Kerjasama Lembaga Microsoft Universitas YARSI pada bulan Oktober 2003 telah menandatangani Microsoft Campus Agreement untuk penggunaan software-software dari Microsoft, seperti Microsoft Windows XP, Office XP, Ms Windows Server 2003, dot.NET, Exchange dan lain-lain. Cisco System Universitas YARSI bekerja sama dengan Cisco System dalam menerapkan Cisco Networking Academy Program. Kurikulum CNAP (CCNA1 sampai CCNA4, IT Essential dan Java diintegrasikan dalam kurikulum Fakultas Teknologi Informasi). Universitas Indonesia Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan Ilmu Kedokteran Forensik (IKF) Universitas Indonesia, dan Rumah Sakit Umum Dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM) dalam pendidikan kepaniteraan ilmu forensik. Universitas Padjadjaran Bandung Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan Ilmu Kedokteran Forensik (IKF) Universitas Padjadjaran, dan Rumah Sakit Umum Dr. Hasan Sadikin (RSHS) Bandung, dalam pendidikan kepaniteraan ilmu forensik. Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat (RSPAD) Gatot Subroto Jakarta Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSPAD Gatot Subroto Jakarta, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. Rumah Sakit Jiwa (RSJ) Islam Klender Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSJI Klender dalam pendidikan kepaniteraan ilmu kedokteran jiwa (psikiatri). Rumah Sakit Jiwa (RSJ) Dr. Soeharto Heerjan Grogol Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSJ Dr. Soeharto Heerjan dalam pendidikan kepaniteraan ilmu kedokteran jiwa (psikiatri). 1/5 Kerjasama Lembaga Rumah Sakit Ridwan Meuraksa Jakarta Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RS Ridwan Meuraksa Jakarta, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Serang Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Serang, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Abdul Moeloek Lampung Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Abdul Moeloek Lampung, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Gunung Jati Cirebon Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Gunung Jati Cirebon, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Subang Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Subang, dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Dr. Slamet, Garut Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Dr. Slamet, Garut dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Kota Cilegon Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Kota Cilegon, Banten dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Soreang, Kab.Bandung Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Soreang, Kab.Bandung 2/5 Kerjasama Lembaga dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Cibitung Kab.Bekasi Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Cibitung Kab.Bekasi dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RSUD Pasar Rebo Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RSUD Pasar Rebo dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. RS. Bhakti Yudha Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan RS. Bhakti Yudha dalam pendidikan kepaniteraan beberapa bagian ilmu kedokteran umum. Rumah Sakit Pendidikan YARSI Saat ini sedang dilaksanakan pembangunan Gedung Rumah Sakit Pendidikan YARSI di dalam lingkungan kampus Universitas YARSI, Jln. Letjend Suprapto Cempaka Putih Jakarta, untuk mendukung kegiatan pendidikan kepaniteraan Jurusan Kedokteran Universitas YARSI. Puskesmas Tanjung Pasir Kab.Tangerang Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan Puskesmas Tanjung Pasir Kab.Tangerang Puskesmas Wil. Jakarta Pusat Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan Puskesmas Wil.Jakarta Pusat Puskesmas Wil. Jakarta Utara Fakultas Kedokteran Universitas YARSI bekerja sama dengan Puskesmas Wil.Jakarta Utara PT Indosat Tbk 3/5 Kerjasama Lembaga Fakultas Teknologi Informasi sejak Mei 2007 mengadakan kerjasama dengan PT Indosat Tbk. dalam bidang pendidikan ICT, yaitu penyelenggaraan berbagai Kuliah Umum di bidang teknologi informasi dan telekomunikasi, juga pelaksanaan Internship (kerja praktek dan magang) untuk mahasiswa. Oracle Indonesia Fakultas Teknologi Informasi sejak Mei 2007 mengadakan kerjasama dengan Oracle Indonesia, yaitu penyelenggaraan kuliah-kuliah database dengan mengadopsi kurikulum dari Oracle Institut. Komunitas Linux Indonesia Fakultas Teknologi Informasi sejak Mei 2007 mengadakan kerjasama dengan Komunitas Linux Indonesia, yaitu penyelenggaraan pelatihan profesional dan seminar mengenai Linux dan sistem operasi. Kerjasama Dengan Lembaga Lainnya : * Asosiasi Bank Syariah Indonesia (ASBISINDO) * Asosiasi Asuransi Syariah Indonesia (AASI) * Ikatan Ahli Ekonomi Islam (IAEI) * Pusat Komunikasi Ekonomi Syariah (PKES) * Dompet Dhuafa Republika - BAZNAS * Baitul Maal wat Tamwil (BMT) Center * BMT Pelita Insani * PT Pekerti Nusantara * PT Tiara Rafindo Jaya Wisata * PT Binaputera Jaga Hikmah * PT Gemma Mulia Inditama * Kantor Akuntan Publik * Interzone Treatment Center * Kantor Pengadilan Negeri Jakarta Timur, Jakarta Pusat, dan Jakarta Utara * Kantor Pengadilan Niaga Jakarta * Kantor Pengadilan Agama Jakarta Selatan * Kantor Pengadilan Tata Usaha Negara Jakarta * Mahkamah Agung * Komisi Yudisial * Komisi Pemberantasan Korupsi * Forum Pimpinan Perguruan Tinggi Hukum Se-Jabodetabek 4/5 Kerjasama Lembaga * Kolej Universiti Islam Antarabangsa Selangor-Malaysia * Institut Alam dan Tamadun Melayu-Malaysia * PT Telekomunikasi Indonesia Tbk. * PT Indosat Tbk. * Batavia Airlines * Fujitsu * Astra Honda Motor * BPPT * Badan Meteorologi dan Geofisika * PT ASKES * PELNI * Universitas Padjadjaran, Bandung * Universitas Al Azhar, Kairo 5/5