ASEAN FORUM ON REDUCING EMISSIONS

Metodologi – Rencana Jumlah
Sampel
Gambar 1. Contoh uji daun dan kayu gaharu (Foto: Laswi, 2010)
1
Metode – Analisis DNA
Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi DNA daun dan kayu gaharu dilakukan
dengan metode CTAB Doyle dan Doyle (1990) serta
Siregar et al. (2008) yang telah dimodifikasi.
 Analisis Mikrosatelit
Cross-amplification mikrosatelit A. crassna ke jenis
lainnya berdasarkan hasil penelitian Eurlings et al.
(2009) (Tabel 1).
2
Metode – Analisis DNA (Lanjutan)
Tabel 2. Primer mikrosatelit Gaharu (Eurlings et al.; 2009)
Locus
6pa18
10pa17
16pa17
71pa17
3
Primer sequence
F: TGAGGCGTGAGTGAGATATTGATT
R: CCTTCCTCTCTTCTTACCTCACCA
F: CACACACTGTTATGGTCTACAGCTT
R: TTCGCCATCTCATAATATTCTAATGTA
F: AGTGAACAACTTGACTAGGCTTG
R: GCTGAACACAACAAGATATCACC
F: AGCAAACAGTGGGATAAGGTC
R: AGAAAGGAGGCGAAACGAAT
Repeat
Size range
(bp)
Number of
alleles
Ta (0C)
(CA)8
180–210
7
50
(CA)12
152–156
3
50
(CA)19
143–155
6
59
(CA)15
152–224
15
54
Hasil
Tabel 3. Polimorfisme lokus mikrosatelit hasil cross-species amplification
SSRs Locus
Polymorphism and detected number of alleles
A. microcarpa
A. malaccensis
6pa18
++ (2)
++ (2)
10pa17
+++(3)
+++(3)
16pa17
+++(3)
+++(3)
71pa17
+++(3)
+++(3)
200 bp
100 bp
10p
a17
8pa
18
16p
a17
71p
a17
A.
malacce
nsis
A.
crassna
A.
microca
rpa
Gambar 2. Produk PCR dan pola pita DNA (SSRs)
4
Hasil
Tabel 4. Polimorfisme lokus mikrosatelit hasil cross-species amplification
No
Populasi
Asal
N
Na
Ne
He
1
A. malaccensis
Tanaman
32
2.750
2.198
0.542
2
A. microcarpa
Tanaman
8
2.500
2.114
0.523
3
A. crassna
Tanaman
15
2.750
2.349
0.567
4
Gyrinops spp.
Alam
10
2.000
1.995
0.499
5
A. malaccensis
Alam
20
2.250
2.233
0.540
6
A. malaccensis
Alam
20
2.000
1.776
0.399
7
A. microcarpa
Alam
20
2.000
1.804
0.420
8
Kayu gaharu
???
7
2.000
2.000
0.500
Note: N= sample size; Na= number of alleles; Ne= effective number of alleles; He=
expected heterozygosity
5