formatif 1 yang
terdapat di bagian akhir modul ini. Hitunglah jawaban yang benar.
Kemudian, gunakan rumus berikut untuk mengetahui tingkat penguasaan
Anda terhadap materi Kegiatan Belajar 1.
Tingkat penguasaan =
Jumlah Jawaban yang Benar
100%
Jumlah Soal
Arti tingkat penguasaan: 90 - 100% = baik sekali
80 - 89% = baik
70 - 79% = cukup
< 70% = kurang
Apabila mencapai tingkat penguasaan 80% atau lebih, Anda dapat
meneruskan dengan Kegiatan Belajar 2. Bagus! Jika masih di bawah 80%,
Anda harus mengulangi materi Kegiatan Belajar 1, terutama bagian yang
belum dikuasai.
 BIOL4311/MODUL 1
1.23
Kegiatan Belajar 2
Dasar-dasar Taksonomi Tumbuhan
A. KLASIFIKASI, SISTEMATIKA, BOTANI SISTEMATIK, DAN
TAKSONOMI
Tumbuhan di permukaan bumi selain berjumlah sangat besar juga
menunjukkan keanekaragaman yang sangat tinggi. Jumlah dan keanekaragaman yang sangat tinggi mendorong manusia yang berkecimpung dalam
studi tumbuhan melakukan penyederhanaan obyek tumbuhan itu melalui
klasifikasi (pengelompokan) dan pemberian nama yang tepat untuk setiap
kelompok yang terbentuk. Dua kegiatan inilah yang merupakan tugas utama
ilmu sistematik atau taksonomi tumbuhan.
Penemuan tumbuhan dan pemanfaatannya telah dilakukan manusia sejak
jaman batu. Sejak jaman itu manusia mencari tumbuhan di sekelilingnya dan
memanfaatkannya untuk dimakan, dibuat obat ataupun untuk keperluan
lainnya. Kemudian dari tumbuhan yang telah dimanfaatkan itu diberikan
pertelaan atau deskripsi mengenai ciri-ciri dan sifat agar dapat diceritakan
dan disebarluaskan kepada orang lain terutama perihal khasiat maupun
manfaatnya.
Sejak dahulu kala bangsa-bangsa yang menempati lembah Euphrat,
Tigris, Mesir, Cina dan bangsa-bangsa Indian di Amerika telah mengenal dan
memanfaatkan tumbuhan untuk berbagai keperluan. Jadi sudah berpuluhpuluh abad yang lampau secara tidak langsung orang mulai melaksanakan
tugas ilmu taksonomi tumbuhan, meskipun pengetahuan tentang tumbuhan
pada waktu itu belum dapat disebut sebagai ilmu untuk ukuran sekarang.
Kehidupan kita tidak dapat terpisahkan dari dunia tumbuhan, di era
modern keberadaan tumbuhan sangat diperlukan sebagai sumber bahan
makanan, energi, papan, sandang, obat-obatan, minuman, bahan estetika
lingkungan, dan bahkan sebagai penghasil oksigen yang sangat kita perlukan
untuk bernafas.
Pada saat ini telah banyak dikenal berbagai macam tumbuhan termasuk
di antaranya tumbuhan yang bermanfaat. Tumbuhan tersebut perlu dibedabedakan agar supaya tidak salah penyebutannya, karena wujud dan
macamnya berbeda. Karena itu dirasakan perlunya suatu pengetahuan
mengenai cara atau metode untuk menguasai keseluruhan tumbuhan. Dari
1.24
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
tumbuhan yang sudah dikenal atau diketahui kemudian digolong-golongkan,
dikelompokkan, dikelas-kelaskan, disistematikkan atau diklasifikasikan.
Klasifikasi tumbuhan adalah penggolongan atau pengaturan tumbuhan dalam
suatu tingkatan kesatuan yang setiap unit pengelompokannya disebut sebagai
takson. Pengetahuan tentang sifat-sifat, ciri, nama-nama tumbuhan
selanjutnya disusun dalam suatu sistem yang dikenal sebagai ilmu tumbuhtumbuhan, dan terkadang disebut juga sistematika tumbuhan atau botani
sistematika.
Kita telah mendengar istilah tentang klasifikasi, sistematika, botani
sistematika dan taksonomi, terkadang masing-masing istilah ini saling
dipertukarkan atau campur-baur pengertiannya. Sekarang setiap istilah
tersebut telah didefinisikan tersendiri sehingga tidak lagi saling dipertukarkan
pengertiannya.
Taksonomi diartikan sebagai ilmu tentang teori klasifikasi, pencirian
dan penamaan. Taksonomi adalah suatu ilmu yang dinamis dan merupakan
pekerjaan yang tidak ada habisnya. Tumbuhan perlu dipelajari, dipertelakan,
direvisi, sistem klasifikasi perlu dievaluasi ulang, dicari kekerabatannya dan
memerlukan data-data dari banyak disiplin ilmu. Selama dunia tumbuhan
ada, selalu ada yang dipelajari tentang tumbuhan. Taksonomi sebagai ilmu
terus akan berkembang sejalan dengan besarnya hasrat untuk mencari
berbagai metode dan pendekatan baru guna menjelaskan evolusi dan
sistematika dunia tumbuhan. Taksonomi sendiri telah mengalami evolusi,
bahkan revolusi sejalan dengan revolusi yang terjadi dalam bidang biologi.
Metode dan pendekatan secara tradisional yang hanya berdasarkan pada sifatsifat morfologi semata, telah berkembang dengan sangat pesat sampai pada
penggunaan sumber bukti yang “kasat mata” yakni biologi molekuler dan
DNA sebagai tumpuannya. Memang tidak bisa dipungkiri bahwa
perkembangan dan kemajuan taksonomi saat ini maupun di masa depan tidak
terlepas dari kemajuan ilmu-ilmu lain yang ada di sekitarnya, demikian juga
sebaliknya bahwa kemajuan taksonomi akan turut berpengaruh terhadap
kemajuan ilmu-ilmu lain. Contoh kemajuan teknologi instrumentasi seperti
TEM, SEM, dan sekuensing DNA serta perkembangan ilmu komputer
memberikan jalan yang lebih leluasa untuk menggali sumber-sumber bukti
taksonomi dan menganalisisnya sehingga dapat dituangkan dalam suatu
sistem klasifikasi yang modern.
Tujuan utama taksonomi tumbuhan adalah mengenal, menjelaskan ciri,
variasi suatu tumbuhan, baik yang sekarang masih ada maupun yang dahulu
 BIOL4311/MODUL 1
1.25
pernah ada dalam suatu sistem yang sesuai dengan kemajuan ilmu
pengetahuan.
Upaya mempelajari tumbuhan memerlukan pendekatan-pendekatan
intelektual seperti pertelaan dan observasi, analitik dan eksperimen, sintetik
dan teori. Data-data dikumpulkan dari lapangan, laboratorium, kebun raya,
herbarium dan pustaka. Data-data ini sekarang dapat dianalisa dengan
komputer dan didokumentasikan sebagai spesimen yang disimpan di
herbarium, koleksi hidup di kebun raya atau berupa publikasi maupun
informasi tertulis yang disimpan di perpustakaan. Bahkan di era teknologi
informasi banyak data informasi yang dapat ditelusuri melalui internet.
Kita perlu mempelajari tumbuhan sebanyak mungkin serta merta
merawatnya karena tantangan besar saat ini adalah menjaga tumbuhan di atas
permukaan bumi dari kepunahan. Bukan lagi menjadi rahasia publik bahwa
dalam mempelajari tumbuhan kita perlu berpacu dengan gencarnya
kerusakan hutan dan lingkungan, penebangan liar, penjarahan lahan, dan
sebagainya. Kita perlu menggali informasi sebanyak-banyaknya sehingga
informasi dan klasifikasi tumbuhan dapat lebih efektif dan efisien.
B. PENCIRIAN
Sampai saat ini dalam praktiknya taksonomi masih seringkali
menghadapi kenyataan bahwa buku-buku taksonomi yang tersedia cenderung
berisi materi yang menjelaskan sifat-sifat morfologi, keterangan tentang
penyebaran geografi, dan beberapa data lapangan lainnya. Meskipun ilmu
tentang biologi molekuler, fitokimia, anatomi, palinologi, embriologi,
sitologi, dan juga tentang kekerabatan tumbuhan berkembang dengan pesat.
Pencirian adalah uraian sifat-sifat serta ciri-ciri obyek yang diberikan
dalam bentuk pertelaan. Dalam kehidupan sehari-hari dapat dicontohkan,
seorang penjual tanaman buah-buahan harus mengenal betul pohon buah
yang dijualnya, apakah itu mangga manalagi, harum manis, golek, atau
gedong. Dalam hal buah durian, perbedaan antara durian sunan, petruk, atau
monthong harus dikenal dengan baik. Ia perlu mengenal dan mengetahui
secara pasti jenis-jenisnya. Berdasarkan pengalaman dan pengetahuannya ia
tentu akan mengenal setiap jenis tanaman yang dijualnya. Seorang ibu rumah
tangga yang berbelanja sayur mayur dan rempah rempah untuk membuat
suatu masakan harus mengenal jenis, macam sayuran, dan rempah-rempah
untuk masakannya, demikian pula seorang penjual jamu gendong yang harus
1.26
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
dapat mengenal dan membedakan bahan-bahan untuk jamunya misalnya
kencur, kunyit, temulawak, jahe, sambiloto, dan sebagainya.
C. PERTELAAN CIRI ATAU DESKRIPSI
Pertelaan merupakan bagian yang sangat penting, sebab pertelaan
merupakan pengetahuan tentang takson. Pertelaan atau deskripsi adalah
pelukisan atau penggambaran dengan kata-kata tentang batasan, ruang
lingkup, dan sifat-sifat suatu takson itu. Pertelaan merupakan kesimpulan dan
perwujudan dari pencirian takson. Bahan baku pencirian itu pada umumnya
berupa sifat dan ciri yang dirinci, dianalisis atau disintesis, serta disajikan
sebagai bukti taksonomi. Sifat dan ciri inilah yang memungkinkan orang
menggambarkan konsep dan mengenal suatu takson. Hampir semua kegiatan
taksonomi tumbuhan itu melibatkan sifat dan ciri tumbuhan beserta
variasinya. Pertelaan umumnya berisi sifat dan ciri, yang sebagian besar
bersumber pada sifat-sifat morfologi tumbuhan.
Penguasaan morfologi dan terminologi tumbuhan mutlak diperlukan
untuk dapat membuat suatu pertelaan yang baik. Khususnya dalam
pengenalan atau identifikasi, baik identifikasi pertama kali untuk diterbitkan,
maupun identifikasi ulangan, yaitu identifikasi tumbuhan yang belum kita
kenal, tetapi telah dikenal oleh ahli-ahli tumbuhan, telah diberi nama dan
pertelaannya, dan telah dipublikasikan dalam bentuk karya ilmiah.
Jumlah jenis tumbuhan yang dikenal seseorang umumnya cukup banyak
walaupun pengenalannya hanya terbatas pada kesan visual dan terbatas pada
daya tampung ingatan saja. Untuk jenis-jenis tumbuhan yang tumbuh di
sekitar lingkungan barangkali belum banyak yang dikenal dan bahkan para
ahli taksonomipun tidak akan mampu mengenal semua jenis tumbuhan yang
ada di muka bumi kita. Indonesia yang wilayahnya di sekitar katulistiwa
dikenal sebagai “mega diversity”, sangat kaya akan macam ragam jenis
tumbuhann yang ditaksir mencapai 10% dari kekayaan tumbuhan dunia.
Tumbuhan yang sudah dikenal oleh para ahli termuat dalam karya-karya
ilmiah berupa flora atau monografi. Flora adalah suatu buku yang memuat
berbagai informasi mengenai semua jenis tumbuhan yang ada di wilayah itu,
sedangkan monografi merupakan suatu karya ilmiah yang memuat berbagai
informasi mengenai jenis-jenis tumbuhan yang termasuk dalam suatu unit
takson tertentu. Baik buku flora maupun monograf seringkali disertai dengan
suatu sarana yang berupa kunci atau tabel untuk mengenali jenis-jenis
 BIOL4311/MODUL 1
1.27
tumbuhan yang nama dan berbagai informasi lainnya dimuat di dalam buku
itu. Kunci atau tabel itu memuat serentetan pertanyaan-pertanyaan, yang bila
sudah terjawab akan memberitahukan nama jenis tumbuhan yang ditanyakan.
Oleh karena itu kunci atau tabel tersebut disebut kunci determinasi atau
kunci identifikasi. Pertanyaan-pertanyaan itu merupakan pertanyaan yang
sebagian besar mengenai sifat morfologi tumbuhan, sebagian kecil saja
mengenai hal-hal lainnya, misalnya mengenai habitat, dan sebagainya.
Tumbuhan yang belum kita kenal, tetapi telah dikenal oleh para ahli
taksonomi dan telah dimuat di suatu flora atau monograf dapat kita kenali
dengan menggunakan kunci identifikasi yang ada dalam karya-karya itu.
Untuk dapat menggunakan kunci identifikasi tersebut mutlak diperlukan
penguasaan istilah morfologi dan terminologi tumbuhan, disamping
ketajaman observasi dan ketelitian kerja.
Menyusun pertelaan, deskripsi atau diagnosis suatu tumbuhan harus
menggunakan suatu cara, sehingga hasilnya tertata dan sistematis, bentuknya
singkat, ringkas, dan padat seperti kalau orang menuliskan telegram, serta
yang penting adalah memudahkan para pemakainya.
Secara garis besar urutan yang umum diikuti dalam mempertelakan suatu
takson tumbuhan tinggi adalah:
1.
Perawakan tumbuhan dan daur hidup
Apakah perawakan tumbuhan berupa pohon, semak, herba, atau terna.
Kemudian mengenai panjang umurnya: setahun, dua tahun, atau menahun.
Selanjutnya apakah ada bagian-bagian lain di luar akar yang ada di dalam
tanah misalnya: umbi, akar, rimpang, dan sebagainya.
2.
Ekologi
Tempat tumbuhnya diuraikan secara singkat misalnya di atas permukaan
tanah berkapur, di sepanjang pantai, di pinggir sungai, rawa, dan sebagainya.
Ketinggian tempat di atas permukaan laut, iklim yang sesuai untuk
pertumbuhan optimal, dan data-data lain yang perlu diketahui.
3.
Akar
Berakar tunggang atau serabut dan kalau ada ciri-ciri lain perlu
ditambahkan.
1.28
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
4.
Batang
Ada tidaknya cabang pokok, jauh atau dekatnya mulai ada percabangan,
adanya akar banir, arah tumbuh, tegak, merayap, memanjat, membelit, dan
sebagainya. Adanya alat-alat tambahan, duri, bulu, rambut, bergetah atau
tidak, dan sebagainya. Demikian pula untuk dahan dan cabang diuraikan
seperti batang.
5.
Daun
Susunan daun, tunggal atau majemuk. Kalau majemuk yang bagaimana.
Letaknya apakah berseling, berhadapan, berkarang atau tersebar. Apakah ada
alat-alat tambahan misalnya daun penumpu dan ligula. Kemudian bagianbagian detil daun: pelepah daun, tangkai daun, dan helaian daun. Untuk daun
majemuk, setelah disebutkan susunannya, kemudian uraian tentang ibu
tangkai daun, cabang tangkai, dan anak daun.
6.
Alat-alat lainnya
Apabila belum disebutkan pada waktu mempertelakan batang atau
cabang, misalnya: kuncup, alat pembelit, duri, metamorfosis alat yang
mempunyai fungsi khusus misalnya gelembung penangkap serangga, alat
untuk mengapung di air, dan sebagainya.
7.
Bunga
Susunan bunga dan tempatnya: bunga tunggal atau majemuk. Untuk
bunga tunggal, ada tidaknya daun pelindung, uraian tentang tangkai bunga,
kelopak bunga, kelopak tambahan; daun mahkota atau tajuk, jumlah benang
sari dan bagian-bagiannya, jumlah putik dan bagian-bagiannya, bakal buah
atau karpel. Untuk bunga majemuk, terbatas atau tidak terbatas. Bentuk
bunga majemuknya apakah, bulir, tandan, malai, payung, atau bentuk
lainnya, tempat, ukuran, dan sebagainya. Untuk masing-masing bunga
diuraikan seperti pada bunga tunggal.
8.
Buah dan Biji
Macam buah, jumlah dan bentuk ukurannya, warna dan sifat-sifat
lainnya. Nama khusus buah kalau ada, warna waktu masih muda dan setelah
masak, dapat dimakan atau tidak. Jumlah biji dalam buah, bentuk, ukuran,
warna, dan sifat-sifat lainnya. Inti biji: bentuk lembaga, ada tidaknya putih
lembaga, sifat putih lembaga, dan sebagainya.
 BIOL4311/MODUL 1
1.29
D. KLASIFIKASI ATAU PENGGOLONGAN
Suatu proses pengaturan tumbuhan dalam suatu tingkat-tingkat kesatuan.
Ini dapat dicapai dengan menyatukan golongan-golongan yang berbeda.
Hasil dari proses pengaturan ini ialah suatu sistem klasifikasi, yang sengaja
diciptakan untuk menyatakan hubungan kekerabatan jenis-jenis makhluk
hidup satu sama lain. Pemakaian dan pengertian klasifikasi dalam praktik
sehari-hari sering simpang siur dan seringkali dipakai baik untuk proses
pengaturannya maupun untuk sistem yang dihasilkannya.
Penggolongan itu tidak hanya menyangkut soal penamaan dan pencirian
saja, akan tetapi juga berkaitan dengan masalah pencarian dan penentuan
hubungan kekerabatan atau kekeluargaan antara tumbuhan satu dengan
lainnya.
Setiap individu tumbuhan itu sekaligus dianggap termasuk dalam
sejumlah takson yang jenjang tingkatnya berurutan. Dengan demikian suatu
kesatuan terbagi atas kesatuan-kesatuan berikutnya yang lebih rendah
tingkatnya dan seterusnya. Setiap individu tumbuhan itu tergolong dalam
kesatuan-kesatuan taksonomi yang masing-masing mempunyai kedudukan
tertentu dalam sistem yang terjelma. Takson atau kesatuan taksonomi yang
terjelma dalam penggolongan tumbuhan adalah forma, varitas (varietas),
jenis (species), marga (genus), bangsa (ordo), dan seterusnya.
Suatu takson yang merupakan suatu populasi terdiri atas individuindividu dengan sifat yang sama, sifat-sifat itu mirip dengan sifat semua
keturunannya dan menempati suatu daerah distribusi tertentu pada saat
bersamaan disebut suatu jenis (species).
Individu-individu suatu populasi akan berkembang biak, saling kawin
dan bertukar gen, mati atau pindah, terpecah belah atau menggabung dengan
populasi lainnya, namun ciri dasar populasi itu secara keseluruhan tetap tidak
berubah.
Takson yang disebut dengan istilah jenis dianggap sebagai unit dasar,
demikian mendasar, sehingga sadar atau tidak, jika kita berbicara tentang
“tumbuhan” yang kita maksud sebenarnya adalah “jenis tumbuhan”. Apabila
seseorang bertanya tumbuhan apakah gerangan ini, sebenarnya yang ia
maksud adalah tergolong dalam jenis dengan nama apakah tumbuhan yang
ditanyakan itu.
1.30
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Banyak faktor dan kriteria yang bisa dijadikan dasar untuk
mendefinisikan jenis, sehingga menyebabkan banyak munculnya pendapat
tentang batasan atau definisi jenis itu.
Salah satu kriteria jenis berdasarkan morfologi geografi. Konsep ini telah
lama dipakai dan merupakan konsep paling umum hingga sekarang. Menurut
konsep ini jenis merupakan populasi yang terdiri atas individu-individu
dengan ciri-ciri morfologi yang sama dan dapat dipisahkan dari jenis-jenis
lain oleh adanya ketaksinambungan ciri-ciri morfologi yang berkorelasi.
Beberapa jenis dengan persamaan sifat-sifat tertentu membentuk suatu
takson yang menurut hirarki diberi kedudukan dan jenjang yang lebih tinggi
yang disebut dengan istilah marga (genus). Setiap marga diberi nama seperti
halnya setiap jenis. Demikian selanjutnya berturut-turut sejumlah marga
dijadikan satu suku (familia), yang masing-masing diberi nama yang
berbeda-beda pula. Beberapa suku dijadikan satu bangsa (ordo), beberapa
bangsa menjadi kelas (classis) dan divisi (divisio).
Biotipe adalah suatu populasi yang individu-individunya mempunyai
susunan genotipe yang sama. Dalam suatu populasi jenis secara sporadik
adakalanya terdapat satu atau beberapa biotipe tanpa pola penyebaran
tertentu tapi menunjukkan variasi bentuk yang jelas berbeda dengan anggota
populasi lainnya. Inilah yang seringkali terjadi secara kebetulan, faktor-faktor
gen resesif terkumpul sehingga timbulnya dalam populasi itu sporadik dan
terbatas tapi dengan ciri-ciri yang mantap.
Forma merupakan tingkat terendah yang diberi pengakuan taksonomi,
dengan nama ilmiah sebab umumnya mudah dikenal, misalnya karena
perbedaan warna bunga, bentuk dan ukuran daun, dan lain-lain. Takson di
bawah tingkat jenis yang banyak dipakai adalah varietas. Dalam lingkungan
pertanian istilah varietas umum dipakai untuk mengacu segala bentuk variasi
jenis tanaman, untuk ini istilah yang paling tepat adalah kultivar
(“cultivated variety”, varietas yang dibudidayakan atau dijinakkan).
 BIOL4311/MODUL 1
1.31
LA TIH AN
Untuk memperdalam pemahaman Anda mengenai materi di atas,
kerjakanlah latihan berikut!
1) Istilah klasifikasi, sistematika, dan botani sistematika kadang-kadang
saling dipertukarkan dan rancu dalam penggunaannya. Jelaskan masingmasing istilah tersebut!
2) Apa yang dimaksud dengan pertelaan atau deskripsi? Bagaimanakah
suatu pertelaan dapat dianggap baik?
3) Apa yang dimaksud dengan “takson”?
4) Apakah yang dimaksud dengan suatu jenis atau spesies?
5) Apa yang dimaksud dengan pencirian?
Petunjuk Jawaban Latihan
Untuk dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan latihan di atas, berikut
petunjuk yang harus Anda kerjakan:
1) Untuk menjawab pertanyaan ini, masing-masing istilah uraikan dengan
baik supaya tidak rancu dalam penggunaan sehari-hari.
2) Pertelaan atau deskripsi adalah penggambaran dengan kata-kata suatu
takson tertentu. Kemudian uraikan lebih lanjut!
3) Untuk dapat menjawab pertanyaan ini Anda harus membaca kembali bab
tentang takson.
4) Untuk dapat menjawab pertanyaan ini Anda harus membaca kembali bab
tentang takson, hirarki takson, dan memperdalam pengertian tentang
jenis atau spesies.
5) Untuk dapat menjawab pertanyaan ini Anda harus membaca kembali bab
tentang pencirian.
RA NGK UMA N
Kita telah sering mendengar istilah klasifikasi, sistematika, botani
sistematika, dan taksonomi. Terkadang istilah-istilah ini saling
dipertukarkan pengertiannya. Klasifikasi (penggolongan) adalah proses
pengaturan tumbuhan dalam suatu tingkatan kesatuan yang setiap unit
1.32
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
pengelompokannya disebut sebagai takson. Pengetahuan tentang sifatsifat, nama-nama tumbuhan tersebut lalu disusun dalam suatu sistem
dikenal sebagai ilmu tumbuh-tumbuhan, namun terkadang disebut juga
sistematika tumbuhan atau botani sistematika. Jadi sistematika
tumbuhan atau botani sistematika adalah suatu ilmu yang mempelajari
keanekaragaman tumbuhan dan terkadang disebut sebagai taksonomi
tumbuhan. Di sini cukup jelas batasannya sehingga dapat dibedakan di
antara klasifikasi, sistematika, botani sistematika, dan taksonomi. Tujuan
utama taksonomi tumbuhan adalah mengenal, menjelaskan ciri dan
variasi suatu tumbuhan, baik yang sekarang masih ada maupun yang
dahulu pernah ada dalam suatu sistem yang sesuai dengan kemajuan
ilmu pengetahuan.
Untuk mengenal lebih jauh suatu tumbuhan kita perlu mempelajari,
menjelaskan ciri, variasi suatu tumbuhan. Sampai saat ini taksonomi
masih seringkali menghadapi kenyataan bahwa sifat-sifat morfologi,
masih merupakan hal yang penting, meskipun saat ini ilmu tentang
biologi molekuler, fitokimia, anatomi, palinologi, embriologi, sitologi
dan tentang kekerabatan tumbuhan berkembang dengan pesat.
Pencirian adalah uraian sifat serta ciri obyek yang diberikan dalam
bentuk pertelaan atau deskripsi, dan secara rinci merupakan mata
pelukisan atau penggambaran dengan kata-kata tentang batasan, ruang
lingkup, dan sifat-sifat suatu takson itu. Pertelaan merupakan kesimpulan
dan perwujudan dari pencirian takson. Bahan baku pencirian pada
umumnya berupa sifat dan ciri yang terperinci.
Penguasaan morfologi dan terminologi tumbuhan mutlak diperlukan
untuk dapat membuat suatu pertelaan yang baik. Khususnya dalam
pengenalan atau identifikasi, baik identifikasi pertama kali untuk
diterbitkan, maupun identifikasi ulangan, yaitu identifikasi tumbuhan
yang belum kita kenal, tetapi telah dikenal oleh ahli-ahli tumbuhan, telah
diberi nama dan pertelaannya, dan telah dipublikasikan dalam bentuk
karya ilmiah.
Setiap individu tumbuhan itu sekaligus dianggap termasuk dalam
sejumlah takson yang jenjang tingkatnya berurutan. Suatu proses
pengaturan tumbuhan dalam suatu tingkat-tingkat kesatuan, ini dapat
dicapai dengan menyatukan golongan-golongan yang berbeda. Hasil dari
proses pengaturan ini ialah suatu sistem klasifikasi, yang sengaja
diciptakan untuk menyatakan hubungan kekerabatan jenis-jenis makhluk
hidup satu sama lain.
 BIOL4311/MODUL 1
1.33
TES FO RMA TIF 2
Pilihlah satu jawaban yang paling tepat!
1) Yang dimaksud dengan istilah taksonomi adalah ....
A. ilmu tentang teori klasifikasi, pencirian dan penamaan
B. ilmu tentang teori klasifikasi
C. pencirian
D. penamaan tumbuhan
2) Pertelaan umumnya bersumber pada ciri ....
A. morfologi
B. molekuler
C. anatomi
D. mikroskopik
3) Klasifikasi tumbuhan adalah penggolongan dan pengaturan tumbuhan
berdasarkan ....
A. tingkatan-tingkatan kesatuan
B. letak geografi
C. pola pertumbuhan
D. ekologi
4) Takson unit dasar yang umumnya kita bicarakan sehari-hari adalah ....
A. suku
B. marga
C. jenis
D. varietas
5) Untuk dapat menggunakan kunci identifikasi mutlak diperlukan ....
A. penguasaan istilah morfologi dan terminologi tumbuhan
B. penguasaan Bahasa Latin
C. penguasaan Bahasa Inggris
D. penguasaan Tata Nama Tumbuhan
Cocokkanlah jawaban Anda dengan Kunci Jawaban Tes Formatif 2 yang
terdapat di bagian akhir modul ini. Hitunglah jawaban yang benar.
Kemudian, gunakan rumus berikut untuk mengetahui tingkat penguasaan
Anda terhadap materi Kegiatan Belajar 2.
1.34
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Tingkat penguasaan =
Jumlah Jawaban yang Benar
100%
Jumlah Soal
Arti tingkat penguasaan: 90 - 100% = baik sekali
80 - 89% = baik
70 - 79% = cukup
< 70% = kurang
Apabila mencapai tingkat penguasaan 80% atau lebih, Anda dapat
meneruskan dengan Kegiatan Belajar 3. Bagus! Jika masih di bawah 80%,
Anda harus mengulangi materi Kegiatan Belajar 2, terutama bagian yang
belum dikuasai.
 BIOL4311/MODUL 1
1.35
Kegiatan Belajar 3
Aktivitas Penelitian Taksonomi Tumbuhan
A. FLORA
Aktivitas penelitian taksonomi tumbuhan yang tertua adalah penulisan
flora. Flora merupakan suatu daftar inventarisasi semua jenis tumbuhan yang
terdapat di suatu wilayah tertentu, dapat berupa wilayah yang luas ataupun
sempit. Biasanya flora ini merupakan hasil suatu eksplorasi. Kegiatan utama
dari eksplorasi berupa penjelajahan wilayah-wilayah untuk mengumpulkan
contoh herbarium selengkap-lengkapnya. Semua hasil yang diperoleh
diidentifikasi atau diberi nama, dibuat pertelaan teknisnya dan dibuat sensus
atau daftar selengkapnya. Di Indonesia kegiatan eksplorasi pada masa lalu
dilakukan oleh para ahli dari negara Belanda dan negara asing lainnya seperti
dari Inggris, Jerman, dan Swedia. Hasil yang diperoleh di determinasi dan
diberi nama, dibuat pertelaannya dan diadakan sensus seperlunya. Hasil
eksplorasi mereka memberikan gambaran secara jelas pada tumbuhan yang
sudah dikenal yang selanjutnya ditulis dalam beberapa buku Flora. Di Jawa
dikenal dengan terbitnya buku Flora of Java yang ditulis secara cermat dan
lengkap oleh Backer dan Bakhuizen van den Brink. Selanjutnya aktivitas
penelitian taksonomi tidak lagi berupa penulisan flora atau berupa eksplorasi
atau inventarisasi tumbuhan.
Penelitian sistematika tumbuhan Phanerogam di Jawa tidak lagi
didasarkan pada contoh herbarium yang dikumpulkan, namun sudah sampai
pada tahapan penelitian biosistematika. Berbeda halnya dengan penelitian
yang sama di luar pulau Jawa, masih banyak wilayah yang belum terjamah
atau belum lengkap eksplorasinya. Tulisan tentang flora masih terbatas pada
takson tertentu belum mencapai suatu wilayah yang lebih luas, misalnya data
flora di Sumatra belum tertulis secara keseluruhan, yang sudah tertulis adalah
suku Euphorbiaceae, Orchidaceae, dan marga Nephentes. Masih diperlukan
upaya yang cukup banyak untuk melengkapi data flora secara keseluruhan.
Pada saat ini kegiatan eksplorasi tentang Pandanaceae dan Annonaceae
sedang dirintis untuk melengkapinya. Demikian juga pulau-pulau lain selain
pulau Jawa, keadaannya hampir sama.
Terkadang penulisan flora memerlukan waktu cukup panjang, hampir
sepanjang hidup penulisnya, terutama di masa lalu. Namun sekarang lebih
1.36
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
banyak ditulis oleh beberapa penulis, suatu kolaborasi beberapa orang dengan
keahlian masing-masing. Hanya saja masih banyak juga dijumpai
kekurangannya, karena setiap penulis mempunyai gaya penulisan dan
mungkin format penulisannyapun berbeda-beda sehingga editornya tidak
mudah untuk menyelaraskannya.
Untuk wilayah yang data floranya belum banyak ditulis orang, maka
biasanya disusun suatu sensus jenis atau check list dan umumnya hanya
memuat nama semua jenis beserta keterangan penyebarannya, tanpa kunci
determinasi ataupun pertelaan jenis.
Atlas, gambar-gambar atau informasi penyebaran jenis dapat merupakan
salah satu cara penyajian yang sangat bermanfaat. Oleh karena data flora
umumnya mencakup semua jenis dari suatu wilayah, maka bermacam
masalah taksonomi belum terpecahkan. Banyak terjadi penulis tidak
mempunyai waktu untuk memecahkan masalah taksonominya. Penulis sering
mengatakan bahwa takson yang dibicarakan masih memerlukan studi lebih
lanjut.
Suatu Monograf batasan geografi tidak lagi menjadi hal yang penting,
uraian lengkap dari suatu takson di sini lebih penting. Sedangkan revisi lebih
banyak untuk mengatasi permasalahan taksonomi suatu takson tertentu.
Kecenderungan penelitian sistematika tumbuhan di dunia pada waktu ini
terutama di negara-negara maju Eropa, Amerika, dan Jepang telah sampai
pada tahap penelitian biosistematika. Hal ini dimungkinkan adanya beberapa
faktor, misalnya data floranya telah diketahui dengan baik, karena jumlahnya
juga tidak terlalu banyak. Kemudian juga dimungkinkan tersedianya tenaga
ahli, peralatan, dan biaya yang memadai.
B. REVISI DAN MONOGRAF
Banyak penelitian taksonomi dilakukan untuk suatu takson tertentu.
Penelitian ini dimaksudkan untuk mendapatkan informasi tentang anggota
dari suatu takson, menginterpretasikan data, memperbaharui sistem
klasifikasi dari suatu takson dan melakukan modifikasi atau mengkoreksi
tatanama yang sudah ada. Penelitian ini dipublikasikan sebagai suatu revisi
atau monograf. Publikasi ini sangat penting untuk menjadi dasar informasi
bagi penelitian lainnya.
Suatu monograf umumnya ditulis apabila suatu kelompok tumbuhan
mempunyai satu atau lebih ”masalah”. Biasanya dimulai dengan meneliti
 BIOL4311/MODUL 1
1.37
spesimen yang belum teridentifikasi atau adanya kesalahan identifikasi yang
tidak dapat dikelompokkan dalam suatu takson yang telah dikenal. Masalah
taksonomi mungkin berupa pola-pola variasi yang kurang dapat dijelaskan,
kurang jelasnya hubungan antara kunci dan pertelaan, adanya data-data baru
dari suatu tumbuhan, kesulitan tatanama dan berbagai informasi lain yang
menyebabkan tumbuhan yang dimaksud memerlukan penelitian lebih lanjut.
Banyak sekali tumbuhan tropik yang belum diteliti secara komprehensif,
belum diteliti secara detil, atau baru saja ditemukan.
Besarnya kelompok taksonomi yang dipelajari bervariasi, mulai dari
suatu marga sampai tingkatan suku atau bahkan takson yang lebih besar.
Terkadang yang dipelajari mencakup wilayah regional atau geografi tertentu.
Mungkin berupa suatu takson seksi atau anak-marga atau bahkan suatu
kelompok dari marga-marga yang mempunyai hubungan kekerabatan dekat.
Ahli taksonomi yang meneliti suatu kelompok taksonomi tertentu akan
menjadi ahli tumbuhan yang ditelitinya.
Kadang-kadang tidak ada batasan yang jelas antara revisi dan monograf.
Suatu monograf biasanya lebih komprehensif.
C. TATANAMA DAN PENELUSURAN PUSTAKA
Langkah awal penelitian monografi adalah melalui penelusuran pustaka
yang pernah diterbitkan dari takson yang diteliti. Tidak hanya pustaka
mutakhir, tetapi juga semua publikasi yang pernah ada termasuk publikasi
untuk yang pertama kalinya. Terutama mencakup penelusuran nama dan
pertelaan dari takson yang dipelajari serta pustaka yang ada hubungannya
dengan takson tersebut. Tidak hanya nama yang sekarang ini dipakai tetapi
juga nama sinonimnya. Di bawah ini disajikan beberapa sumber informasi
untuk penelusuran.
1. Index Kewensis Plantarum Phanerogamarum. 2 volume, Oxford,
1893-95 dengan 16 suplemen, 1900-1981. Berupa suatu index
berdasarkan abjad marga dan jenis tumbuhan angiospermae dan
gymnospermae yang dipublikasikan di manapun mulai Tahun 1753.
Tidak memuat takson infraspesifik. Memuat masing-masing nama,
termasuk singkatan pustaka dan tempat publikasi.
2. Index Filicum. Copenhagen, 1906, dengan suplemen sampai Tahun
1933. Suatu index nama-nama tumbuhan paku (pteridophyta), sebanding
dengan Index Kewensis.
1.38
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Gray Herbarium Card Index. Cambridge, Massachusetts, diperbaharui
terus menerus. Hanya memuat tumbuhan di belahan bumi barat. Memuat
daftar marga, jenis, dan takson infraspesifik dengan tempat dan tanggal
publikasi. Akhir-akhir ini kartu-kartunya dicetak dalam bentuk buku.
Genera Siphonogamarum. Berlin, 1900-1907. Memuat suku dan marga
tumbuhan disusun menurut sistem klasifikasi Engler dan Prantl.
Index nominum Genericorum. 3 volume. The Hague, 1979. Suatu
index moderen memuat nama marga, memberikan informasi penting
tempat dan tanggal publikasi termasuk tentang spesimen tipe dari jenis.
Index Londonensis to the Illustrations of Flowering Plants, Ferns,
and Ferns Allies. Oxford. 1921-1931, dengan satu volume suplemen
pada Tahun 1941. Suatu index ilustrasi awal tumbuhan berpembuluh,
terutama sangat penting untuk nama tumbuhan hortikultur.
A dictionary of Flowering Plants and Ferns, ed. 8. J.C. Willis: direvisi
oleh: H.K. Airy Shaw. Cambridge, England, 1973. Daftar semua marga
dan suku sejak 1753. Juga dimuat nama sinonim. Tidak memuat tanggal
dan tempat publikasi.
Taxonomic Literature. F.A. Stafleu. Utrecht, The Netherlands. 1967.
petunjuk publikasi botani disusun menurut abjad penulis. Memberikan
informasi tentang ahli botani, kebangsaannya, daftar publikasi utamanya,
herbarium tempatnya bekerja dan lokasi tipe spesimen.
Taxonomic Literature. 2nd Ed. F.A. Stafleu. 7 volume. Edisi ini
diperluas dengan lebih banyak ahli botani dan tambahan pustaka. Buku
yang sangat penting untuk menelusuri pustaka-pustaka lama.
Beberapa informasi ini sudah dapat ditelusuri melalui internet, misalnya
Index Kewensis.
Selain masalah-masalah tatanama dan spesimen tipe, terkadang
diperlukan informasi tentang biologi dan manfaat atau nilai ekonominya.
Informasi ini kemungkinan tersebar di perpustakaan. Diperlukan suatu cara
untuk dapat menemukan pustaka yang diperlukan. Sekarang ini telah banyak
perpustakaan yang melakukan komputerisasi koleksinya, sehingga sangat
memudahkan cara penelusurannya. Beberapa pustaka mungkin berupa bukubuku yang sudah sering dikenal atau mungkin dimuat di jurnal ternama,
namun ada pula berupa buku-buku yang kurang dikenal. Mendatangi
perpustakaan yang lengkap koleksinya masih diperlukan. Penelusuran
pustaka ini meskipun memakan waktu dan melelahkan, namun sangat penting
 BIOL4311/MODUL 1
1.39
untuk mendapatkan sejarah tatanama dari takson yang dipelajari. Pustaka
yang dianggap penting mungkin dipublikasikan dalam berbagai bahasa.
Pustaka awal banyak ditulis dalam bahasa Latin. Pustaka dalam bahasa asing
tidak dapat dihindari, meskipun penelitinya tidak menguasai bahasa tersebut.
Selain pustaka tentang tatanama, informasi lain mungkin juga diperlukan
misalnya informasi tentang struktur, biologi dan distribusi geografinya. Perlu
dihindari duplikasi penelitian takson yang sama atau takson yang telah
diteliti. Mengikuti symposium, konferensi atau seminar-seminar perlu
dilakukan untuk mengetahui seberapa jauh takson-takson telah dikerjakan,
juga untuk mengenal para ahli botani lainnya dan kemungkinannya untuk
bekerja-sama.
D. PENELITIAN HERBARIUM
Langkah awal untuk penelitian monografi adalah dengan melakukan
survei spesimen dari takson yang diteliti. Spesimen herbarium kering
merupakan sumber data dasar dan dapat memberikan berbagai macam
informasi. Spesimen herbarium memberikan catatan permanen tentang
morfologi suatu tumbuhan. Dapat memberikan informasi variasi morfologi,
waktu pembungaan dan berbuah, ekologi, dan wilayah geografinya.
Peneliti taksonomi yang memulai suatu penelitian monografi, spesimen
herbarium memberikan data-data yang sangat berharga dalam merencanakan
langkah-langkah selanjutnya. Variasi-variasi yang ada pada spesimen
herbarium dapat memberikan interpretasi taksonomi untuk takson yang
diteliti dan membantu untuk fokus penelitiannya. Spesimen yang belum
teridentifikasi atau yang salah identifikasi dapat menjadi masalah. Survei
spesimen herbarium ini dapat dilakukan di tempat kerjanya atau mengunjungi
herbarium lainnya.
Penelitian awal spesimen herbarium dan penelusuran pustaka akan
sangat membantu untuk merencanakan penelitian lapang. Dari data yang ada
di spesimen dapat direncanakan kapan dan di mana keberadaan spesimen
yang dipelajari, di mana saja pernah dikoleksi apakah dikoleksi dalam bentuk
fertil atau steril. Beberapa takson mungkin sangat umum dan mudah
didapatkan, sedangkan beberapa yang lain mungkin mempunyai persebaran
yang terbatas, dan tanpa berdasar dari data-data awal ini mungkin sulit untuk
dapat mengkoleksi kembali.
1.40
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Penelitian di herbarium lain terutama herbarium terkemuka yang
menyimpan spesimen yang diteliti harus dilaksanakan, tidak dapat
dihindarkan. Apabila tidak dapat meneliti secara langsung di herbarium lain,
dapat juga dilakukan melalui cara peminjaman spesimen. Biasanya suatu
herbarium memperbolehkan peminjaman spesimen untuk jangka waktu
tertentu yaitu 6 bulan atau satu tahun. Spesimen yang dipinjam harus dijaga
dengan baik dan dihindari hal-hal yang dapat merusak spesimennya. Pada
waktu mengembalikan spesimen, diharapkan penelitinya telah menempelkan
label kecil yang berisi nama yang betul dari spesimen tersebut, nama yang
mengidentifikasi dan tanggal identifikasi. Herbarium yang meminjamkan
mendapatkan keuntungan dengan telah diidentifikasinya spesimen atau
dibetulkannya nama spesimennya. Ada juga herbarium yang tidak
memperkenankan spesimennya dipinjam, namun dapat mengirimkan foto
atau dapat dilakukan penelusuran dengan komputer melalui website
herbarium yang bersangkutan.
Spesimen yang diteliti akan menjadi dasar untuk pembuatan kunci,
pertelaan taksonnya dan pembuatan peta distribusi untuk penulisan
manuskripnya. Spesimen-spesimen ini akan menjadi sumber data penting
yang apabila diorganisasi dengan baik akan sangat bermanfaat untuk peneliti
lainnya.
Sumber informasi lainnya untuk meminjam atau meneliti spesimen
herbarium adalah Index Herbariorum. Index herbariorum ini berisikan
informasi semua herbarium di dunia, dengan keterangan dari masing-masing
herbarium mengenai jumlah spesimen dan tipe spesimen koleksinya.
Disebutkan juga nama direkturnya, jumlah staf profesionalnya dan
spesialisasinya, dan koleksi penting yang mempunyai nilai sejarah. Untuk
masing-masing herbarium mempunyai nama singkatan. Index disusun
berdasar abjad kota di mana herbarium tersebut berada.
Untuk Indonesia, Tahun 2006 telah terbit Index Herbariorum
Indonesianum yang berisikan daftar herbarium di Indonesia yang sangat
bermanfaat untuk mereka yang akan meneliti, informasinya cukup lengkap,
sangat penting untuk memutuskan herbarium mana yang akan dikunjungi. Di
dalam indeks tersebut dijelaskan petunjuk pemakaiannya antara lain: kota
tempat herbarium berada, nama dan kode singkatan nama herbarium, alamat,
status kelembagaan, tahun didirikan, cakupan geografi, koleksi penting, sifat
koleksi, jumlah spesimen, spesialisasi penelitian, asosiasi dengan kebun raya,
keluaran publikasi, pinjam-meminjam spesimen, tukar-menukar spesimen,
 BIOL4311/MODUL 1
1.41
kepala lembaga, kurator, dan staf. Indeks disusun berdasarkan abjad kota
tempat herbarium berada.
E. PENELITIAN LAPANG
Penelitian lapang sangat penting untuk dilaksanakan apabila kita
melakukan penelitian monografi. Banyak sekali informasi-informasi yang
didapatkan di lapang, di habitat aslinya yang tidak lagi terlihat setelah
menjadi spesimen herbarium.
Penelitian lapang juga memungkinkan mendapatkan spesimen segar
untuk diteliti, atau dipakai untuk suatu percobaan. Biji atau tumbuhan hidup
dimungkinkan untuk ditumbuhkan selanjutnya diuji variasinya, percobaan
hibrid, dan sebagainya. Koleksi segar dapat diwetkan dengan bahan kimia
untuk kemudian dibuat preparat anatomi atau mungkin juga diekstraksi bahan
kimia tertentu misalnya alkaloid, kandungan minyak atsiri. Juga
dimungkinkan diambil contoh bagian tumbuhan untuk analisa DNA.
Kolektor di lapang dapat membuat koleksi yang cukup representatif
secara statistik dan akan mendapatkan variasi yang cukup. Hal ini mungkin
tidak ditemukan pada spesimen yang disimpan di herbarium. Untuk spesimen
yang jarang didapat di lapang, dapat diteliti apakah memang betul-betul
jarang atau hanya karena belum dikoleksi dengan baik.
Penelitian lapang seperti ini kemungkinan hasilnya sangat bergantung
pada alokasi waktu yang disediakan, apakah waktunya cukup atau sedikit.
Kadang di lapang kolektor frustasi karena tidak kunjung mendapatkan
tumbuhan yang dicari, karena sedikitnya informasi dari tumbuhan tersebut.
Mungkin tumbuhannya tidak lagi ditemukan karena hutan yang rusak, sudah
berubah menjadi wilayah permukiman, pertanian, atau perkebunan. Di
samping perlunya perencanaan yang baik untuk ke lapangan, pertimbangan
waktu sampai di lapang juga perlu diperhatikan apakah sampainya di lapang
sudah di luar musim berbunga atau berbuah, terlalu awal atau terlambat.
F. PENELITIAN DENGAN PERCOBAAN
Apabila peneliti telah menentukan masalah taksonomi yang harus
dipecahkan maka harus dilakukan suatu percobaan. Mungkin akan dilakukan
percobaan hibrid dari beberapa takson, mekanisme polinasi, tes breeding, dan
lain-lain yang memerlukan spesimen hidup. Hal ini dapat dilakukan di rumah
1.42
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
kaca, atau di lapang. Demikian pula sekuen DNA dapat dilakukan di
laboratorium. Beberapa penelitian lain memerlukan spesimen kering yang
telah diawetkan untuk kemudian dibuat preparat anatomi, penelitian
kromosom, atau analisa kimia. Pengamatan lebih detil untuk karakter mikro
dapat dilakukan dengan mikroskop cahaya atau mikroskop elektron.
G. PERSIAPAN PUBLIKASI SUATU REVISI ATAU MONOGRAF
Setelah beberapa waktu akan terkumpul data-data yang berkaitan dengan
masalah taksonomi seperti yang telah terindikasi pada awal penelitian.
Kadang-kadang muncul masalah taksonomi yang sebelumnya tidak
diperkirakan, sehingga memerlukan lagi pergi ke lapang atau mengulang
percobaan yang telah dikerjakan. Akhirnya determinasi batasan taksonomi
dari takson yang dipelajari dapat dilakukan, klasifikasi, dan juga penyesuaian
tatanama. Mungkin tidak semua masalah dapat terpecahkan, sehingga dibuat
kesimpulan sementara. Akhir dari pekerjaan akan berupa monograf atau
revisi.
Format penulisan biasanya pendahuluan, sejarah penelitian dari takson
yang diteliti, masalah taksonomi yang harus dipecahkan. Apabila berupa
suatu percobaan, metodologinya perlu dijelaskan dan diberikan pembahasan
dari hasil yang diperoleh.
Untuk treatment (perlakuan) taksonomi, nama marga dan sinonimnya
dilengkapi dengan pustaka, tempat, dan tanggal publikasinya. Dibuat
pertelaan marga sesuai dengan standar pertelaan botani diikuti dengan kunci
menuju jenis. Masing-masing jenis berikut infraspesifik taksonnya disajikan
dengan nama yang betul, data publikasi, informasi tentang spesimen tipe,
daftar sinonim dan publikasi berikut tanggal dan spesimen tipenya. Standar
pertelaan botani untuk masing-masing takson perlu dibuat, berikut
keterangan geografinya, ekologi dan kalau ada keterangan masa
perbungaannya. Jika ada tambahan informasi lainnya misalnya manfaat atau
nilai ekonominya. Daftar semua spesimen yang diperiksa juga dimuat. Potret
dari takson yang diteliti atau gambar botani akan memberikan gambaran yang
baik bagi takson yang diteliti.
Apabila ada takson yang tidak jelas kedudukannya atau masih diragukan
juga perlu disebutkan, barangkali peneliti lain akan dapat memecahkan
masalahnya. Terakhir adalah sitasi semua pustaka yang disebutkan dalam
tulisan yang dibuat.
1.43
 BIOL4311/MODUL 1
H. AKTIVITAS PENELITIAN BIOSISTEMATIKA
Biosistematika pada awalnya sering disebut sebagai taksonomi
percobaan yang merupakan studi taksonomi dengan melibatkan pengamatan
suatu populasi bukan individual, dan proses evolusi yang terjadi dalam
populasi tersebut. Bidang ini banyak menitikberatkan pada aspek genetik,
sitologi, ekologi taksonomi, dan harus melibatkan studi di lapang dan kebun
percobaan. Biosistematika dipertimbangkan sebagai studi variasi genotipe
dan fenotipe dari spesies dalam hubungan dengan lingkungan tempat
terjadinya. Sekarang istilah biosistematika sudah diperluas oleh para
taksonomis untuk mencakup kegiatan taksonomi yang tidak hanya
menggunakan spesimen herbarium tetapi juga menggunakan teknik yang
lebih baru seperti analisa DNA dan RNA.
Inventarisasi
biodiversitas
Ekologi
lingkungan
Managemen
konservasi
Pertanian
Kehutanan
Perikanan
BIOSISTEMATIKA
Evolusi
biogeografi
Survay dan
monitor
spesies
Obat-obatan
Farmakologi
Biokimia
Bioteknologi
genetik
Politik
Gambar 1.1.
Bidang-bidang penelitian yang memerlukan informasi dari
aktivitas biosistematika.
1.44
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Biosistematika berfungsi untuk menyediakan informasi data secara luas
dalam mendukung banyak bidang penelitian dan program terapan biologi lain
yang bermanfaat (Gambar 1.1). Melalui ilmu ini bentuk kehidupan
ditemukan, diidentifikasi, digambarkan, diberi nama, dikelompokkan,
dikatalogkan, dan dicatat keanekaragamannya, sejarah kehidupannya,
kebiasaannya, perannya dalam ekosistem, serta sebarannya dalam ruang dan
waktu.
Berikut ini adalah tiga contoh aktivitas penelitian biosistematika yang
menunjukkan pentingnya pengetahuan bidang ini:
1. Tapak dara, Catharantus roseus L. (Apocynaceae), berisi bahan kimia
yang digunakan untuk mengobati Leukimia, kanker darah. Banyak
tumbuhan dan hewan yang memiliki nilai farmasi yang masih
tersembunyi di hutan, laut, dan habitat lain yang menanti untuk
ditemukan.
2. Burung Dodo, Raphus cucullatus (Raphidae) punah Tahun 1680.
Kepunahannya merupakan konsekuensi dari keberadaan spesies lain,
yaitu pohon dodo. Pada kenyataannya, untuk berkecambah biji
tumbuhan ini harus dipecah oleh paruh burung, dan dicernanya. Manusia
menyebabkan kepunahan karena mengabaikan dan kurangnya
pengetahuan tentang burung dodo.
3. Kupu-kupu, Ornithoptera paradisea Staudinger, dan banyak kupu-kupu
lain yang punah karena habitatnya di rusak oleh manusia dan sebab lain
yaitu dikoleksi secara besar-besaran.
1.
2.
3.
Dari ketiga contoh penelitian tersebut disimpulkan bahwa:
Burung dodo tidak akan punah jika manusia memiliki pengetahuan
tentang biosistematika.
Tapak dara sekarang menjadi sangat berharga.
Kupu-kupu, Ornithoptera paradisea, sekarang dilindungi.
Pada saat ini, pengetahuan tentang kehidupan di bumi sedikit diketahui,
hanya sekitar 5% dari sumber daya biologi dunia, atau sekitar 1.5 juta dari
sekitar 30 juta spesies, yang sudah diketahui. Manusia terus mengganggu
sumber daya biologi dengan kecepatan tinggi sampai sekitar ½ spesies
terancam akan punah. Biosistematika sangat dibutuhkan untuk masa sekarang
dan yang akan datang agar terus menemukan makhluk hidup baru.
Pengetahuan Biosistematika dari organisme hidup adalah penting dalam
 BIOL4311/MODUL 1
1.45
mendisain program untuk mengawetkan integritas dan memelihara biosfer
yang akan bermanfaat bagi manusia itu sendiri. Adapun program yang perlu
didisain meliputi:
1. Pemanfaatan sumber daya secara komprehensif, manajemen, konservasi,
perlindungan biodiversitas biologi dan sumber daya biologi.
2. Mengawetkan ekosistem bumi dan lingkungan.
3. Pengembangan sosial manusia dengan cara memelihara lingkungan
untuk menjaga keseimbangan alam.
4. Penemuan dan identifikasi sumber makanan baru, sumber daya genetik,
indikator biologi lingkungan, agen kontrol biologi, dan organisme
dengan manfaat obat dan manfaat lain.
Secara tradisional, biosistematika menerapkan metode sekitar
perbandingan morfologi untuk menganalisis batasan dan kekerabatan takson.
Kebanyakan penelitian mencakup selang dari biologi populasi ke tingkat
taksonomi genus dan famili. Di samping percobaan dengan tumbuhan hidup
untuk menentukan hubungan persilangan, stabilitas karakter atau plastisitas,
dan genetika dari perbedaan karakter, juga pada sitologi untuk penelitian
ploidi dan hibridisasi, kimia dari senyawa sekunder, dan sistem marker
molekuler dari isozim sampai pembandingan sekuen genom. Pada masa kini,
banyak kekerabatan spesies diidentifikasi dan ditentukan dengan analisa
DNA dan RNA sebagai tambahan ke pendekatan morfologi dan biokimia.
LA TIH AN
Untuk memperdalam pemahaman Anda mengenai materi di atas,
kerjakanlah latihan berikut!
1) Apa yang Anda ketahui tentang flora?
2) Mengapa penelitian di pulau Jawa sudah masuk pada tahap penelitian
bio-sistematika? Bagaimana dengan keadaan penelitian di luar Jawa?
3) Jelaskan apa yang dimaksud dengan check list atau daftar jenis
tumbuhan!
4) Bedakan antara monograf dan revisi!
5) Mengapa suatu spesimen herbarium dianggap sebagai suatu sumber data
yang sangat berharga tentang suatu tumbuhan?
6) Mengapa penelitian di lapang juga diperlukan?
1.46
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Petunjuk Jawaban Latihan
Untuk dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan latihan di atas, berikut
petunjuk yang harus Anda kerjakan:
1) Untuk dapat menjawab pertanyaan ini, Anda dapat membaca kembali
tentang flora dan tentang kegiatan eksplorasi.
2) Pertanyaan ini dapat dijawab dengan memberikan penjelasan tentang
terbitnya 3 volume buku Flora of Java dan jelaskan pula besarnya
implikasi terhadap terbitnya publikasi ini. Sedangkan keadaan di luar
Jawa dapat Anda jelaskan melalui keadaan eksplorasi buku-buku yang
ada untuk luar Jawa.
3) Anda dapat menjelaskan pertanyaan ini dengan membaca kembali
tentang bab check list dan berikan contohnya.
4) Monograf dan revisi dapat dijelaskan dengan menguraikan difinisi arti
kata masing-masing dan diberikan penjelasan berikut contohnya.
5) Spesimen herbarium tidak hanya sekedar suatu koleksi tumbuhan.
Jelaskan apabila Anda mengamati suatu spesimen, data-data apa saja
yang dapat Anda peroleh dari spesimen tersebut.
6) Informasi di lapang banyak yang tidak tercatat di spesimen herbarium.
Jelaskan juga manfaat-manfaat lain dengan mengadakan pengamatan di
lapang.
RA NGK UMA N
Aktivitas penelitian taksonomi tumbuhan yang tertua adalah
penulisan flora. Flora merupakan suatu daftar inventarisasi semua jenis
tumbuhan yang terdapat di suatu wilayah tertentu, dapat berupa wilayah
yang luas ataupun sempit. Biasanya flora ini merupakan hasil suatu
eksplorasi. Kegiatan utama eksplorasi berupa penjelajahan berbagai
ragam wilayah untuk mengumpulkan contoh herbarium selengkaplengkapnya. Seluruh hasil yang diperoleh diidentifikasi atau diberi nama,
dibuat pertelaan teknisnya dan dibuat sensus atau daftar sepenuhnya. Di
Indonesia flora yang telah ditulis secara lengkap hanya flora di wilayah
pulau Jawa sedangkan pulau-pulau lainnya masih terbatas pada taksontakson baik itu tingkatan marga atau suku tertentu dan belum bersifat
menyeluruh. Penelitian yang dilakukan untuk suatu takson tertentu
dimaksudkan untuk mendapatkan informasi tentang anggota dari suatu
takson, menginterpretasikan data, memperbaharui suatu klasifikasi dari
 BIOL4311/MODUL 1
1.47
suatu takson dan melakukan modifikasi atau mengoreksi tatanama yang
sudah ada. Penelitian ini dipublikasikan sebagai suatu revisi atau
monograf. Penelitian monografi ataupun revisi diawali dengan
melakukan survei spesimen dari takson yang diteliti biasanya memakai
spesimen herbarium. Spesimen herbarium ini merupakan sumber data
yang sangat berharga, memberikan catatan permanen tentang tumbuhan
tersebut. Penelitian lapang sangat penting untuk dilaksanakan apabila
kita melakukan penelitian monografi. Banyak sekali informasi-informasi
yang didapatkan di habitat aslinya, yang tidak lagi terlihat setelah
menjadi spesimen herbarium. Penelitian lapang juga memungkinkan
mendapatkan spesimen segar untuk diteliti, atau dipakai untuk suatu
percobaan. Kolektor di lapang dapat membuat suatu koleksi yang cukup
representatif. Apabila peneliti telah menentukan masalah taksonomi
yang harus dipecahkan maka harus dilakukan suatu percobaan. Aktivitas
kegiatan Biosistematika meliputi penyediaan informasi data secara luas
untuk mendukung banyak bidang penelitian dan program terapan biologi
yang bermanfaat. Adapun kegiatannya antara lain: menemukan bentuk
kehidupan baru, mengidentifikasi, menggambarkan, memberi nama,
mengelompokkan, mengatalogkan, dan mencatat keanekaragaman,
sejarah kehidupan, kebiasaan, perannya dalam ekosistem, sebarannya
dalam ruang dan waktu. Pendekatan yang digunakan dalam aktivitas
biosistematika sangat luas mulai dari analisa morfologi sampai
pembandingan sekuen genom melalui analisa DNA dan RNA.
TES FO RMA TIF 3
Pilihlah satu jawaban yang paling tepat!
1) Flora adalah ....
A. daftar inventarisasi jenis tumbuhan di suatu wilayah geografi
tertentu
B. daftar inventarisasi jenis tumbuhan tanpa memperhatikan wilayah
geografi
C. tulisan lengkap tentang suatu takson tertentu
D. tulisan tentang perubahan tatanama
2) Untuk suatu penelitian taksonomi pustaka yang diperlukan adalah ....
A. pustaka mutakhir
B. pustaka lama
C. informasi dari internet
D. pustaka mutakhir, pustaka lama dan informasi dari internet
1.48
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
3) Suatu monograf adalah ....
A. tulisan tentang permasalah taksonomi suatu tumbuhan
B. tulisan lengkap suatu takson
C. tulisan lengkap suatu takson pada wilayah geografi tertentu
D. daftar jenis tumbuhan
4) Suatu revisi tumbuhan adalah ....
A. tulisan tentang permasalah taksonomi suatu tumbuhan
B. tulisan lengkap suatu takson
C. tulisan lengkap suatu takson pada wilayah geografi tertentu
D. daftar jenis tumbuhan
5) Daftar jenis tumbuhan atau check list adalah sensus jenis yang
memuat....
A. nama semua jenis di suatu wilayah beserta keterangan
penyebarannya, tanpa kunci determinasi ataupun pertelaan jenis
B. nama semua jenis di suatu wilayah beserta keterangan
penyebarannya, dengan kunci determinasi
C. nama semua jenis di suatu wilayah beserta keterangan
penyebarannya, lengkap dengan kunci determinasi dan pertelaan
D. hanya nama-nama jenis di suatu wilayah tertentu
Cocokkanlah jawaban Anda dengan Kunci Jawaban Tes Formatif 3 yang
terdapat di bagian akhir modul ini. Hitunglah jawaban yang benar.
Kemudian, gunakan rumus berikut untuk mengetahui tingkat penguasaan
Anda terhadap materi Kegiatan Belajar 3.
Tingkat penguasaan =
Jumlah Jawaban yang Benar
100%
Jumlah Soal
Arti tingkat penguasaan: 90 - 100% = baik sekali
80 - 89% = baik
70 - 79% = cukup
< 70% = kurang
Apabila mencapai tingkat penguasaan 80% atau lebih, Anda dapat
meneruskan dengan modul selanjutnya. Bagus! Jika masih di bawah 80%,
Anda harus mengulangi materi Kegiatan Belajar 3, terutama bagian yang
belum dikuasai.
 BIOL4311/MODUL 1
1.49
Kunci Jawaban Tes Formatif
Tes Formatif 1
1) B pohon, semak, dan herba.
2) A alat reproduksi seksual tumbuhan.
3) A penafsiran hubungan kekerabatan evolusioner.
4) A bunga primitif mempunyai bagian-bagian banyak, lengkap, dan
lepas-lepas.
5) D sekuen asam amino dan nukleotida.
Tes Formatif 2
1) A ilmu tentang teori klasifikasi, pencirian, dan penamaan.
2) A ciri morfologi.
3) A penggolongan, pengaturan tumbuhan berdasarkan tingkatantingkatan kesatuan.
4) C jenis.
5) A penguasaan istilah morfologi dan terminologi tumbuhan.
Tes Formatif 3
1) A daftar inventarisasi tumbuhan di suatu wilayah geografi tertentu.
2) D pustaka mutakhir, pustaka lama, dan informasi dari internet.
3) B tulisan lengkap suatu takson.
4) A tulisan tentang permasalahan taksonomi suatu tumbuhan.
5) D sensus jenis yang hanya memuat nama-nama jenis di suatu wilayah
tertentu.
1.50
Taksonomi Tumbuhan Tinggi 
Daftar Pustaka
Campbell, N.A., L.G. Mitchell & J.B. Reece. (1999). Biology concept and
connection. Third edition. Benyamin Cummings, an Impril of Addison
Wisley Longman Inc.
Davis, P.H. & V.H. Heywood. (1963). Principles of Angiosperm Taxonomy.
Edinburg & London: Oliver & Boyd.
Judd, W.S. Campbell, E.A. Kellog, P.F. Stevens & M.J. Donoghue. (2002).
Plant Systematics: A Phylogenetic Approach. Second edition. Sinauer
Associates, Inc. Sunderland, Ma 01375-04070
Lawrence, G.H.M. (1951). Taxonomy of vascular plants. New York:
Macmillan.
Pujoarinto, A. (2001). Taksonomi Tumbuhan Tinggi. Jakarta: Pusat
Penerbitan Universitas Terbuka.
Soerjani, M. G. Tjitrosoepomo & A.J.H.H. Kostermans (ed.). (1987). Weeds
of rice in Indonesia. Jakarta: Balai Pustaka.
Rifai, M.A. (1976). Sendi-sendi Botani Sistematika. Bogor: Herbarium
Bogoriense.
Walters, D.R. &D.J. Keil. (1977). Vascular plant taxonomy. Third edition.
Kendall/Hunt Publishing Company.