ISOLASI FRAGMEN TENGAH KETIGA GEN Pun1 DARI Capsicum

ISOLASI FRAGMEN TENGAH KETIGA GEN Pun1
DARI Capsicum frutescens L. kultivar Cakra Hijau
Septi Kurniama Sari, Eko Sri Sulasmi, Dwi Listyorini
Universitas Negeri Malang
Jalan Semarang No.5 Malang 65145, Indonesia
E-mail: [email protected]; [email protected]
ABSTRAK: Capsicum frutescens kultivar Cakra Hijau merupakan cabai lokal yang banyak
dibudidayakan di Indonesia. Kapsaisin yang dikode oleh gen Pun1 merupakan senyawa
metabolit sekunder yang mempengaruhi rasa pedas pada cabai. Isolasi fragmen depan dan
tengah kedua gen Pun1 dari C. frutescens kultivar Cakra Hijau sebelumnya menghasilkan
sekuen sepanjang 905 bp. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi sekuen bagian tengah ketiga
gen Pun1 dari C. frutescens kultivar Cakra Hijau. Amplifikasi menggunakan teknik PCR
(Polymerase Chain Reaction) dengan primer forward 5’-GTC TAG CGT TAC TCG TGA TC3’ dan reverse 5’-CTG ATT CTT CTG CCA CCT TC-3’. Hasil penelitian mendapatkan
fragmen gen Pun1 pada bagian tengah ketiga sepanjang 576 bp. Penggabungan hasil isolasi
menunjukkan sekuen gen Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau sepanjang 1353, posisi
fragmen tengah ketiga ada pada basa ke 777 sampai 1353.
Kata Kunci: Capsicum frutescens kultivar Cakra Hijau, gen Pun1, isolasi DNA, kapsaisin
ABSTRACT: Capsicum frutescens cultivar Cakra Hijau is a local chilli pepper species that
widely cultivated in Indonesia. Capsaicin that encoded by Pun1 gene was compound of
secondary metabolites affect the pungency of pepper. Front and middle second fragment of
Pun1gene from C. frutescens cultivar Cakra Hijau have been isolated before obtain 905 bp.
This study was aimed to isolate the third middle fragment of Pun1 gene from C. frutescens
cultivar Cakra Hijau. Gene was amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction) techniques
using forward primer 5’-GTC TAG CGT TAC TCG TGA TC-3’ and reverse primer 5’-CTG
ATT CTT CTG CCA CCT TC-3’. The result obtain 576 bp fragment of Pun1 gene. The Pun1
gene fragments combination from C. frutescens cultivar Cakra Hijau showed 1353 base
squences, located in 777th until 1353rd of the squences.
Keywords: Capsicum frutescens cultivar Cakra Hijau, Pun1 gene, DNA isolation, capsaicin
Capsicum frutescens kultivar Cakra Hijau merupakan cabai kultivar lokal Indonesia
yang tahan hama penyakit, masa panen singkat ± 80 hari setetelah tanam, dan memiliki rasa
buah yang lebih pedas (Kusumawati, 2013). Capsicum memiliki metabolit sekunder berupa
kapsaisin yang dapat menyebabkan rasa pedas pada cabai (Nwoken et al., 2010). Kapsaisin
pada dasarnya digunakan tumbuhan untuk mempertahankan diri dari pemangsa (HernandezGarcia et al., 2013). Kapsaisin juga bermanfaat dalam bidang pengobatan sebagai analgesik,
antimikroba (Kouassi et al., 2012), mengurangi kolesterol dan obesitas, serta sebagai anti
kanker (Reyes-escogedo et al., 2011).
Biosintesis kapsaisin melibatkan capsaicin synthase sebagai enzim terakhir dalam
pembentukan kapsaisin (Mazourek et al., 2009). Capsaicin synthase termasuk golongan
acyltransferase, yaitu kelompok enzim yang mempercepat transfer acyl dari satu substansi
ke substansi yang lain. Enzim capsaicin synthase memiliki peran penting dalam biosintesis
kapsaisin (Prasad et al., 2006). Pemetaan ekspresi acyltransferase yang diisolasi
menunjukkan acyltransferase 3 (AT3) sebagai gen yang mempengaruhi sintesis kapsaisin
(Stewart et al., 2005). Sekuen AT3 ditemukan dalam lokus Pun1 dan dikenal dengan istilah
gen Pun1yang merupakan regulator utama penyusun jalur sintesis kapsaisin (Reddy et al.,
2014).
Rekayasa genetik membutuhkan sekuen gen yang utuh (Lutz et al., 2011). Isolasi gen
pada C. frutescens kultivar Cakra Hijau oleh Habibi (2012) menghasilkan sekuen AT3
sepanjang 404 basa pada posisi tengah pertama. Penelitian lanjutan oleh Manggabarani
(2013) menghasilkan sekuen AT3 sepanjang 326 basa pada fragmen bagian depan dan 261
basa pada bagian tengah kedua. Secara keseluruhan, fragmen gen Pun1 yang telah
ditemukan adalah sepanjang 905 basa. Panjang total dan susunan sekuen bagian akhir gen
Pun1 dari C. frutescens kultivar Cakra Hijau masih belum diketahui.
Penelitian terkait isolasi pada fragmen tengah ketiga gen Pun1 perlu dilakukan untuk
mengetahui susunan basa lanjutan gen Pun1 dari C. frutescens kultivar Cakra Hijau,
sehingga dapat diperoleh sekuen yang utuh.
METODE
Jenis penelitian adalah deskripstif eksploratif. Isolasi DNA total dilakukan terhadap
daun muda Capsicum frutescens kultivar Cakra Hijau menggunakan modifikasi protokol kit
isolasi tumbuhan (Genomic DNA mini Kit (Plant) Geneaid). Pengecekan kuantitas DNA
menggunakan Nano Drop spektrofotometer. Amplifikasi gen Pun1 menggunakan teknik
PCR menggunakan sepasang primer (F4/R4). Primer forward (F4) 5’-GTC TAG CGT TAC
TCG TGA TC-3’ didesain berdasarkan sekuen gen Pun1 C. frutescens cv. Cakra Hijau hasil
isolasi sebelumnya, sedangkan primer reverse (R4) 5’-CTG ATT CTT CTG CCA CCT TC-3’
dirancang berdasarkan template bagian belakang sekuen gen Pun1 spesies pembanding (C.
frutescens cv. Shuanla). Proses PCR menggunakan 35 siklus dengan pra-denaturasi 94°C, 2
menit; denaturasi 94°C, 20 detik; annealing 55°C, 10 detik, ekstensi 72°C, 50 detik, dan
ekstensi akhir 72°C, 5 menit. Hasil PCR dilihat dengan elektroforesis menggunakan gel
agarose 1,5%. Sekuensing gen target dilakukan di 1st Base Malaysia. Hasil sekuensing
berupa elektroforegram dianalisis menggunakan software Peak Trace online
(http://www.nucleics.com/peaktrace-sequencing/)
untuk
meningkatkan
pembacaan
elektroforegram, DNA Baser untuk memperoleh konsensus sekuen, BLAST online
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/) untuk membandingkan dan memastikan bahwa gen yang
diperoleh merupakan gen Pun1, ClustalX untuk mensejajarkan dan menganalisis posisi
fragmen gen Pun1 hasil isolasi dengan gen Pun1 dari spesies pembanding, dan SIXFRAME
online (http://workbench.sdsc.edu/) untuk mengetahui ORF (Open Reading Frame) sekuen
gen Pun1 gabungan hasil isolasi.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Isolasi gen Pun1 dari C. frutescens kultivar Cakra Hijau dengan teknik PCR
menghasilkan sekuen DNA sepanjang 576 bp (Gambar 1).
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
GATTGGTCTAGCGTTCTCGTGATCCTACGACAACAACTTTAGTTCCATCTCCTAGATTTGTAGGAGATTCAGTCTTCTCTACACAAAAATATGGTTCTCT
110
120
130
140
150
160
170
180
190
200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CATTACGCCACAAATTTTGTCCGATCTCAACCAGTGCGTACAGAAAAGACTCATTTTTCCTACAGATAAGTTAGATGCACTTCGAGCTAAGGTAATACTA
210
220
230
240
250
260
270
280
290
300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CCATCGTCCATTATTGTTTGTCTTACGGTATTTTTGAAAAGAATAATATTTAATAGTCTTCTTGAGACATATTTCACTTAACAAGCCTAGGCTATTTAGT
310
320
330
340
350
360
370
380
390
400
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CTATTTGTAGAAGCTACTCTTAAACGCCTCACTTAGTTAATAGCACTCCA CTTATTGGTGTCAAAAACTACTCTTGGACATGTCATTTACTTAATAACAC
410
420
430
440
450
460
470
480
490
500
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TCCACTTAATTATCGAACAGTAAAGTGGAAAATATAAAAGAATGCAGTAATAAATACTTGTAGTTTTTCCGAAATGAAAAGTACTGAATAATTATTTTAA
510
520
530
540
550
560
570
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|.
AATAAATTTAGTTTGGTTGACATTAATTTGGGATTGAAGGTGGCAAAAGAATCAGATCACGAGTGACGCTAGACAC
Gambar 1 Kosensus sekuen gen Pun1 dari C. frutescens cv. Cakra Hijau hasil sekuensing
menggunakan primer F4/R4
Analisis menggunakan BLAST menunjukkan persentase persamaan (query coverage)
gen target bagian tengah ketiga sebesar 32% dari sekuen gen Pun1 total dari C. frutescens
cv. Shuanla (Gambar 2A) dan 14% dari sekuen gen Pun1 total C. frutescens cv. BG2814-6
(Gambar 2B). Tingkat similaritas (identity) gen target terhadap kedua gen pembanding
tersebut adalah sebesar 97%. Nilai similaritas tersebut menunjukkan bahwa sekuen gen yang
diperoleh merupakan bagian gen Pun1dari genus Capsicum, karena memiliki nilai similaritas
lebih dari 50% (Lutz, 2011).
Gambar 2 Analisis BLAST posisi gen Pun1 C. frutescens cv. Cakra Hijau (tanda
A) C. frutescens cv. Shuanla dan B) C. frutescens cv. BG2814-6
) dibandingkan
Hasil penggabungan fragmen tengah ketiga gen Pun1 dengan fragmen gen hasil
isolasi sebelumnya menghasillkan sekuen gen gabungan sepanjang 1353 bp (Gambar 3).
Fragmen gabungan gen Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau menunjukkan bahwa
fragmen gen bagian tengah ketiga yang diamplifikasi menggunakan primer F4/R4 berada di
bagian belakang sekuen pada posisi basa ke 777 sampai ke 1353.
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TGCAACAACGCCACAGTGCAACGAGCCTTCTATAAAAGTTGAATTATATAAAAATAAGGTACAGTTTAGAAATAAAACTAACAAAAAGGTAACCTATAGT
110
120
130
140
150
160
170
180
190
200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TTGGGGGTTGGGTAGAGGTTGTTTAGCCAGTAACTCTATTATTTCATTTCCTTTTGTCTATATAAGTGTATCCATATATGCAAGAAAATGTCAACCGGCC
210
220
230
240
250
260
270
280
290
300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
AGCAGCATATATTTATTTGTTAAATTAATTATGGCTTTTGCATTACCATCATCACTTGTTTCAGTTTGTAACAAATCTTTTATCAAACCTTCCTCTCTCA
310
320
330
340
350
360
370
380
390
400
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CCCCCTCTACACTTAGATTTCACAAGCTATCTTTCATCGATCAATCTTTAAGTAATATGTATATCCCTTGTGCATTTTTTTACCCTAAAGTACAACAAAG
410
420
430
440
450
460
470
480
490
500
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ACTAGAAGACTCCAAAAATTCTGATGAGCTTTCCCATATAGCCCACTTGCTACAAACATCTCTATCACAAACTCTAGTCTCTTACTATCCTTATGCTGGA
510
520
530
540
550
560
570
580
590
600
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
AAGTTGAAGGACAATGCTACTGTTGACTGTAACGATATGGGAGCTGAGTTCTTGAGTGTTCGAATAAAATGTTCCATGTCTGAAATTCTTGATCATCCTC
610
620
630
640
650
660
670
680
690
700
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ATGCATCTCTTGCAGAGAGCATAGTTTTGCCCAAGGATTTGCCTTGGGCGAATAATTGTGAAGGTGGTAATTTGCTTGTAGTTCAAGTAAGTAAGTTTGA
710
720
730
740
750
760
770
780
790
800
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TTGTGGGGGAATAGCCATCAGTGTATGCTTTTCGCACAAGATTGGTGATGGTTGCTCTCTGCTTAATTTCCTTAATGATTGGTCTAGCGTTACTCGTGAT
810
820
830
840
850
860
870
880
890
900
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
CCTACGACAACAACTTTAGTTCCATCTCCTAGATTTGTAGGAGATTCAGTCTTCTCTACACAAAAATATGGTTCTCTCATTACGCCACAAATTTTGTCCG
910
920
930
940
950
960
970
980
990
1000
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ATCTCAACCAGTGCGTACAGAAAAGACTCATTTTTCCTACAGATAAGTTAGATGCACTTCGAGCTAAGGTAATACTACCATCGTCCATTATTGTTTGTCT
1010
1020
1030
1040
1050
1060
1070
1080
1090
1100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TACGGTATTTTTGAAAAGAATAATATTTAATAGTCTTCTTGAGACATATTTCACTTAACAAGCCTAGGCTATTTAGTCTATTTGTAGAAGCTACTCTTAA
1110
1120
1130
1140
1150
1160
1170
1180
1190
1200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
ACGCCTCACTTAGTTAATAGCACTCCACTTATTGGTGTCAAAAACTACTCTTGGACATGTCATTTACTTAATAACACTCCACTTAATTATCGAACAGTAA
1210
1220
1230
1240
1250
1260
1270
1280
1290
1300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
AGTGGAAAATATAAAAGAATGCAGTAATAAATACTTGTAGTTTTTCCGAAATGAAAAGTACTGAATAATTATTTTAAAATAAATTTAGTTTGGTTGACAT
1310
1320
1330
1340
1350
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|...
TAATTTGGGATTGAAGGTGGCAAAAGAATCAGATCACGAGTGACGCTAGACAC
Gambar 3 Sekuen gabungan fragmen gen Pun1 C. frutescens cv. Cakra Hijau bagian depan, tengah
pertama, tengah kedua dan tengah ketiga yang berhasil diisolasi
Analisis dengan BLAST menunjukkan persentase persamaan (query coverage) gen
Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau sebesar 65% dari sekuen gen Pun1 total dari C.
frutescens kultivar Shuanla dengan tingkat similaritas (identity) sebesar 98% (Gambar 4A).
Query coverage gen Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau adalah sebesar 35% dari
sekuen gen Pun1 total C. frutescens kultivar BG2814-6 dengan tingkat similaritas (identity)
sebesar 99% (Gambar 4B).
Gambar 4 Hasil BLAST posisi fragmen gabungan gen Pun1 C. frutescens cv. Cakra Hijau (tanda
terhadap A) C. frutescens cv. Shuanla; B) C. frutescens cv. BG2814-6
)
Hasil pensejajaran dengan ClustalX menunjukkan fragmen awal gen Pun1 C.
frutescens kultivar Cakra Hijau yang telah ditemukan berada pada posisi basa ke 1675
sampai basa ke 3067 dibandingkan dengan gen Pun1 C. frutescens kultivar BG2814-6. Gen
Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau membutuhkan sekuen sepanjang 2404 bp untuk
dapat mencapai sekuen total dari gen Pun1 C. frutescens kultivar BG2814-6. Posisi gen
Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau berada 230 basa di depan C. frutescens kultivar
Shuanla dan berakhir di posisi basa ke 1430 dari C. frutescens kultivar Shuanla (Gambar 5).
C. frutescens kultivar Cakra Hijau membutuhkan sekuen sepanjang 568 bp untuk dapat
mencapai bagian akhir ujung 3’ sekuen gen Pun1 C. frutescens kultivar Shuanla. Hasil
pembacaan susunan asam amino menunjukkan bahwa gen Pun1 dari C. frutescens kultivar
Cakra Hijau memiliki 360 asam amino. Pensejajaran menggunakan ClustalX gen Pun1 C.
frutescens kultivar Cakra Hijau terhadap gen Pun1 pembanding (C. frutescens kultivar
Shuanla dan C. frutescens kultivar BG2814-6) menunjukkan asam amino gen Pun1 C.
frutescens kultivar Cakra Hijau berada pada posisi asam amino pertama sampai asam amino
ke 360 (Gambar 6).
A)
1671
1
B)
1
Gambar 5
230
1353
Perbandingan posisi sekuen (B) gen Pun1 C. frutescens kultivar Cakra Hijau (garis
dengan (A) C. frutescens kultivar Shuanla (garis
)
)
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
C. frutescens cv. Cakra Hijau
C. frutescens cv. Shuanla
C. frutescens cv. BG2814-6
Clustal Consensus
10
20
30
40
50
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
MAFALPSSLVSVCNKSFIKPSSLTPSTLRFHKLSFIDQSLSNMYIPCAFF
MAFALPSSLVSVCDKSFIKPSSLTPSKLRFHKLSFIDQSLSNMYIPCAFF
MAFALPSSLVSICDKSFIKPSSLTPSTLRFHKLSFIDQSLSNMYIPCAFF
***********:*:************.***********************
60
70
80
90
100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
YPKVQQRLEDSKNSDELSHIAHLLQTSLSQTLVSYYPYAGKLKDNATVDC
YPKVQQRLEDSKNSDELSHIAHLLQTSLSQTLVSYYPYAGKLKDNATVDC
YPKVQQRLEDSKNSDELSHIAHLLQTSLSQTLVSYYPYAGKLKDNATVDC
**************************************************
110
120
130
140
150
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
NDMGAEFLSVRIKCSMSEILDHPHASLAESIVLPKDLPWANNCEGGNLLV
NDMGAEFLSVRIKCSMSEILDHPHASLAESIVLPKDLPWANNCEGGNLLV
NDMGAEFLSVRIKCSMSEILDHPHASLAESIVLPKDLPWANNCEGGNLLV
**************************************************
160
170
180
190
200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
VQVSKFDCGGIAISVCFSHKIGDGCSLLNFLNDWSSVTRDPTTTTLVPSP
VQVSKFDCGGIAISVCFSHKIGDGCSLLNFLNDWSSVTRDHTTTALVPSP
VQVSKFDCGGIAISVCFSHKIGDGCSLLNFLNDWSSVTRDHTTTTLVPSP
**************************************** ***:*****
210
220
230
240
250
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
RFVGDSVFSTQKYGSLITPQILSDLNQCVQKRLIFPTDKLDALRAKVILP
RFVGDSVFSTKKYGSLITPQILSDLNECVQKRLIFPTDKLDALRAKVILP
RFVGDSVFSTKKYGSLITPQILSDLNECVQKRLIFPTDKLDALRAKVILP
**********:***************:***********************
260
270
280
290
300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
SSIIVCLTVFLKRIIFNSLLETYFTQAAISICRSYSTPHLVNSTPLIGVK
SSIIVCLTVFLKRIIFNSLLETYFTQAAISICRDYSTPHLVNSTPLIGVK
SSIIVCLTVFLKRLIFNSLLET-FTQAAISICRDYSTPHLVNSTPLIGVK
*************:******** **********.****************
310
320
330
340
350
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
NYSWTCHLLNNTPLNYRTVKWKIKNAVINTCSFSEMKSTELFNKFSLVDI
NYSWTCHLLNNTPLNYRTVKWRIKNTVINTSSFSEMKSTELFNKFSLVDI
NYSWTCHLLNNTPLNYRTVKWRIKNAVINTSSFSEMKSTELFNKFSLVDI
*********************:***:****.*******************
360
370
380
390
400
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
NLGLKVAKES---------------------------------------NLGLKVAEESGVKNPTRAEVVSALLFKCATKASSSMLPSKLVHFLNIRTM
NLGLKVAEESGVKNPTRAEVVSALLFKCATKASSSMLPSKLVHFLNIRTM
*******:**
Gambar 6 Pensejajaran sekuen asam amino gen Pun1 C. frutescens cv. Cakra Hijau dengan C. frutescens
cv. BG2814-6 dan C. frutescens cv. Shuanla; tanda * menunjukkan asam amino yang
conserve; tanda : menunjukkan sekuen asam amino yang berbeda; tanda - - - menunjukkan
sekuen asam amino yang belum diketahui
PENUTUP
Hasil isolasi fragmen tengah kedua gen Pun1 dari Capsicum frutescens kultivar
Cakra Hijau menghasilkan sekuen sepanjang 576 basa. Posisi fragmen gen target berada
pada basa ke 777 sampai 1353 dari fragmen gen Pun1 Capsicum frutescens kultivar Cakra
Hijau yang telah berhasil diisolasi. Isolasi lebih lanjut dengan rancangan primer lain perlu
dilakukan untuk memperoleh fragmen akhir gen Pun1 guna mendapatkan sekuen gen Pun1
utuh dari Capsicum frutescens kultivar Cakra Hijau.
DAFTAR RUJUKAN
Habibi, M. 2012. Isolasi gen Acyltransferase (AT3) dari Capsicum frutescens cv. Cakra
hijau : Tahap 1. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: FMIPA UM.
Hernandez-Garcia, C., & Zhang, Z. 2013. The Genetics of Pepper Heat: Significant Genes
Identified in Capsaicinoid Biosynthesis. Extension, Plant Breeding & Genomic, 2: 19.
Kouassi, C. K., Koffi-Novry, R., Guillaume, L. Y., Yéssé, Z. N., Koussémon, M., Kablan, T,
Athanase, K. K. 2012. Profiles of Bioactive Compounds odf Some Pepper Fruit
(Capsicum L.) varieties Grown in Côte d’ivoire. Innovative Romanian Food
Biotechnology, 11: 23-31.
Kusumawati, D. K., Hadiastono, T., Martosudiro, M. 2013. Ketahanan Lima Varietas
Tanaman Cabai Rawit (Capsicum frutescens L.) terhadap Inveksi TMV (Tobaco
Mosaic Virus) pada Umur Tanaman yang Berbeda. Jurnal HPT, 1 (1) : 66-79.
Lutz, K. A., Wang, W., Zdepski, A., & Michael, T. P. 2011. Isolation and Analysis of High
Quality Nuclear DNA with Reduced Organellar DNA for Plant Genome Sequencing
and Resequencing. BMC Biotechnology, 11: 54-63.
Manggabarani, A. M. 2013. Isolasi Fragmen Bagian Depan dan Tengah Kedua Gen
Acyltransferase (AT3) dari Capsicum frutescens L. cv. Cakra Hijau. Skripsi tidak
diterbitkan. Malang: FMIPA UM.
Mazourek, M., Pujar, A., Borovsky. Y., Paran, I., Mueller, L., & Jahn, M. M. 2009. A
Dynamic Interface for Capsaicinoid System Biology. Plant Physiology, 150: 18061821.
Nwoken, O. C., Agbaji, B. E., Kagbu, A. J., & Ekanem, J. E. 2010. Determination of
Capsaicin Content and Pungency Level of Five Different Peppers Grown in Nigeria.
New York Science Journal, 3 (9): 17-21.
Prasad, N. B. C., Kumar,V., Gururaj, H. B., Parimalan, R., Giridhar, P., & Ravishankar, G.
A. 2006. Characterization of Capsaicin Synthase and Identification of Its Gene (csyl)
for Pungency Factor Capsaicin in Pepper (Capsicum sp.). PNAS (Proc. National
Academy Science), 103 (36): 13315-13320.
Reddy, U.K., Almeida, A., Abburi, V. L., Alaparthi, S.B., Unselt, D., Hankins, G., Park, M.,
Choi, D., & Nimmakayala, P. 2014. Identification of Gene Specific Polymorphisms
and Association with Capsaicin Pathway Metabolites in Capsicum annum L. Plos
One, 9 (1): 1-10.
Reyes-Escogido, ML., Gonzalez-Mondragon, E. G., & Vazquez-Tzompantzi, E. 2011.
Chemical and Pharmacological Aspects of Capsaicin. Molecules, 16: 1253-1270.
Stewart, C. Jr., Kang, B., Liu, K., Mazourek, M., Moore, L. S., Yoo, Y. 2005. The Pun 1
Gene for Punguency in Pepper Encodesa Putative Acyltransferase. The Plant
Journal, 42 : 675-688.