Lampiran 1. Alat-alat Penelitian Hot plate Cawan petri Sentrifuse

Lampiran 1. Alat-alat Penelitian
Hot plate
Cawan petri
Sentrifuse
Timbangan digital
Thermal cycler
Trays elektroforesis
Magnetic stirrer
Rak tabung reaksi
Tips
Spatula
Botol Schott
Erlenmeyer
Tube PCR
Tube Eppendorf 1,5 ml
Autoclaf
UV-Transiluminator
Tabung reaksi
Rak Mikrotube
Shaker Inkubator
Inkubator
Gelas ukur
Beaker glass
Kasa
Parafilm
Sisir
Water bath
Jangka sorong digital
Vortex
Ose
Laminar air flow
L Glass
Sentrifuse
Lampiran 2. Bahan-bahan Penelitian
(NH4)2SO4
NaCl
K2HPO4
MgSO4.7H2O
PDA
Agar
Yeast extract
NaCl fisiologis 0,9 %
Akuades
Alkohol 70 %
Air fuchsin
Gentian violet
Objek glass
Lugol
Pipet tetes
Bunsen dan korek api
EtBr
Primer ChiE-F dan ChiE-R
Loading dye
Primer 16S rRNA
1 kb DNA ladder
KAPA2G Fast Ready Master Mix
Isopropanol
EDTA
Lysozyme
Tube falcon
Nuclei Lysis Solution
DNA Rehydration Solution
Protein Precipitation Solution
RNase
Agarose
Nutrient broth
Lampiran 3. Pembuatan Koloidal Kitin
Penjemuran cangkang udang
Persiapan alat dan bahan
Koloidal kitin yang siap digunakan
Pemotongan cangkang udang
Proses pelarutan dalam HCL pekat
Lampiran 4. Proses Pengenceran Bakteri
Menuangkan agar
NaCl dicampur dengan bakteri
Mengambil NaCl fisiologis 0,9 %
Memasukan bakteri dan NaCl dalam agar
Meratakan menggunakan L Glass
Inkubasi hasil pengenceran bakteri
Lampiran 5. Pewarnaan Gram Bakteri
Menyiapkan Pewarna
Menyiapkan bunsen dan korek api
Mengambil satu ose bakteri
Mengoleskan bakteri pada objek glass
Membilas gentian violet
Membilas air fuchsin
Bakteri gram positif
Bakteri gram negatif
Lampiran 6. Kultur Saprolegnia sp.
Saprolegnia yang menyerang ikan
Menyiapkan peralatan kultur
Saprolegnia diinkubasi 3 x 24 jam
Penuangan medium PDA
Saprolegnia disimpan di tengah medium
Pertumbuhan Saprolegnia selama 7 hari
Lampiran 7. Isolasi DNA Genom Bakteri Asal Limbah Udang dan Kepiting
Kultur cair
Proses sentrifugasi
Pelet DNA
Pengambilan supernatan
Memasukan lysozyme
Proses inkubasi dalam water bath
Memvortex larutan
Memasukan isopropanol
Lampiran 8. Analisis Bioinformatik Bioedit
1. Buka program Bioedit, kemudian buka file atau data yang akan diolah
menggunakan program bioedit.
2. Sorot (reverse) dilanjutkan dengan klik sekuen → Nucleic acid → Reverse
complement
3. Sorot (forward dan reverse) → Sequence → Pairwise Alignment → Align two
sequence (allow end to slide)
4. Sorot (forward dan reverse) → Alignment → Create concensus Sequence
5. Klik basa pertama pada concensus → Edit → Select to end
6. Buka website http//ncbi.nlm.nih.gov → pilih BLAST → Nucleotide blast →
Masukan urutan sekuen → Pada database pilih 16S ribosomal RNA sequences
→ Klik BLAST
Lampiran 9. Analisis Prediksi Struktur 3D Enzim Kitinase
1. Buka program swissmodel.espasy.org
2. Buka urutan asam amino hasil analisis BLASTX
3. Buka program SWISS MODEL klik my workspace
4. Upload asam amino kedalam program my workspace
5.
Tunggu sekitar 15 menit kemudian muncul