1 I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Newcastle

I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Newcastle Disease atau tetelo merupakan penyakit pada unggas yang
disebabkan oleh infeksi virus Newcastle Disease (ND). Virus ini pertama kali
dilaporkan menyerang unggas pada tahun 1926 di daerah Newcastle (Inggris) dan
di Jawa (Batavia). Virus ND termasuk ke dalam genus Avulavirus, famili
Paramyoviridae. Virus ND merupakan virus beramplop, ss-RNA sense negatif tidak
bersegmen dengan ukuran genom 15.2 kb. Virus ini memiliki 6 gen penyandi
protein struktural yaitu RNA-direct RNA polymerase (L), hemagglutininneuraminidase (HN), protein fusi (F), protein matriks (M), phospoprotein (P) dan
nukleoprotein (NP) (Quinn et al., 2002; Ahmadi et al., 2014).
Penyakit ND dapat menginfeksi berbagai jenis unggas dan memberikan
dampak yang fatal terutama pada ayam. Unggas air berperan sebagai reservoar
alami dari virus ini. Virus ND dibedakan ke dalam 4 patotipe atau strain
berdasarkan virulensinya yaitu strain Viscerotropic Velogenic (Doyle’s form), strain
Neurotropic Velogenic (Beach’s form), strain Mesogenic (Beaudette’s form) dan
Strain Lentogenic (Quinn et al., 2002).
Metode penentuan patotipe virus ND konvensional mengikuti protokol
mean death time (MDT) pada telur ayam berembrio serta intracerebral
pathogenecity index (ICPI) dan intravenous pathogenecity index (IVPI) pada ayam
umur 1 hari dan 6 minggu. Penentuan patotipe dilakukan dengan penghitungan
waktu MDT serta skor ICPI dan IVPI sehingga dapat diketahui patotipe virus ND
termasuk strain velogenik, mesogenik atau lentogenik (Akram et al., 2000).
1
2
Pada tingkat molekuler, Office International des Epizooties (OIE) atau
organisasi kesehatan hewan dunia telah menyepakati bahwa sekuen asam amino
pada daerah cleavage site protein F dapat digunakan sebagai penentu patotipe virus
ND. Sekuen asam amino tersebut berhubungan dengan kemampuan dan macam
enzim protease sel hospes dalam memotong protein F0 menjadi F1 dan F2. Protein
F0 virus ND strain avirulen/lentogenik hanya dapat terpotong oleh enzim spesifik
trypsine-like pada sel-sel saluran respirasi dan saluran pencernaan. Berbeda dengan
strain virulen (mesogenik atau velogenik) dimana protein F0 virus tersebut dapat
terpotong oleh berbagai macam enzim protease sel dan jaringan hospes sehingga
dapat terjadi infeksi sistemik. Virus ND strain avirulen memiliki motif dua asam
amino basa tunggal serta leusin (L) pada posisi asam amino ke-117, sedangkan
virus ND strain virulen memiliki motif sekuen sepasang asam amino basa lisin (K)
atau arginin (R) pada posisi asam amino ke-112/113 dan 115/116 yang diikuti
dengan fenilalanin (F) pada asam amino ke-117. Banyaknya residu asam amino
basa pada daerah cleavage site memiliki korelasi dengan virulensi atau
patogenesitas virus ND (Oberdorfer dan Werner, 1998; Leeuw et al., 2003; Wise et
al., 2004; Ahmadi et al., 2013).
Mengingat penyakit ND sangat menular, maka deteksi dan identifikasi cepat
virus ini sangat dibutuhkan untuk efektivitas kontrol dan eradikasi penyakit
sehingga dibutuhkan metode uji untuk menentukan patotipe. Uji patogenesitas in
vivo seperti ICPI, IVPI dan MDT dapat digunakan untuk membedakan strain virus
yang virulen dan avirulen. Kekurangan metode tersebut lama dan membutuhkan
banyak tenaga, serta cukup mahal. Sebaliknya, metode RT-PCR menawarkan
3
beberapa keuntungan dibanding metode uji penentuan patotipe konvensional.
Kecepatan diagnosa dapat ditingkatkan hingga satu hari dan memungkinkan
identifikasi cepat dari jumlah sampel yang banyak. Identifikasi virus dapat
dilakukan langsung dari organ hematogenus tanpa melakukan perbanyakan virus.
Keuntungan lain dari metode RT-PCR adalah dapat dilanjutkan dengan sekuensing
DNA pada produk PCR tersebut sehingga dapat dievaluasi epidemiologi molekuler
serta perubahan genomik yang mungkin terjadi (Ahmadi et al., 2013).
Teknik RT-PCR-REA merupakan metode yang simpel, mudah dan cocok
untuk karakterisasi virus ND pada diagnosis rutin. Perbedaan pola hasil
pemotongan DNA dengan enzim Hin1l pada produk RT-PCR antara virus ND
strain virulen dan avirulen memungkinkan interpretasi hasil yang cepat dan akurat
(Mase dan Kanehira, 2012).
B. Tujuan Penelitian
1. Mengidentifikasi gen penyandi protein F virus ND untuk menentukan patotipe
virus dari isolat lapangan ayam kampung di daerah D.I. Yogyakarta.
2. Membandingkan hasil RT-PCR-REA dengan hasil sekuensing DNA yang sudah
umum digunakan untuk penentuan patotipe virus ND pada ayam.
C. Manfaat Penelitian
1. Mendapatkan metode diagnosa yang lebih cepat, sederhana serta akurat untuk
penentuan patotipe virus Newcastle Disease.
2. Mendapatkan informasi genetik mengenai isolat virus lokal yang dapat
digunakan untuk kepentingan program vaksinasi dan pemberantasan penyakit,
epidemiologi molekuler serta analisis perubahan genomik.