Judul Jurnal

Judul Jurnal
: Draft Genome Sequences of Two Species of “Difficult-to-Identify” HumanPathogenic Corynebacteria: Implications for Better Identification Tests
Published From : Ivyspring International Publisher
Author
:
-
Ana L. Mattos –Guaraldi (Faculty of Medical Sciences, Rio de Janeiro State University)
-
Carolina S. Santos (Institute of Health Sciences, Federal University of Bahia, Bazil)
-
Adonney A. O. Veras (Institute of Biological Sciences, Federal University of Pará)
-
Luis C. Guimarães (Institute of Biological Sciences, Federal University of Pará)
-
Vinícius Abreu (Institute of Biological Sciences, Federal University of Minas Gerais)
-
Felipe L. Pereira (National Reference Laboratory for Aquatic Animal Diseases,
Ministry of Fisheries and Aquaculture, Federal University of Minas Gerais)
Review :
Pendahuluan
Tujuan Penelitian
Menyajikanurutangenomrancangandijelaskandariduaisolatdari"sulit-untuk-mengidentifikasi"
spesiescorynebacterial-manusia
patogen:
C.xerosisdanC.minutissimum.
Urutangenomdarica.2,7Mbp,
denganrata-rata
jumlah2.580proteinencodinggen,
juga
dibandingkandenganurutangenomtersedia untuk umumdaristrainC.amycolatumdanC.striatum. Hasil
iniakanmembantueksplorasireaksi
biokimiabaru
untukmeningkatkantesidentifikasiyang
ada
sertapengembanganlebih akuratmolekulmetodeidentifikasimelalui deteksispesies-spesifik gen
targetuntuk identifikasiisolatiniataukerentanan terhadap obatprofiling.
Kerangka Teori
Non-diphtheriae Corynebacteria biasanya ditemukan sebagai konstituen dari
mikrobiota normal kulit manusia dan mukosa. Namun, beberapa Corynebacterium
spesies telah semakin terlibat sebagai agen penyebab oportunistik dan nosokomial infeksi
dalam beberapa tahun terakhir. Ini manusia muncul corynebacteria patogen sering dianggap
sebagai "sulit- to-mengidentifikasi "dan resistensi multidrug adalah Temuan umum di antara
isolat yang paling sering spesies pulih (1-3). Corynebacterium minutissimum, yang
merupakanagen penyebab dari kronis erythrasma kondisi kulit, telah muncul dalam beberapa
tahun terakhir sebagai penting agen penyebab infeksi invasif dan bedah Infeksi situs, baik
pada pasien immunocompromised dan pada individu imunokompeten (1, 4). Spesies
Corynebacterium xerosis juga sering dilaporkan patogen manusia, dengan isolat yang
diidentifikasi dalam kasus-kasus yang mencakup infeksi telinga, otak abses dan osteomyelitis
(2). Spesies yang terakhir ini adalah kepentingan tertentu karena potensi zoonosis dankarena
kesulitan yang berhubungan dengan identifikasi mikroorganisme ini di laboratorium
mikrobiologi klinik oleh tes yang paling tradisional digunakan (1, 2, 5, 6).
Metode
Metode diagnostik melalui identifikasi atau kerentanan terhadap obat profiling.
Hasil Penelitian
Non - diphtheriae Corynebacteria biasanya ditemukan sebagai konstituen dari
mikrobiota normal kulit manusia dan mukosa. Namun, beberapa spesies Coryne-bakteri
telah semakin terlibat sebagai agen penyebab oportunistik dan nosokomial infeksi dalam
beberapa tahun terakhir. Ini manusia muncul corynebacteria patogen sering dianggap
sebagai"dif-ficult- untuk -Mengidentifikasi" dan resistensi multidrug adalah temuan umum
di antara isolat dari spesies e-berkala pulih paling fr (1-3).
Corynebacterium minutissimum, yang merupakan agen penyebab dari kondisi kulit
kronis er y-thrasma, telah muncul dalam beberapa tahun terakhir sebagai penting agen
penyebab infeksi invasif dan infeksi situs bedah, baik pada pasien immunocompromised dan
pada individu imunokompeten (1, 4). The spe-badan-Corynebacterium xerosis juga patogen
manusia sering kembali porting-dengan isolat yang diidentifikasi-fied dalam kasus-kasus
yang mencakup infeksi telinga, otak b-scesses dan osteo mielitis (2). Spesies yang terakhir ini
adalah kepentingan tertentu karena potensi zoonosis dan karena kesulitan yang
berhubungan dengan identifikasi mikroorganisme ini dalam mikrobiologi klinik la-boratory
oleh tes yang paling tradisional digunakan (1, 2, 5, 6).
Dalam laporan ini, diumumkan rancangan genom urutan dua isolat yang muncul
path manusia o-genic spesies Corynebacterium, yaitu: (i) C. minutis-simum 1941, terisolasi
dari kanker p dirawat di rumah sakit a-rawat (1); dan (ii) C. xerosis ATCC 373 T, Jenis strain
spesies yang diisolasi dari debit telinga Seorang anak. Pada saat penyusunan karya ini, tidak
ada perakitan genom lainnya yang tersedia secara publik untuk spesies C. xerosis.
Kedua isolat skor identifikasi yang diberikan lebih tinggi dari 2,0 bila dianalisis
dengan matriks -assisted Laser desorpsi waktu ionization- dari spe massa penerbangan ctrometry (MALDI- TOF MS) menggunakan MALDI-Biotyper software v.2.0, seperti yang
dijelaskan sebelumnya (7). Analisis dari16S ribosomal RNA juga sesuai dengan identi-fikasi
diperoleh MALDI- TOF MS dan dengan metode biokimia con-konvensional.
DNA genomik dari isolat diekstraksi u s-ing minikit QIAamp DNA (Qiagen) protokol dan
Sekuensing DNA dilakukan dengan 318 chip platform Ion Torrent PGM (Life Technologies),
menggunakan perpustakaan fragmen. De novo perakitan e-akibat-ke contigs dicapai dengan
menggunakan MIRA (8) dan sekop (9) blers Assem, dan kurasi untuk mengurangi
kesenjangan dilakukan dengan Lasergene v.11 Suite DNASTAR). Urutan perakitan
memproduksi total42 contigs untuk C. minutissimum 1941 dan 152 contigs untuk C. xerosis
ATCC 373 T. Urutan rancangan genom. mantan spesies memiliki panjang diperkirakan
2.780.059, dengan kandungan G + C dari 61,1%. Yang terakhir spesies menunjukkan ukuran
genom perkiraan2.749.912, dengan kandungan G + C dari 68,7%. Otomatis anotasi
menggunakan server RAST (10) diperbolehkan untuk identifikasi 2.547 protein encodi gen ng
(PEG) dan 64 gen RNA dalam C. minutissimum 1941 g e-nome; jumlah PEG dalam C. xerosis
ATCC 373 T genom adalah 2.613, dengan 56 gen RNA.
Kesimpulan
Dapat disiimpulkan bahwa sesungguhnya
genom dalam genetika dan biologi
molekular modern,
adalah
keseluruhan informasi
genetik yang
dimiliki
suatu sel atau organisme, atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat
informasi. Secara fisik, genom dapat terbagi menjadi molekul-molekul asam nukleat yang
berbeda (sebagaikromosom atau plasmid), sementara secara fungsi, genom dapat terbagi
menjadi gen-gen. Selain itu genom juga berfungsi sebagai alat identifikasi terhadap spesies –
spesies yang dapat mengidentifikasi manusia. Dalam hasil penelitian tersebut melalui
metode diagnostik ternyata dengan server EDGAR memungkinkan untuk mendeteksi 983
CDS bersama dengan empat isolat. Sehingga dapat digunakan untuk mendeteksi sejumlah
khas gen untuk setiap spesies yaitu C. Xeroxis (1040 CDS), C. Striatum (700 CDS), C.
Minutissimun (605 CDS) dan C. Amycolatum (514 CDS)
Nama : Muhammad Galang Novantoro
NIM
: 15/383777/PT/07050