institut pertanian bogor
advertisement
KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) RENCANA PEMBELAJARAN BIOSISTEMATIKA DAN GENETIKA KELAUTAN KULIAH KODE MATA KULIAH : ITK 314 SKS : 3 (2-3) SEMESTER : Ganjil KOMPETENSI : Membahas taksonomi dan sistematika biota laut berkaitan dengan teori, hukum, praktek dan seluk beluk tata nama, ciri dan penggolongan; sejarah perkembangan mutakhir sistem tata nama, mengetahui teknik dan metode untuk perbanyakan DNA melalui PCR, taksonomi molekuler, analisis filogenetik, serta mengetahui pemanfaatan teknik biologi dan ekologi molekuler dalam menjawab berbagai hipotesa ekologi dan pemanfaatannya untuk identifikasi spesies laut, individu dan jenis kelamin, tingkah laku organisme laut, genetika populasi (konektivitas, keragaman genetika, struktur populasi, aliran dan migrasi gen) dalam rangka eksplorasi konservasi sumberdaya hayati kelautan. CAPAIAN PEMBELAJARAN : Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa mampu membahas berbagai teori tentang taksonomi dan sistematika biota laut serta mengetahui pemanfaatan teknik biologi dan KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) ekologi molekuler dalam menjawab berbagai hipotesa ekologi dan pemanfaatannya dalam rangka eksplorasi konservasi sumberdaya hayati kelautan Minggu Ke 1 Kemampuan Akhir yang Diharapkan Kontrak perkuliahan dan GBPP Pengertian dan cakupan biosistematika, Sejarah perkembangan biologi molekuler, dan manfaat data genetik untuk manajemen dan konservasi 2-3 Mengetahui konsep spesies, pengertian spesies, dan biogeografi spesies 4 Mengetahui sistem nomenklatur, karakter taksonomi, penamaan ilmiah, dan aturan penamaan ilmiah 5 6 Mengetahui pembuatan spesimen, teknik koleksi dan kurasi organisme laut Membahas tentang taksonomi Bahan Kajian (Materi Ajar) Bentuk Pembelajaran Kriteria Bobot Penilaian Nilai Dasar-dasar Biosistematika, manfaat data genetik untuk manajemen dan konservasi organisme laut Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 5 Konsep Spesies Pengertian spesies Spesies dan spesiasi Spesies dan biogeografi Spesies dan evolusi Tahapan pekerjaan taksonomi kelautan, Nomenklatur, karakter taksonomi, penamaan ilmiah, aturan penamaan ilmiah Spesimen, Koleksi, dan Kurasi - Validitas (Sinonim dan Homonim) - Tipe spesimen Taksonomi Modern: Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 10 Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 5 Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 10 Ceramah dan diskusi Ketepatan 5 KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) modern, membandingkan sistem klasifikasi sebelum dan sesudah Linnaeus, pendekatan molekuler dalam filogeni, karakter dan analisis filogenetik, karakter dalam konsep filogeni 7 8-9 Membahas tentang DNA Barcode, phylogenomic dan metagenomic, serta prosedur PCR dan sekuensing Mengetahui struktur, proses replikasi dan mutasi DNA, dan perbaikannya Mengetahui kode genetika, protein dan mutasinya, serta pohon gen 10 11 (a) Review sistem klasifikasi (sebelum dan sesudah Linnaeus) (a) Pendekatan molekuler dalam filogeni (b) Karakter dan Analisis Filogenetik (c) Karakter dalam konsep filogeni -– DNA Barcode Phylo+Metagenomic Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 15 Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 10 Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 10 Ceramah dan diskusi Ketepatan 5 Prosedur PCR dan sekuensing (a) Dasar-dasar DNA: Struktur, replikasi, perbaikan, mutasi (b) Kode genetic, protein, dan mutasi dalam sekuens protein Mengetahui prinsip dasar Gene trees dan prinsip dasar filogenetika molekular filogenetika molekular. Mengetahui teknik pembuatan penjelasan Tree Assessment - KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) pohon berdasarkan maximum likelihood dan bayesian inference Pembuatan pohon filogeni - Analisis pohon filogeni penjelasan Maximum Likelihood dan Bayesian Inference 12-13 Mengetahui konsep genetika populasi termasuk hubungan kekerabatan biota laut, konektivitas genetik dan filogeografi 14 Mengetahui implementasi molekular filogeni, genetika konservasi organisme laut, beserta beberapa contoh kasus penerapan DNA barcoding pada dunia kelautan dan perikanan Genetika populasi: hubungan Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 15 Ceramah dan diskusi Ketepatan penjelasan 5 kekerabatan (parentage analysis), konektivitas genetik, filogeografi Implementasi molecular filogeni Genetika konservasi organisme laut Contoh kasus DNA barcoding pada dunia kelautan dan perikanan DAFTAR PUSTAKA: 1. Beebee T and Rowe G. 2008. An introduction to moleculer ecology. Second edition.Oxford University Press. 2. AJ Baker (2000) Molecular Ecology. In Molecular Methods in Ecology (ed. AJ Baker), Blackwell Publishing, pg. 1-7. 3. JC Avise (1994) Why Employ Molecular Genetic Markers? In Molecular Markers, Natural History and Evolution, ChapmanHall, pg. 5-14. 4. Page RDM and Holmes EC, 1998. Trees. In Molecular Evolution. A Phylogenetic Approach. pp. 11-36. 5. Page RDM and Holmes EC, 1998. Inferring Molecular Phylogeny. In Molecular Evolution. A Phylogenetic Approach. pp. 172-227. KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) 6. Crandall, K.A., Templeton, A.R. 1996. Applications of intraspecific phylogenetics. In New Uses for New Phylogenies (Harvey, P.H., Leigh Brown, A.J., Maynard Smith, J., Nee, S., eds). Oxford University Press, Oxford. pp 81-102. 7. Moritz, C. 1996. Uses of molecular phylogenies for conservation., In New Uses for New Phylogenies (Harvey, P.H., Leigh Brown, A.J., Maynard Smith, J., Nee, S., eds). Oxford University Press, Oxford. pp 203-216. 8. Futuyma 1998. Population structure and genetic drift. In Evolutionary Biology, Sinauer Press, Sunderland MA. pp 297-335. 9. M Slatkin (1987) Gene flow and the geographic structure of natural populations. Science, pg. 787-792. 10. R Grosberg, CW Cunningham (2001) Genetic structure in the sea: from populations to communities In Marine Community Ecology (MD Bertness, SD Gaines, ME Hay eds). Sinauer Press,, pg. 61-84. 11. Parker et al. 1998. What molecules can tell us about populations: Choosing and using a molecular marker. Ecology 79:361382. 12. Hughes C. 1998. Integrating molecular techniques with field methods in studies of social behavior: a revolution results. Ecology 79:383-399. 13. Goldstein DB and Scholotterer. 2003. Microsaltellites. Evolution and Application.. Oxford. University Press. 14. Landweber LF and Dobson AP. 1999. Genetics and the extinction of spesies ; DNA and conservation of biodiversity. Princeton University Press. 15. Stearns SC and Hoekstra RF.2005. Evolution ; an introduction. Second edition. Oxford University Press. 16. Butler JM. 2011. Advanced topics in forensic DNA typing : methodology. Academic DAFTAR PENGAJAR: 1. Dr. Hawis H. Madduppa, S.Pi, M.Si (HWS) - PJMK 2. Beginer Subhan, S.Pi, M.Si (HAN) 3. Meutia Samira Ismet, S.Si, M.Si (MSI) KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) RENCANA PEMBELAJARAN BIOSISTEMATIKA DAN GENETIKA KELAUTAN PRAKTIKUM KODE MATA KULIAH : ITK 314 SKS : 3 (2-3) SEMESTER : Ganjil KOMPETENSI : Praktikum mata kuliah ini mengajarkan tentang teknik dan metode untuk perbanyakan DNA melalui PCR untuk taksonomi molekuler organisme laut, analisis filogenetik, tingkah laku organisme laut, genetika populasi (konektivitas, keragaman genetika, struktur populasi, aliran dan migrasi gen dalam rangka eksplorasi konservasi sumberdaya hayati kelautan. CAPAIAN PEMBELAJARAN : Setelah mengikuti praktikum mata kuliah ini mahasiswa mampu mempraktekkan teknik dan metode untuk perbanyakan DNA melalui PCR serta analisis data dasar dalam rangka eksplorasi konservasi sumberdaya hayati kelautan. Minggu Ke Kemampuan Akhir yang Diharapkan Bahan Kajian (Materi Ajar) Bentuk Pembelajaran Kriteria Bobot Penilaian Nilai KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) 1 Mengetahui dan memahami Mencontohkan, Memahami 5 aturan keselamtan di laboratorium dan cara Aturan keselamatan di Laboratorium, desain proyek membuat proyek penelitian untuk kajian biosistematika 2 Mengetahui dasar-dasar molekular dan alat-alat yang ada di laboratorium beserta Pengenalan dasar dasar Mencontohkan dan Mampu melakukan secara mandiri memperag molekuler dan alat alat di 5 akan laboratorium fungsinya 3 Mengetahui berbagai teknik ekstraksi DNA 4-5 6 Ekstraksi DNA Mampu melakukan secara mandiri memperag Pengenalan PCR dan eksperimen PCR eksperimen PCR 1 Mengetahui prinsip kerja Elektroporesis Mencontohkan dan Mampu melakukan secara mandiri memperag Mengenal sekuensing DNA, 15 akan Mencontohkan dan Mampu melakukan secara mandiri memperag melakukannya 7-8 15 akan Mengetahui PCR dan cara elektroporesis dan cara Mencontohkan dan 5 akan Pengenalan sekuen DNA, Edit Mencontohkan dan Mampu 5 KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) Mengetahui cara mengedit Sekuen DNA dengan berbagai sekuen DNA dengan berbagai program, misalnya MEGA melakukan secara mandiri memperag akan program 9 Mengenal Genbank dan cara mengeksplorasi data di Pengenalan pada Genbank Mencontohkan dan Mampu melakukan secara mandiri memperag dalamnya 10 Mengetahui cara rekonstruksi pohon filogeni 11-12 akan Rekontruksi Pohon Filogeni - Penggunaan software BioEdit dan ClustalX - Aplikasi BioEdit untuk data sekuen (mengedit dan memformat sekuen) Aplikasi ClustalX untuk data sekuen (penyejajaran sekuen, rekonstruksi pohon filogeni, dan bootstrapping) Mengikuti field trip melalui Mencontohkan dan Mampu melakukan secara mandiri memperag 5 akan Kunjungan Mampu kunjungan edukasi Herbarium Field trip (Kunjungan edukasi memperag dan Zoologicum untuk lebih ke Herbarium Bogoriens dan akan memahami materi Museum Zoologicum Bogor) biosistematika 5 15 KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) 13-14 Melakukan kegiatan secara Mampu Melaksanakan proyek individual Individual projects mandiri mempresentasikan 20 dan memperag hasil akan kegiatan DAFTAR PUSTAKA: 1. Beebee T and Rowe G. 2008. An introduction to moleculer ecology. Second edition.Oxford University Press. 2. AJ Baker (2000) Molecular Ecology. In Molecular Methods in Ecology (ed. AJ Baker), Blackwell Publishing, pg. 1-7. 3. JC Avise (1994) Why Employ Molecular Genetic Markers? In Molecular Markers, Natural History and Evolution, Chapman-Hall, pg. 5-14. 4. Page RDM and Holmes EC, 1998. Trees. In Molecular Evolution. A Phylogenetic Approach. pp. 11-36. 5. Page RDM and Holmes EC, 1998. Inferring Molecular Phylogeny. In Molecular Evolution. A Phylogenetic Approach. pp. 172-227. 6. Crandall, K.A., Templeton, A.R. 1996. Applications of intraspecific phylogenetics. In New Uses for New Phylogenies (Harvey, P.H., Leigh Brown, A.J., Maynard Smith, J., Nee, S., eds). Oxford University Press, Oxford. pp 81-102. 7. Moritz, C. 1996. Uses of molecular phylogenies for conservation., In New Uses for New Phylogenies (Harvey, P.H., Leigh Brown, A.J., Maynard Smith, J., Nee, S., eds). Oxford University Press, Oxford. pp 203-216. 8. Futuyma 1998. Population structure and genetic drift. In Evolutionary Biology, Sinauer Press, Sunderland MA. pp 297335. 9. M Slatkin (1987) Gene flow and the geographic structure of natural populations. Science, pg. 787-792. 10. R Grosberg, CW Cunningham (2001) Genetic structure in the sea: from populations to communities In Marine Community Ecology (MD Bertness, SD Gaines, ME Hay eds). Sinauer Press,, pg. 61-84. 11. Parker et al. 1998. What molecules can tell us about populations: Choosing and using a molecular marker. Ecology 79:361382. 12. Hughes C. 1998. Integrating molecular techniques with field methods in studies of social behavior: a revolution results. Ecology 79:383-399. 13. Goldstein DB and Scholotterer. 2003. Microsaltellites. Evolution and Application.. Oxford. University Press. KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN NASIONAL INSTITUT PERTANIAN BOGOR FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN MAYOR ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN STRATA 1 (S1) 14. Landweber LF and Dobson AP. 1999. Genetics and the extinction of spesies ; DNA and conservation of biodiversity. Princeton University Press. 15. Stearns SC and Hoekstra RF.2005. Evolution ; an introduction. Second edition. Oxford University Press. 16. Butler JM. 2011. Advanced topics in forensic DNA typing : methodology. Academic DAFTAR PENGAJAR: 1. Dr. Hawis H. Madduppa, S.Pi, M.Si (HWS) - PJMK 2. Beginer Subhan, S.Pi, M.Si (HAN)