bio.unsoed.ac.id

Lampiran 1. Mystus gulio
(Sumber: http://acsi.acnatsci.org/base/image_list.html?mode=genus&genus=Mystus)
bio.unsoed.ac.id
Lampiran 2. Hasil Skrining DNA
Marka
Sampel
M.gulio 1
M.gulio 2
M.gulio 3
M.gulio 4
M.gulio 5
M.gulio 6
M.gulio 7
M.gulio 8
M.gulio 9
M.gulio 10
M.gulio 11
M.gulio 12
OPA-9
OPAC-14
OPAC-14
OPAC-14
900
935
1250
1380
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
bio.unsoed.ac.id
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
Lampiran 3. Hasil Analisis (Molecular Diversity Indices)
===============================
== Standard diversity indices : (Mystus gulio)
===============================
Reference: Nei, M., 1987.
No. of gene copies
:
No. haplotypes
:
No. of loci
:
No. of usable loci
:
data
No. of polymorphic sites :
12
4
4
4 loci with less than
5.00 % missing
4
Haplotype-level computations
---------------------------Sum of square freqs.
: 0.5833
Gene diversity
: 0.4545 +/- 0.1701
================================
== Molecular diversity indices : (Mystus gulio)
================================
Reference: Tajima, F., 1983.
Tajima, F. 1993.
Nei, M., 1987.
Zouros, E., 1979.
Ewens, W.J. 1972.
Sample size
No. of haplotypes
: 12.0000
: 4
Allowed level of missing data
Number of observed indels
Number of polymorphic sites
Number of usable nucleotide sites
:
:
:
:
5.0000 %
0
4
4
Distance method : Pairwise difference
List of Haplotypes:
1 : 0000
2 : 1000
3 : 0101
4 : 0010
Mean number of pairwise differences
:
0.666667 +/- 0.548651
Average gene diversity over loci
:
0.166667 +/- 0.154433
bio.unsoed.ac.id
(Standard deviations are for both sampling and stochastic processes)
Lampiran 4. Spesifikasi Bahan dan Peralatan
No
1
Nama Bahan
Alkohol 96%
2
chelex
3
Dithiotritol
4
Proteonase-K
Kegunaan
Pengawet spesimen
Memurnikan senyawa lain melalui pertukaran
ion
Menstabilkan enzim dan protein
Pemecah Protein dan menghilangkan
kontaminasi
5
TAE
Buffer solution agarosa dalam proses
elektroforesis berfungsi untuk memisahkan
DNA dan RNA
6
Agarosa
Gel elektroforesis untuk
7
etidium bromide
pewarna dan pengikat kuat pada DNA dan
untuk memvisualisasi potongan DNA yang
telah dipisahkan pada gel elektroforesis
8
loading dye
Pemberat agar tidak keluar dari sumuran
9
DNA marker
Penanda posisi pasangan basa dari molekul
DNA yang bermigrasi dan acuan untuk
mengetahui ukuran DNA hasil ampifikasi.
10
11
12
13
Buffer PCR
dNTPs
Taq DNA Polimerase
ddH₂O
14
Primer
15
kertas parafilm
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Nama Alat
eppendorf
micropipets dan tips
thermomixer
microcentrifuge
electric stove
erlenmeyer
timbangan analitik
electrophoresis
chamber
Mempertahankan pH
Mengkatalisasi reaksi pembentukan DNA
Enzim DNA polimerase
Pelarut DNA
komponen PCR yang nantinya akan menempel
pada ssDNA saat proses annealing
tempat menghomogenkan sampel DNA dan
loading dye
Kegunaan
mengixolasi DNA dan membuat larutan master
mix
memindahkan cairan yang bervolume cukup
kecil
inkubasi pada proses isolasi
Memisahkan molekul menurut berat jenis
Pemanas dan mempercepat homogenisasi
Menampung dan menghomogenkan larutan
Alat ukur untuk menimbang agaros
bio.unsoed.ac.id
power supply
wadah gel agarosa
merubah arus AC menjadi arus DC untuk
pemberi daya
10
11
12
UV transiluminator
thermocycler
nanophotometer
13
gloves
14
kamera digital
Melihat hasil elektroforesis
mesin PCR untuk menggandakan DNA
mengukur kuantitatif DNA
melindungi terkena DNA-se yang dapat merusak
DNA
dokumentasi
bio.unsoed.ac.id