View/Open - Repository | UNHAS

ISOLASI DAN KARAKTERISASI GEN PENYANDI PROTEIN PERMUKAAN VP19
WHITE SPOT SYNDROME VIRUS (WSSV) PADA UDANG WINDU
(Penaeus monodon FABRICIUS, 1798)
Andi Aliah Hidayani1, Asmi Citra Malina1, Andi Parenrengi 2 dan Ni Putu Linda Wikansari1
1.
Jurusan Perikanan, FIKP Universitas Hasanuddin, Kampus Tamalanrea,
Jl. Perintis Kemerdekaan Km. 10, Makassar, 90245
Email corresponding: [email protected]
2.
Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Air Payau, Maros
ABSTRACT
WSSV is one of the common causes of shrimp diseases and the most dangerous
shrimp pathogen and give a very bad impact to the shrimp industry in many countries,
including Indonesia. Various efforts have done to prevent the disease, like
immunostimulatory, probiotics, and vaccine. One of the requirements of making a vaccine is
to characterization protein – encoding genes. WSSV virions on the surface is made of a
nucleocapsid containing double-stranded DNA genome. Viral protein 19 (VP19) is one of the
major structural protein located on the surface (wrapping virion) is important because of its
involvement in the systemic infection of shrimp.
This study aimed to isolation and characterization of envelope protein VP19 –
encoding gene of WSSV using WSSV infected Black Tiger Shrimp sample from Takalar. VP
19 was isolated using PCR method with VP 19-F and VP19-R primers. Furthermore, sample
was sequenced and analysis of sequences was conducted using GENETYX version 7
software and BLAST-N (basic local alignment search tool-nucleotide) program to determine
the similarity sequences generated with existing sequences in the Gene Bank.
The results of sequence analysis showed that the length of DNA fragment obtained is
386 bp with homology between samples obtained is about 97% until 100% and have
proximity to China under accession code AY245790.1.
Key Words : Black Tiger Shrimp, WSSV, and Viral Protein 19
ABSTRAK
WSSV merupakan salah satu penyebab penyakit udang yang umum dan merupakan
pathogen yang paling serius menyerang udang windu dan telah menghancurkan industri
udang windu di berbagai negara, termasuk Indonesia. Berbagai upaya penanggulangan telah
dilakukan untuk pencegahan penyakit tersebut, seperti immunostimulan, probiotik, dan
pemberian vaksin. Salah satu syarat pembuatan vaksin adalah mengkarakterisasi gen-gen
penyandi protein. Virion pada WSSV ini terbuat dari permukaan nukleokapsid yang
mengandung DNA genom double-stranded. Viral protein-19 (VP19) merupakan salah satu
protein struktural mayor yang berlokasi dipermukaan (pembungkus virion) yang penting
karena keterlibatannya dalam infeksi sistemik pada udang.
Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi protein
permukaan VP19 WSSV menggunakan udang windu yang terjangkit WSSV asal Takalar.
VP 19 diisolasi dengan menggunakan metode DTAB-CTAB dengan primer VP19-F dan
VP19-R. Sampel kemudian disekuensing dan analisis sekuen dilakukan dengan
menggunakan software GENETYX versi 7 dan program BLAST-N (basic local alignmen
search tool-nucleotide) untuk mengetahui kemiripan (similaritas) sekuen yang dihasilkan
dengan sekuen yang telah ada di dalam Bank Gen.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa panjang fragmen DNA yang diperoleh adalah
386 bp dengan homologi antar sampel yang diperoleh berkisar 97% hingga 100% dan
memiliki kedekatan dengan negara China dengan kode aksesi AY245790.1.
Kata Kunci : Udang windu, WSSV, dan Protein Viral 19
1. PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Usaha budidaya telah menjadi andalan produksi bidang perikanan Indonesia dan
telah berkembang cukup lama. Budidaya di Indonesia yang paling digemari oleh
pembudidaya hingga saat ini adalah budidaya udang windu (Penaeus monodon).
Budidaya udang windu sudah sejak lama dilakukan dan pernah berhasil meraih
puncak kejayaan pada tahun 1989. Keberhasilan suatu budidaya merupakan derajat
kelangsungan hidup dan bobot rata-rata individu yang tinggi sehingga diperoleh
produksi yang maksimal. Keberhasilan budidaya udang ditentukan oleh kemampuan
toleransi udang terhadap perubahan atau fluktuasi lingkungan, ketahanan terhadap
serangan hama dan penyakit, serta kesesuaian pakan yang diberikan (Amiruddin,
2012).
Organisme patogen seperti bakteri, virus, parasit, atau jamur adalah organisme
yang umumnya menimbulkan kerugian yang cukup besar. Hal ini merupakan masalah
utama pada budidaya udang windu yang dapat menyebabkan kematian sehingga
kelangsungan hidup udang menjadi rendah. Salah satu virus yang sering mnyerang
udang windu utamanya pada stadia larva adalah White Spot Syndrome Virus (WSSV)
(Wahjuningrum, 2006).
WSSV adalah virus yang menginfeksi sebagian besar spesies udang dan
krustasea lainnya. Hingga saat ini penyakit WSSV merupakan salah satu penyebab
utama di tambak-tambak di Indonesia. Kasus serangan WSSV pertama kali muncul di
Asia Timur tahun 1992-1993 dan cepat menyebar dengan menginfeksi benih dan stok
induk, melintasi benua Asia hingga Asia Tenggara dan India yang menjadi penyebab
pandemik utama, dan kemudian menyebabkan kerugian yang signifikan pada
beberapa daerah (Lightner, 2003 dalam Hidayani, et.al 2011).
Berbagai upaya penanggulangan telah dilakukan untuk pencegahan penyakit
tersebut, misalnya penggunaan imunostimulan, probiotik, dan pemberian vaksin.
Salah satu syarat pembuatan vaksin adalah mengkarakterisasi gen-gen penyandi
protein (Hidayani, et.al 2011). Virion pada WSSV ini terbuat dari permukaan
nukleokapsid yang mengandung DNA genom double-stranded 292.967 bp (Van
Hulten et al., 2001a).
Penggunaan vaksin spesifik WSSV merupakan strategi lain untuk mendapatkan
udang penaid sebagai induk maupun bibit udang yang tahan terhadap serangan
WSSV. Viral protein-19 (VP19) merupakan protein pembungkus WSSV yang
penting karena keterlibatannya dalam infeksi sistemik pada udang (Zhang et al.,
2004). Hasil penelitian terbaru dilaporkan oleh Witteveldt et al., (2004) dimana
mereka telah berhasil membuat vaksin rekombinan viral protein-19 (VP19) yang
mampu meningkatkan persentase kelangsungan hidup relatif udang Penaeus
monodon sebesar 77%.
Secara geografis, VP19 WSSV memiliki variasi genetik baik dari China,
Thailand, dan USA. Asam amino pada VP19 isolat Korea memiliki perbedaan
dengan yang ada di Bank Gen. Di Indonesia, karakterisasi gen penyandi VP19 masih
sangat kurang. Oleh karena itu, dalam penelitian ini kami mengisolasi dan
mengkarakterisasi VP19 dari udang yang positif terinfeksi WSSV.
1.2 Tujuan
Tujuan penelitian ini adalah untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen
penyandi protein permukaan VP19 WSSV pada udang windu yang terjangkit WSSV
asal Takalar yang sangat diperlukan untuk menghasilkan vaksin dalam rangka
pencegahan penyakit WSSV pada udang windu.
2. METODOLOGI PENELITIAN
2.1 Pengambilan Sampel
Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah udang windu (P.monodon).
Jumlah sampel yang digunakan empat sampel. Bagian yang diambil adalah kaki
renang, kaki jalan dan ekor. Sampel ini diperoleh dari Instalasi Tambak Percobaan
Balai Penelitian Perikanan Budidaya Air Payau di Takalar. Selanjutnya sampel
dibawa ke Laboratorium Bioteknologi Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya
Air Payau (BPPBAP).
2.2 Ekstraksi DNA Udang Windu yang Terinfeksi WSSV
Ekstraksi genom DNA udang windu diisolasi mengacu pada metode DTAB – CTAB
adalah sebagai berikut :
- Sampel udang windu yang digunakan adalah campuran bagian kaki renang, kaki
jalan dan ekor. Kaki renang, kaki jalan dan ekor ditimbang sekitar 20 mg ke
dalam tube berukuran 2 µl berisi 0,6 µl solution.
- Sampel yang berada didalam tube kemudian ditumbuk.
- Selanjutnya sampel diinkubasi pada water bath bersuhu 75˚c selama 5 menit
kemudian didinginkan pada suhu ruang.
- Sampel divortex sebentar kemudian tambahkan 0,7 µl kloroform, vortex lagi
sekitar 20 detik dan disentrifuge pada kecepatan 12.000 rpm selama 5 menit.
- Selanjutnya bagian atas dipindahkan ke tube baru ukuran 2 µl, setelah itu
ditambahkan 100 µl larutan CTAB solution dan 900 µl ddH2O, vortex sebentar,
kemudian inkubasi dalam water bath bersuhu 75˚C selama 5 menit.
- Sampel didinginkan pada suhu ruang dan disentrifuge pada kecepatan 12000
rpm selama 10 menit.
- Supernatant kemudian dipindahkan dengan hati-hati, campurkan pellet dengan
150 µl larutan Dissolve solution, inkubasi pada suhu 75˚C selama 5 menit
kemudian dinginkan pada suhu ruang.
- Sampel kemudian disentrifuge pada kecepatan 12000 rpm selama 5 menit. Lalu
lapisan bening dipindahkan ke tube baru berukuran 0,5 µl dengan 300 µl
ethanol 95%
- Vortex sebentar, kemudian disentrifuge pada kecepatan 12000 rpm selama 5
menit, kemudian pellet dicuci dengan menambahkan 200 µl ethanol 70%,
homogenkan, keringkan pellet selama kurang lebih 2 – 3 jam atau sampai dikira
betul-betul kering dan terakhir tambahkan TE buffer sebanyak 100 µl.
- Simpan sampel di dalam lemari pendingin bersuhu -20˚C.
2.3 Proses PCR
Setelah proses ekstraksi, maka dilakukan proses PCR. Proses PCR dilakukan
sebanyak 2 kali, yaitu PCR pertama dan PCR lanjutan. Adapun langkah-langkahnya
yaitu :
1) PCR Pertama (First PCR)
Denaturasi : 94˚C 30 detik; 62˚C 30 detik; 72˚C 30 detik, selama 5 siklus, kemudian
annealing : 94˚C 15 detik; 62˚C 15 detik; 72˚C 20 detik selama 15 siklus, selanjutnya
extension: 72˚C 30 detik; 20˚C 30 detik; dan extansion akhir pada suhu 4˚C.
2) PCR Lanjutan (Nested PCR)
94˚C 20 detik; 62˚C 30 detik; 72˚C 30 detik selama 25 siklus, tambahkan 72˚C 30
detik; 20˚C 30 detik diakhir siklus.
2.4 Elektroforesis
Setelah proses PCR dilakukan proses elektroforesis agarosa 2% dengan
komposisi sampel sebanyak 7 µl dan loading dye sebanyak 3 µl. elektroforesis ini
menggunakan marker 100bp sebanyak 1 µl dan kontrol positif dan kontrol negatif.
Hasil elektroforesis diamati dibawah UV transilluminator.
2.5 Amplifikasi PCR
Isolasi VP19 virus WSSV dilakukan dengan menggunakan teknik PCR. Adapun
langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :
- Sampel yang telah diPCR dan bahan-bahan lain disiapkan.
- Kemudian beads,1 µl primer VP19-F, 1 µl primer VP19-R, 1,5 genom
(template) udang windu dan 21,5 µl aquamilliQ dicampur kedalam tube.
- Sampel disentrifuge cepat selama kurang lebih 10 – 15 detik.
-
Lalu sampel dimasukkan ke dalam mesin PCR. Adapun profil untuk PCR
tersebut adalah pre-denaturasi 94˚C 5 menit sebanyak 1 siklus; denaturasi:
94˚C 30 detik; annealing 53˚C 30 detik; extansion 72˚C 30 detik sebanyak 35
siklus; final extansion 72˚C 7 menit kemudian tambahkan 4˚C diakhir siklus.
2.6 Elektroforesis Agarosa
- Penyiapan gel agarosa 2%. Agarosa ini terdiri dari agarosa sebanyak 0,6 gr dan
TBE sebanyak 30 mL. Agarosa kemudian dipanaskan menggunakan microwave
selama 2 sampai 3 menit sampai agarosa menyatu sepenuhnya dengan TBE.
Setelah itu ditambahkan gel red sebanyak 1 µl dan dituangkan ke dalam
cetakan.
- Setelah agar mengeras dan mulai buram kemudian dilakukan elektroforesis,
dengan komposisi sampel sebanyak 3 µl dan loading dye 1 µl. Elektroforesis
ini menggunakan marker 100bp plus sebanyak 1 µl. Elektroforesis ini dilakukan
selama 1 jam atau lebih.
- Hasil elektroforesis diamati dibawah UV transilluminator.
2.7 Penderetan Sekuen Nukleotida
Setelah proses amplifikasi PCR dilakukan, selanjutnya sampel dikirim ke
laboratorium First Base Singapura untuk dilakukan penderetan sekuen nukleotida.
Metode sekuen yang digunakan adalah metode sanger.
2.8 Analisis Data
Sekuen hasil penderetan dianalisis dengan menggunakan program Genetyx
Version 7 untuk mendapatkan konsensus sekuen dari sekuen forward dan reverse.
Untuk mengetahui kemiripan (similaritas) sekuen yang dihasilkan, sekuen VP19
disejajarkan (alignment) dengan sekuen yang telah ada di dalam Bank Gen dengan
menggunakan program BLAST-N (basic local alignmen search tool-nucleotide).
Hasil analisa ditujukan dengan pohon filogenetika.
3. HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Ekstraksi Udang Windu yang Terinfeksi WSSV
Proses ekstraksi udang windu yang terinfeksi WSSV dilakukan dengan metode
DTAB – CTAB. Ukuran udang windu yang digunakan adalah udang windu kecil,
udang windu besar dan . Bagian yang digunakan dari udang adalah campuran kaki
renang, kaki jalan, dan ekor. Setelah proses ekstraksi dilakukan maka selanjutnya
dilakukan proses PCR. Setelah diPCR kemudian sampel dielektroforesis, proses
elektroforesis ini bertujuan untuk melihat apakah udang diektraksi adalah udang yang
positif atau negatif terinfeksi WSSV. Adapun hasil elektroforesis udang windu dapat
dilihat pada Gambar 1.
Gambar 1. Hasil elektroforesis udang windu yang terinfeksi WSSV setelah proses
ekstraksi dengan menggunakan metode DTAB – CTAB. Keterangan :
KN = Kontrol Negatif dan KP = Kontrol Positif.
Dari gambar yang mewakili sampel di atas dapat dilihat bahwa sampel 1 dan
sampel 2 positif terinfeksi virus WSSV. Hal ini ditandai dengan band pada sampel
sesuai dengan kontrol positif. Diagnosis penyakit yang paling mudah adalah apabila
telah terjadi infeksi akut, terlihat dengan timbulnya bercak putih pada bagian
cephalothorax. Pada infeksi dini dapat dilakukan dengan pemeriksaan menggunakan
teknik Polimerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer spesifik untuk WSSV
(Mukhlis, 2010).
3.2 Amplifikasi PCR dan Analisis Elektroforesis Agarosa
Protein virus dari udang windu diisolasi dengan menggunakan metode PCR
dengan primer yang dibuat berdasarkan data yang ada di Bank Gen. Panjang fragmen
DNA hasil amplifikasi PCR dengan panjang nukleotida 386 bp. Primer yang
digunakan untuk F – VP19 5’-CGCGGATCCGATGGCCACCACGACTAACAC-3’
dan R – VP19 5’-CCGGAATTCTTACTGCCTCCTCTTGGGG-3’. DNA genom
berhasil diisolasi dengan kemurnian yang cukup tinggi, yang dapat terlihat dari pita
yang jelas dan bersih. Pita sampel PCR DNA yang bersih tanpa latar belakang
mengindikasikan tingkat kemurnian DNA yang baik (DNA tidak terdegredasi serta
terkontaminasi). Hasil elektroforesis dari amplifikasi PCR dapat dilihat pada Gambar
2.
Gambar 2.
Elektroforesis hasil sekuen PCR DNA, M adalah marker 100bp plus, 1,
2, 3 dan 4 adalah sampel. Angka di sebelah kiri gambar adalah ukuran
fragmen marker DNA. Tanda kepala panah (
) di sebelah kanan
gambar menunjukkan DNA target dari hasil PCR.
3.3 Penderetan Urutan Nukleotida VP 19
Untuk memastikan apakah fragmen DNA tersebut adalah target VP19 yang
diingankan, maka fragmen DNA dipurifikasi dari gel agarosa kemudian dilakukan
pembacaan nukleotidanya atau dikenal dengan istilah sekuensing. Hasil sekuensing
sampel 1 hingga sampel 4 tercantum masing-masing pada gambar 3, 4, 5, dan 6.
TCG
CTC
CCG
TTG
GTC
GTA
GGA
ACA
ACA
AAT
TTC
TTT
CCA
CGG
TTC
CTG
AAG
TCT
TCC
TGG
CTG
CTG
ATA
TGG
CCG
AGA
ATC
CTT
GCC
GCT
TTT
TCG
GAC
ATA
CCA
AGA
CTG
CCG
GGA
CGA
TCG
CTT
CCA
TGA
TCC
CAA
AGG
ACG
ACA
GGT
CCA
GGC
TGG
GCA
CTT
TGT
TCG
TGG
AGA
ACA
ATA
GGA
CCG
CCG
AGT
CCA
GGA
ACA
CTA
TTG
CCG
AGG
CCG
ACG
CCA
CTC
TTT
AAG
CCA
CCG
CCA
TGG
CTA
TCA
ACA
GTG
ATG
GGG
TTC
TTA
AAT
CGA
GAG
TGG
CTC
TCT
TGA
GCG
ATG
ATG
ATA
TGT
TGT
TCC
CTA
CCC
AAG
GCA
CAA
ATG
ATT
ATG
AGG
TGA
TCC
CTT
GG
ACA
AGG
ATC
TGG
TTG
TAT
CTG
ACG
ACA
TGC
TCG
ACC
30
60
90
120
150
180
210
240
270
300
330
360
386
Gambar 3. Hasil sekuen viral-protein 19 WSSV udang Windu (Penaeus monodon)
sampel 1.
TCG
CTT
CCG
TTG
GTC
GTA
GGA
ACA
ACA
AAT
TTC
TTT
CCA
CGG
TTT
CTG
AAG
TCT
TCC
TGG
CTG
CTG
ATA
TGG
CCG
AGA
ATC
CTT
GCC
GCT
TTT
TCG
GAC
ATA
CCA
AGA
CTG
CCG
GGA
CGA
TCG
CTT
CCA
TGA
TCC
CAA
AGG
ACG
ACA
GGT
CCA
GGC
TGG
GCA
CTT
TGT
TCG
TGG
AGA
ACA
ATA
GGA
CCG
CCG
AGT
CCA
GGA
ACA
CTA
TTG
CCG
AGG
CCG
ACG
CCA
CTC
TTT
AAG
CCA
CCG
CCA
TGG
CTA
TCA
ACA
GTG
ATG
GGG
TTC
TTA
AAT
CGA
GAG
TGG
CTC
TCT
TGA
GCG
ATG
ATG
ATA
TGT
TGT
TCC
CTA
CCC
AAG
GCA
CAA
ATG
ATT
ATG
AGG
TGA
TCC
CTT
GG
ACA
AGG
ATC
TGG
TTG
TAT
CTG
ACG
ACA
TGC
TCG
ACC
30
60
90
120
150
180
210
240
270
300
330
360
386
Gambar 4. Hasil sekuen viral-protein 19 WSSV udang Windu (Penaeus
monodon) sampel 2.
TCG
TNN
CCG
TTG
GTC
GTA
GGA
ACA
ACA
AAT
TTC
TTT
CCA
CGG
TTT
CTG
AAG
TCT
TCC
TGG
CTG
CTG
ATA
TGG
CCG
AGA
ATC
CTT
GCC
GCT
TTT
TCG
GAC
ATA
CCA
AGA
CTG
CCG
GGA
CCG
TTG
CTT
CCA
TGA
TCC
CAA
AGG
ACG
ACA
GGT
CCA
GGC
TGG
GCC
CTT
TGT
TCG
TGG
AGA
ACA
ATA
GGA
CCG
CCG
AGT
CCA
GGA
ACA
CTA
TTG
CCG
AGG
CCG
ACG
CCA
CTC
TTT
AAG
CCA
CCG
CCA
TGG
CTA
TCA
ACA
GTG
ATG
GGG
TTC
TTA
AAT
CGA
GAG
TGG
CTC
TCT
TGA
GCG
ATG
ATG
ATA
TGT
TGT
TCC
CTA
CCC
AAG
GCA
CAA
ATG
ATT
ATG
AGG
TGA
TCC
CTT
GG
ACA
AGG
ATC
TGG
TTG
TAT
CTG
ACG
ACA
TGC
TCG
ACC
Gambar 5. Hasil sekuen viral-protein 19 WSSV udang Windu
monodon) sampel 3.
TCG
CTC
CCG
TTG
GTC
GTA
GGA
ACA
ACA
AAT
TTC
CGG
TTC
CTG
AAG
TCT
TCC
TGG
CTG
CTG
ATA
TGG
ATC
CTT
GCC
GCT
TTT
TCG
GAC
ATA
CCA
AGA
CTG
CGA
TCG
CTT
CCA
TGA
TCC
CAA
AGG
ACG
ACA
GGT
TGG
GCA
CTT
TGT
TCG
TGG
AGA
ACA
ATA
GGA
CCG
CCA
GGA
ACA
CTA
TTG
CCG
AGG
CCG
ACG
CCA
CTC
CCA
CCG
CCA
TGG
CTA
TCA
ACA
GTG
ATG
GGG
TTC
CGA
GAG
TGG
CTC
TCT
TGA
GCG
ATG
ATG
ATA
TGT
CTA
CCC
AAG
GCA
CAA
ATG
ATT
ATG
AGG
TGA
TCC
ACA
AGG
ATC
TGG
TTG
TAT
CTG
ACG
ACA
TGC
TCG
30
60
90
120
150
180
210
240
270
300
330
360
386
(Penaeus
30
60
90
120
150
180
210
240
270
300
330
TTT CCG CCG CCA CCG TTT TTA TGT
CCA AGA GGA GGC AGT AAG AAT TCC
CTT
GG
ACC 360
386
Gambar 6. Hasil sekuen viral-protein 19 WSSV udang Windu
monodon) sampel 4.
(Penaeus
Setelah dianalisa maka dapat diketahui panjang fragmen sampel 1, sampel 2,
sampel 3 dan sampel 4 adalah 386 bp. Kemudian dengan menggunakan software
Genetyx Version 7, alignment sekuens parsial viral protein-19 dengan sampel berupa
udang windu ditunjukkan pada Gambar 7. Dari hasil alignment diketahui bahwa
posisi dari elemen-elemen penting tersebut adalah conserved yaitu urutan yang mirip
atau identik seperti dengan sekuensnya yang terjadi dalam asam nukleotida. Start
kodon ditandai dengan ATG dan stop kodon ditandai dengan TGA serta boks TATA.
Hal ini memperkuat dugaan bahwa hasil isolasi merupakan viral protein-19 WSSV
dari sampel udang windu.
Gambar 7. Alignment sekuen viral protein-28 dari keempat sampel WSSVyang
menginfeksi udang windu dengan panjang gen target yaitu 386 bp. Start
Kodon ditanda dengan ATG dan Stop Kodon ditandai dengan TGA serta
boks TATA. Nomor pada awal dan akhir nukleotida menunjukkan
urutan nukleotida, A=adenina, C=citosina, G=guanina, dan T=timinina.
Dari hasil alignment di atas, terlihat kodon start berada pada nukleotida 81, boks
TATA terletak pada nukleotida 273 dan kodon stop (kodon nonsense) terletak pada
nukleotida 295. Kodon start dimulai pada garis merah pertama, ATG. Sintesis protein
dimulai pada kodon tersebut. Kodon stop ditandai dengan garis merah pada akhir
sekuens yaitu TGA (Stanfield, 2006). Boks TATA yang ada dalam sekuens dapat
dilihat. Boks TATA merupakan elemen yang umum dijumpai pada sekuens, sebagai
tempat RNA polimerase melekat pada saat transkripsi RNA berlangsung (Hidayani,
2009).
Dari hasil homologi gabungan dari sampel 1, 2, 3 dan 4 maka didapatkan hasil
perbandingan analisis urutan nukleotida, dengan nilai antara 97% hingga 100%. Hal
ini menunjukkan bahwa virus WSSV, terutama pada Gen VP19 yang menyerang
udang windu tersebut sama. Hasil homologi keempat sampel dapat dilihat pada tabel
1.
Tabel 1. Hasil homologi keempat sampel
Sampel
Sampel 1
Sampel 2
Sampel 3
Sampel 4
Sampel 1
99,483%
97,927%
100,000%
Sampel 2
99,483%
97,938%
99,483%
Sampel 3
97,927%
97,938%
Sampel 4
100,000%
99,483%
97,927%
97,927%
Berdasarkan hasil analisis menggunakan kesejajaran lokal (local alignment)
(BLASTn) VP19 menunjukkan kedekatan dengan isolat dari negara China dengan
kode aksesi AY245790.1. yaitu 100%. Pohon filogenetika yang menunjukkan
kekerabatan kesejajaran tempat dengan gen penyandi VP19 yang diperoleh dapat
dilihat pada gambar 8. Negara kedua adalah Mexico, kode aksesi AY713327.1.
Selanjutnya diikuti dengan negara-negara lain seperti India, Korea, Singapore, dan
Vietnam dengan kode aksesi masing-masing yang telah ditunjukkan pada gambar 8.
Hasil tersebut menunjukkan bahwa gen VP 19 yang ada di Indonesia khususnya
Takalar memiliki kemiripan yang identik dengan negara lain.
Gambar 8. Pohon filogenetika VP19 yang menunjukkan kekerabatan dengan
beberapa VP19 yang ada di Gen Bank.
4. KESIMPULAN
Kesimpulan yang diperoleh dari penelitian ini adalah sebagai berikut:
1. Gen penyandi protein VP19 dari White Spot Syndrome Virus (WSSV) memiliki
ukuran 386 bp
2. Homologi yang diperoleh dari keempat sampel berkisar antara 97% hingga 100%.
3. Gen VP19 isolat yang diperoleh memiliki kedekatan dengan negara China dengan
kode aksesi AY245790.1.
DAFTAR PUSTAKA
Amiruddin, 2012. Klasifikasi dan Anatomi Udang Windu. (Online). Diakses hari
Selasa tanggal 07 Maret 2012. Makassar.
Hidayani, A.A., Malina, A.C. dan Parenrengi, A. 2011. Distribusi Ekspresi Gen
Antivirus WSSV pada Beberapa Organ Udang Windu (Penaeus monodon).
Laporan Penelitian Hibah Kompetitif Penelitian Research Grant, Makassar.
Hidayani, Andi Aliah. 2009. Isolasi dan Efektivitas Promoter β-Aktin dalam
Mengarahkan Ekspresi Gen Target Pada Transgenesis Ikan Mas (Cyprinus
carpio [tesis]. Bogor: Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan, Institut Pertanian Bogor.
Mukhlis, Alis. 2010. Pengklonan Gen VP28 Penyandi Viral Protein 28 dari Virus
White Spot Syndrome Sebagai Langkah Awal Produksi Vaksin Rekombinan
Udang Penaeid. Institut Pertanian Bogor.
Stanfield, William D, dkk. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Jakarta
Van Hulten, M. C. W., Witteveldt, J., Peters, S., Kloosterboer, N., Tarchini, R., Fiers,
M., Sandbrink, H., Klein Lankhorst, R. & Vlak, J. M. (2001).The white spot
syndrome virus DNA genome sequence. Virology.
Wahjuningrum, 2006. White Spot Syndrome. (Online) Diakses pada hari Jumat
tanggal 01 Februari 2013, Makassar.
Witteveldt, J.,J. M. Vlak, and M.C.W. Van Hulten. 2004. Protection of Penaeus
monodon Against White Spot Syndrome Virus Using a WSSV Subunit Vaccine.
Fish Shelfish Immunol. 16:571-579.
Zhang, X., C. Huang, X. Tang, Y. Zhuang, and C.L. Hew. 2004. Identification of
Structural Proteins From Shrimp White Spot Syndrome Virus (WSSV) by
2DE-MS. Proteins 55:229-235.