EKOLOGI MIKROBA

V.
KARAKTERISASI FENOTIP
(Phenotypic Characterization)
Karakter Kultur, Morfologi, Fisiologi, Biokimia, Nutrisi
Tujuan Praktikum
1. Melakukan beberapa karakterisasi fenotip spesies bakteri yaitu
karakter kultur (morfologi koloni dan pigmentasi), morfologi (bentuk
dan ukuran sel, reaksi pewarnaan gram, pewarnaan endopora,
pewarnaan kapsula, uji motilitas) dan fisiologi (pertumbuhan sel pada
media NA dan trypticase soy agar, pertumbuhan sel pada rentang T,
pH
dan
konsentrasi
NaCl,
uji
pertumbuhan
aerobik/anaerobik/fakultatif), biokimia dan nutrisi.
2. Memahami konsep dan menguasai cara melakukan karakterisasi
fenotip spesies bakteri
Teori Ringkas
Metode polifasik adalah metode yang sangat tepat dan akurat untuk melakukan
klasifikasi dan identifikasi prokariot. Metode polifasik ini merupakan gabungan
karakterisasi secara fenotip dan genotip. Karakterisasi fenotip meliputi
karakterisasi kultur, morfologi, fisiologi, biokimia, nutrisi, kemotaksonomi,
seralogi, dan inhibitor. Karakterisasi genotip meliputi DNA, RNA dan protein.
Analisis DNA meliputi DNA total (mol%G+C, restriction patterns, genome size
dan DNA:DNA hybridization) dan segmen DNA. Dalam praktikum ini, kita akan
melakukan praktikum untuk karakter fenotip (kultur, morfologi, fisiologi, nutrisi,
dan biokimia).
Bahan dan alat
- Peralatan kerja aseptik
- Peralatan preparat mikroskopik
- Inkubator 37oC
- Agar NA miring
- Agar trypticaase soy
- NaCl (konsentrasi 1, 3, 5, 7%)
- Set pewarnaan gram
- Set pewarnaan endospora
-
Set media pertumbuhan aerobik/ anaerobik/fakultatif
Air suling
Alkohol 70%
Spritus
Sarung tangan latex
Masker
Pinset
Botol semprotan alkohol
Lampu spritus
Mikroskop cahaya
Mikroskop diseksi
Spektrofotometer
1.1 Karakterisasi kultur
1. Lakukan pengamatan morfologi koloni dan pigmentasi dengan mikroskop
diseksi
1.2 Karakterisasi morfologi
1. Lakukan pengamatan bentuk sel dan ukuran sel dengan menggunakan
mikroskop
2. Lakukan pewarnaan gram
3. Lakukan pewarnaan endospora
4. Lakukan pengamatan kapsula
1.3 Karakterisasi fisiologi
1. Inokulasikan biakan murni isolat pada media tumbuh isolat dan inkubasi
pada T kamar, kulkas dan T 45oC. Amati pertumbuhannya dan catat
hasilnya!
2. Inokulasikan biakan murni isolat pada media tumbuh isolat dengan pH 2,
4, 6, 8, 10 dan inkubasi pada T kamar. Amati pertumbuhannya dan catat
hasilnya!
3. Inokulasikan biakan murni isolat pada media tumbuh isolat dengan
konsentrasi NaCl 1%, 3%, 5%, 7% dan 9% dan inkubasi pada T kamar.
Amati pertumbuhannya dan catat hasilnya!
4. Inokulasikan biakan murni isolat pada agar NA dan agar trypticase soy
dan inkubasi pada T kamar. Amati pertumbuhannya dan catat hasilnya!
5. Lakukan uji aerobik/anaerobik/fakultatif terhadap biakan murni isolat
tersebut.
6. Lakukan uji motilitas terhadap biakan murni isolat tersebut.
1.4 Karakterisasi biokimia dan nutrisi dan tambahan karakterisasi fisiologi
2
1. Glycerol enriched medium: untuk kultivasi dari mikroba heterotrof
2. Inositol/D-sorbitol/D-mannitol/i-erythrisol: uji fermentasi gula dengan
membentuk asam dan gas
3. Asam asetat diferensial agar: untuk diferensiasi Shigella dari E. Coli dan
untuk diferensiasi bakteri gram negatif non-fermenting. Bakteri yang dapat
memanfaatkan asetat sebagai sumber karbon mengubah medium
menjadi biru
4. Tween 80 Agar: Untuk kultivasi dan diferensiasi Pseudomonas
berdasarkan kemampuan menghidrolisis Tween 80. Bakteri yang dapat
menghidrolisis Tween 80 menunjukkan koloni yang dikelilingi zona
transparan.
5. Xanthine agar: untuk diferensiasi spesies Actinomycetes aerobik. Zona
bening di sekitar koloni mengindikasikan penggunaan xanthine.
Streptomycetes dapat menggunakan xanthine, tetapi kebanyakan
Nocardia dan Actinomadura tidak dapat menggunakan xanthine.
Catatan :
Harap pergunakan sarung tangan dan masker serta senantiasa mencuci
tangan dengan sabun antiseptik serta alkohol 70% untuk menghindari
kemungkinan infeksi mikroba patogen.
Pertanyaan :
1. Deskripsikan karakterisasi fenotip dari setiap strain yang saudara peroleh
3