1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Newcastle
advertisement
I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Newcastle Disease atau tetelo merupakan penyakit pada unggas yang disebabkan oleh infeksi virus Newcastle Disease (ND). Virus ini pertama kali dilaporkan menyerang unggas pada tahun 1926 di daerah Newcastle (Inggris) dan di Jawa (Batavia). Virus ND termasuk ke dalam genus Avulavirus, famili Paramyoviridae. Virus ND merupakan virus beramplop, ss-RNA sense negatif tidak bersegmen dengan ukuran genom 15.2 kb. Virus ini memiliki 6 gen penyandi protein struktural yaitu RNA-direct RNA polymerase (L), hemagglutininneuraminidase (HN), protein fusi (F), protein matriks (M), phospoprotein (P) dan nukleoprotein (NP) (Quinn et al., 2002; Ahmadi et al., 2014). Penyakit ND dapat menginfeksi berbagai jenis unggas dan memberikan dampak yang fatal terutama pada ayam. Unggas air berperan sebagai reservoar alami dari virus ini. Virus ND dibedakan ke dalam 4 patotipe atau strain berdasarkan virulensinya yaitu strain Viscerotropic Velogenic (Doyle’s form), strain Neurotropic Velogenic (Beach’s form), strain Mesogenic (Beaudette’s form) dan Strain Lentogenic (Quinn et al., 2002). Metode penentuan patotipe virus ND konvensional mengikuti protokol mean death time (MDT) pada telur ayam berembrio serta intracerebral pathogenecity index (ICPI) dan intravenous pathogenecity index (IVPI) pada ayam umur 1 hari dan 6 minggu. Penentuan patotipe dilakukan dengan penghitungan waktu MDT serta skor ICPI dan IVPI sehingga dapat diketahui patotipe virus ND termasuk strain velogenik, mesogenik atau lentogenik (Akram et al., 2000). 1 2 Pada tingkat molekuler, Office International des Epizooties (OIE) atau organisasi kesehatan hewan dunia telah menyepakati bahwa sekuen asam amino pada daerah cleavage site protein F dapat digunakan sebagai penentu patotipe virus ND. Sekuen asam amino tersebut berhubungan dengan kemampuan dan macam enzim protease sel hospes dalam memotong protein F0 menjadi F1 dan F2. Protein F0 virus ND strain avirulen/lentogenik hanya dapat terpotong oleh enzim spesifik trypsine-like pada sel-sel saluran respirasi dan saluran pencernaan. Berbeda dengan strain virulen (mesogenik atau velogenik) dimana protein F0 virus tersebut dapat terpotong oleh berbagai macam enzim protease sel dan jaringan hospes sehingga dapat terjadi infeksi sistemik. Virus ND strain avirulen memiliki motif dua asam amino basa tunggal serta leusin (L) pada posisi asam amino ke-117, sedangkan virus ND strain virulen memiliki motif sekuen sepasang asam amino basa lisin (K) atau arginin (R) pada posisi asam amino ke-112/113 dan 115/116 yang diikuti dengan fenilalanin (F) pada asam amino ke-117. Banyaknya residu asam amino basa pada daerah cleavage site memiliki korelasi dengan virulensi atau patogenesitas virus ND (Oberdorfer dan Werner, 1998; Leeuw et al., 2003; Wise et al., 2004; Ahmadi et al., 2013). Mengingat penyakit ND sangat menular, maka deteksi dan identifikasi cepat virus ini sangat dibutuhkan untuk efektivitas kontrol dan eradikasi penyakit sehingga dibutuhkan metode uji untuk menentukan patotipe. Uji patogenesitas in vivo seperti ICPI, IVPI dan MDT dapat digunakan untuk membedakan strain virus yang virulen dan avirulen. Kekurangan metode tersebut lama dan membutuhkan banyak tenaga, serta cukup mahal. Sebaliknya, metode RT-PCR menawarkan 3 beberapa keuntungan dibanding metode uji penentuan patotipe konvensional. Kecepatan diagnosa dapat ditingkatkan hingga satu hari dan memungkinkan identifikasi cepat dari jumlah sampel yang banyak. Identifikasi virus dapat dilakukan langsung dari organ hematogenus tanpa melakukan perbanyakan virus. Keuntungan lain dari metode RT-PCR adalah dapat dilanjutkan dengan sekuensing DNA pada produk PCR tersebut sehingga dapat dievaluasi epidemiologi molekuler serta perubahan genomik yang mungkin terjadi (Ahmadi et al., 2013). Teknik RT-PCR-REA merupakan metode yang simpel, mudah dan cocok untuk karakterisasi virus ND pada diagnosis rutin. Perbedaan pola hasil pemotongan DNA dengan enzim Hin1l pada produk RT-PCR antara virus ND strain virulen dan avirulen memungkinkan interpretasi hasil yang cepat dan akurat (Mase dan Kanehira, 2012). B. Tujuan Penelitian 1. Mengidentifikasi gen penyandi protein F virus ND untuk menentukan patotipe virus dari isolat lapangan ayam kampung di daerah D.I. Yogyakarta. 2. Membandingkan hasil RT-PCR-REA dengan hasil sekuensing DNA yang sudah umum digunakan untuk penentuan patotipe virus ND pada ayam. C. Manfaat Penelitian 1. Mendapatkan metode diagnosa yang lebih cepat, sederhana serta akurat untuk penentuan patotipe virus Newcastle Disease. 2. Mendapatkan informasi genetik mengenai isolat virus lokal yang dapat digunakan untuk kepentingan program vaksinasi dan pemberantasan penyakit, epidemiologi molekuler serta analisis perubahan genomik.