(B. Pertanian) Karakterisasi Morfologi, Biokimiawi dan Molekuler Serta Perbanyakan In Vitro Tanaman Sirsak (Annona muricata L.) sebagai Dasar Pemuliaan Tanaman Buah Unggulan Suratman; Pitoyo, Ari Fakultas MIPA UNS, Penelitian, BOPTN UNS, Hibah Bersaing, 2012 Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan informasi keragaman genetik tanaman sirsak berdasarkan karakter morfologi, biokimiawi dan molekuler serta menghasilkan bibit tanaman sirsak yang bersifat unggul dalam jumlah besar dan seragam melalui teknologi perbanyakan in vitro dalam rangka menunjang upaya pemuliaan tanaman sirsak. Penelitian ini direncanakan selesai dalam dua tahun. Pada tahun pertama, kegiatan penelitian meliputi identifikasi karakter morfologi, biokimiawi dan molekuler tanaman sirsak. Untuk tahun kedua dilakukan perbanyakan in vitro tanaman sirsak. Sebanyak 70 sampel tanaman sirsak yang dikoleksi dari 7 lokasi di Pulau Jawa (Sukoharjo, Karanganyar, Ngawi, Pacitan, Kulonprogo, Gunungkidul, Bogor) digunakan dalam penelitian ini. Identifikasi karakter morfologi dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap semua bagian tanaman sirsak (daun, batang, bunga, buah, biji, dll). Identifikasi karakter biokimiawi dilakukan dengan analisis proksimat buah sirsak meliputi kadar gula reduksi, kadar air, pH dan vitamin C. Identifikasi keragaman genetik secara molekuler dilakukan berdasarkan penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Untuk mengetahui jarak kemiripan genetik antar aksesi tanaman sirsak berdasarkan karakter morfologi, biokimiawi dan molekuler yang diamati maka dilakukan analisis koefisien kemiripan dengan menggunakan metode Group Average Clustering yang terintegrasi dalam program NTSYS versi 2.10. Berdasarkan identifikasi karakter morfologi, 7 populasi tanaman sirsak di Pulau Jawa menunjukkan adanya keragaman umur tanaman, tinggi tanaman, lingkar batang pohon, percabangan, bentuk dan ukuran daun, bunga, buah dan bijinya. Berdasarkan identifikasi karakter biokimiawi, 7 populasi tanaman sirsak di Pulau Jawa menunjukkan adanya keragaman dalam hal kadar gula reduksi, kadar air, pH dan vitamin C pada buahnya. Identifikasi keragaman genetik menggunakan penanda molekuler RAPD menunjukkan dari sebanyak 15 primer RAPD yang telah digunakan ternyata menghasilkan 158 pita DNA, yang bervariasi 5 hingga 15 pita DNA per primer, dengan rata-rata 10.53 pita DNA per primer. Sebanyak 147 pita DNA bersifat polimorfis, dimana pita DNA yang polimorfis ini bervariasi 84 % hingga 100 % untuk masing-masing primer. Jumlah pita DNA polimorfis berkisar antara 5 hingga 13 pita per primer, dengan rata-rata 9.8 pita DNA polimorfis per primer. Semua primer RAPD yang digunakan menunjukkan angka polimorfisme di atas angka 80%. Hal ini menunjukkan bahwa 7 populasi tanaman sirsak di Pulau Jawa menunjukkan adanya keragaman yang tinggi dalam hal diversitas genetiknya. Dendogram hubungan kekerabatan populasi sirsak di Jawa berdasarkan karakter morfologi, biokimiawi dan molekuler menunjukkan bahwa populasi Sukoharjo dan Kulonprogo mengelompok pada koefisien kemiripan sebesar 74.19 % dan merupakan keofisien kemiripan tertinggi jika dibandingkan dengan populasi lainnya.