ANALISIS KUALITATIF BAKTERI PEMRODUKSI BIOGAS DALAM

ANALISIS KUALITATIF BAKTERI PEMRODUKSI BIOGAS DALAM SISTEM
ANAEROBIC DIGESTION DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION-SINGLE
STRAND CONFORMATION POLYMORPHISM
(PCR-SSCP)
Oleh
Dita Puspita Sari
10/305239/PA/13466
ABSTRAK
Akan dilakukan analisis kualitatif bakteri pemroduksi biogas dalam sistem anaerobic
digestion dengan Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCRSSCP). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri pemroduksi biogas yang mampu
tumbuh pada media dan supernatan pada sistem anaerobic digestion dan jenis media yang
terbaik untuk menumbuhkan bakteri pemroduksi biogas.
Langkah pertama yang akan dikerjakan yaitu ekstraksi DNA dengan DNA isolation kit
dari Roche dan karakterisasi dengan elektroforesis gel poliakrilamida. Amplifikasi dengan PCR
dilakukan dengan pasangan primer 16S rRNA dari domain archaea yaitu ARC-787f (5’-ATTAG
ATACC CSBGT AGTCC-3’) dan ARC-1059r (5’-GCCAT GCACC WCCTC T-3’). Prosedur
selanjutnya yaitu analisis SSCP dan pengelusian DNA dari potongan gel. Re-amplifikasi DNA
akan dikerjakan dengan primer yang sama dengan prosedur amplifikasi awal. Analisis urutan
basa DNA terhadap masing-masing produk PCR dilakukan dengan identifikasi urutan BLASTn
yang mirip pada Genbank NCBI.
Kata kunci : kualitatif, bakteri pemroduksi biogas, anaerobic digestion, PCR-SSCP