ANALISIS FILOGENETIKA BAKTERI Aeromonas

ANALISIS FILOGENETIKA BAKTERI Aeromonas hydrophila DARI ISOLAT IKAN
SEHAT MENGGUNAKAN SIKUEN GEN gyrB
ABSTRAK
Aeromonas hydrophila berperan sebagai microbial flora bagi hewan-hewan air pada kondisi lingkungan
stabil dan dapat menjadi patogen pada ikan kondisi lingkungan perairan yang buruk. Klasifikasi genus
Aeromonas sangat kompleks, salah satu spesies yang taksonominya masih diperdebatkan, hingga menjadi
salah satu isu taksonomi yang konvensional dalam genus ini yaitu A.hydrophila. Tujuan penelitian ini
yaitu untuk mempelajari hubungan kekerabatan A. hydrophila yang diisolasi dari beberapa ikan sehat
berdasarkan sikuen gen gyrB. Pada penelitian ini dilakukan pengujian morfologi dan biokimia guna
memastikan isolat bakteri yang digunakan merupakan bakteri A. hydrophila yang sama digunakan dengan
penelitian sebelumnya yang berasal dari intestin ikan sehat (gurame, nila, lele, dan mas). Selain itu,
dilakukan identifikasi secara molekuler dengan menggunakan gen lip sebagai gen spesifik A. hydrophila.
Hasil pengujian secara morfologi dan biokimia menunjukkan 6 isolat yang diuji merupakan bakteri A.
hydrophila. Keenam isolat tersebut merupakan bakteri gram negatif dengan bentuk basil pendek,
merupakan bakteri fakultatif anaerob, bersifat motil dan dapat menghasilkan gas H2S, positif pada uji
oksidasi dan memiliki kemampuan β hemolisis. Hasil pendeteksian dengan gen lip pada seluruh isolat A.
hydrophila, hanya 2 isolat yang menunjukkan amplikon pada gen ukuran 760 bp, sedangkan dari hasil
analisis bioinformatika menggunakan sikuen gen gyrB menunjukkan keenam isolat bakteri tersebut
berada dalam satu kelompok yang sama dengan A. hydrophilA ATCC 7966.
Kata kunci : Aeromonas hydrophila, gen gyrB, filogenetika
Riska Lisnawati, 2015
ANALISIS FILOGENETIK BAKTERI Aeromonas hydrophila DARI ISOLAT IKAN SEHAT MENGGUNAKAN SIKUEN GEN gyrB
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
PHYLOGENETIC ANALYSIS OF Aeromonas hydrophila OF HEALTHY FISH ISOLATE
USING gyrB GENE
ABSTRACT
Aeromonas hydrophila act as microbial flora of aquatic organism in stable environmental conditions and
it can be pathogenic to fish under the poor environmental conditions. Classification of the genus
Aeromonas is very complex, one of the species that is still being discussed regarding its taxonomy and
becoming a controversial taxonomic issue is the species of A. hydrophila. The purpose of this research is
to study the phylogenetic relationship of A. hydrophila isolated from several healthy fish based on gyrB
gene sequence. In this study, morphological and biochemical test is run to confirm that the bacteria
isolates of A. hydrophila is the same isolate used in the previous studies, taken from healthy fish’s
intestine (carp, tilapia, catfish, and goldfish). In addition, molecular identification was tested using lip
gene detection as the specific gene of A. hydrophila. The results of morphological and biochemical test
showed 6 isolates examined were A. hydrophila bacteria. The sixth isolates are identified as gramnegative bacteria with the form of short bacillus, facultative anaerobic bacteria, motile, and produces H2S
gas, positive in oxidation test and has the ability of β hemolysis. Gene detection using lip gene on all
isolates of A. hydrophila, revealed only 2 isolates which showed amplicon size of 760 bp. While the
results of bioinformatics analysis using gyrB gene sequence showed that the six isolates are in the same
group with A. hydrophila ATCC 7966.
Kata kunci : Aeromonas hydrophila, gyrB gene, phylogenetic
Riska Lisnawati, 2015
ANALISIS FILOGENETIK BAKTERI Aeromonas hydrophila DARI ISOLAT IKAN SEHAT MENGGUNAKAN SIKUEN GEN gyrB
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu