Thoyibatun Nuroniyah 1408100706 Dosen pemimbing

Thoyibatun Nuroniyah 1408100706
Dosen pemimbing :
Prof. Dr. Surya Rosa Putra, M.S
Jurusan Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya
2012
Bacillus sp
sampel air panas
Danau Ranau
Geobacillus
thermoleovorans
Kawah Wayang
dan Gunung
Pancar
Bakteri S1, Sumber
air panas Songgoriti ??
Bacillus sp, Acetogenium sp,
Thermus sp, Sulfobacillus
sp, Thermomicrobium sp,
Pseudomonas sp,
Sumber air panas Pacet
Identifikasi genotip (gen
16S rDNA)
rDNA)
Identifikasi fenotip
praktis
kelangkaan instrumen
murah
sedikit lebih mahal
tidak bersifat statis
karakter fenotip bakteri tidak
biasa
reprodusibitas rendah
identifikasi hingga tingkat
genus
VS
lebih akurat
karakter gen bersifat lestari
didukung database genbank
identifikasi hingga tingkat galur
Spesies bakteri S1?
&
Kekerabatan Bakteri
S1 dengan bakteri
lain
Isolat Bakteri S1 dalam media padat
• Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies isolat
bakteri S1 dengan metode analisa sekuens fragmen gen 16S
rDNA dan kekerabatannya dengan spesies bakteri lainnya
..
•
•
•
•
•
•
•
•
Media cair isolat S1
SDS 10%
Proteinase K
Larutan Phenol :
Chloroform : Isoamil
Alcohol perbandingan
25 : 24 : 1
Etanol 70%
ddH2O
Buffer TE
Buffer STE
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Enzim DNA polymerase
Sepasang primer universal
Stok dNTP
Buffer PCR
MgCl
Larutan EtBr
Agarosa
Buffer TAE
Marka DNA 1 kb
Media cair isolat
bakteri S1
- Dilakukan isolasi DNA
kromosom
Larutan
DNA
- Diuji kemurniannya dengan
elektroforesis gel agarosa
Hasil
Elektroforesis
- diamplifikasi
Produk
Amplifikasi
- dipurifikasi
Produk
purifikasi
- Diuji kemurniannya dengan
elektroforesis gel agarosa
Hasil
Elektroforesis
Produk
Purifikasi
- Diuji kemurniannya dengan
elektroforesis gel agarosa
Hasil
Elektroforesis
- Dilakukan analisa
sekuen fragmen gen 16S
rDNA
Sekuen
fragmen gen
16S rDNA
- Dilakukan penyocokan
dengan database NCBI
Hasil
Penyocokan
1
M
Pita DNA
Kromosom
10000 bp
Pita DNA
Plasmid
2500 bp
1500 bp
Pita
RNA
250bp
Gambar 1. Pola pita elektroforesis DNA kromosom isolat bakteri S1
1
Hasil
Amplifikasi
M
1500 bp
Gambar 2. Pola pita elektroforesis fragmen gen 16S rDNA bakteri isolat S1
M
1
1500 bp
M
1500 bp
Hasil
Purifikasi
Gambar 3. Pola pita elektroforesis produk amplifikasi pasca purifikasi
Gambar 4 sekuen fragmen gen 16S rDNA
bakteri isolat S1.
Terbaca 1253 sekuen basa nitrogen .
Fragmen gen 16S
16S rDNA bakteri isolat S1 memiliki homologi 989899%
99% dengan fragmen gen 16S
16S rDNA dari Bacillus thuringiensis galur
IAM 12077,
12077, Bacillus Weihanstephanensis galur D5M 11821,
11821,
Bacillus mycoides galur 273,
273, dan Bacillus anthracis galur ATCC
14578.
14578.
Homologi terbesar dengan Bacillus thuringiensis galur IAM 12077
(99,
99,12%
12% dari 1245 sekuen)
sekuen).
Komposisi basa guanin – citosin dan adenin - timin pada fragmen
gen 16S
16S rDNA bakteri S1 adalah sebanyak 55,
55,44 % dan 44,
44,56%
56%.
Bacillus weihstephanensis galur D5M11821
Bacillus mycoides galur 273
Bacillus thuringiensis galur IAM 12077
IcI53277
Bacillus anthracis galur ATCC 14578
Gambar 5. Percabangan pohon
filogenetik Bacillus thuringiensis
teridentifikasi (kode:53227) pada
tingkat spesies.
spesies.
Kesimpulan yang dapat diambil dari penelitian ini adalah
bahwa fragmen gen 16S
16S rDNA bakteri memiliki homologi
99,
99,12%
12% dengan fragmen gen 16S
16S rDNA Bacillus thuringiensis
galur IAM 12077. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa
bakteri teridentifikasi merupakan bakteri Bacillus thuringiensis
galur baru dan memiliki kekerabatan yang erat dengan Bacillus
thuringiensis galur IAM 12077.
12077.