Hasrul Sani F1D113

KARAKTERISTIK SEGMEN GEN CYTOCRHOME OXIDASE SUBUNIT
I (COI) DNA MITOKONDRIA PADA KODOK Rana chalconota
Oleh :
Hasrul Sani
F1D113060
ABSTRAK
Tujuan penelitian ini untuk mengungkap karakteristik segmen gen Cytochrome
Oxidase Subunit I (COI) dan merekonstruksi pohon filogeni Rana chalconota yang
dapat dijadikan sebagai bahan informasi molekuler untuk identifikasi spesies
dengan teknik PCR. Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi untuk
mengkarakterisasi sekuen gen COI. Karakterisasi gen COI meliputi isolasi DNA
menggunakan metode CTAB (Cetyl Trimetyl Ammonium Bromide), amplifikasi gen
COI dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan squencing untuk analisis
susunan basa nitrogen pada gen COI. Analisis data molekuler menggunakan
software BioEdit dan MEGA Version 5.0. Hasil penelitian menunjukkan segmen
gen COI pada Rana chalconota berukuran 655 pb yang mengkode sebanyak 213
asam amino. Pensejajaran urutan nukleotida pada hasil karakterisasi gen COI Rana
chalconota dengan data gen COI pembanding diketahui terdapat 84 nukleotida
yang bersifat conserve, 582 nukleotida yang bersifat variabel, 451 nukleotida
parsimoni informative dan 131 nukleotida singleton. Komposisi basa nitrogen
sekuen gen COI Rana chalconota yaitu Timin (T) 21,5%, Cytosin (C) 19.1%,
Adenin (A) 29,5% dan Guanin 29,9%. Rekonstruksi pohon filogeni antara Rana
chalconota dengan sekuen pembandingnya diketahi bahwa Rana chalconota
memiliki laju evolusi yang sangat cepat dibandingkan dengan kelompok Rana yang
lain sehingga berada satu kelompok dengan kelompok Bufo.
Kata kunci : Rana chalconota, Karakteristik Gen COI
CHARACTERISTICS SEGMENT OF THE CYTOCHROME OXIDASE
SUBUNIT I (COI) GENE FROM MITOCONDRIA DNA OF FROG Rana
chalconota
By :
Hasrul Sani
F1D113060
ABSTRACT
The aim of the research is to reveal the characteristic of Cytochrome Oxidase
Subunit I (COI) segment gene and reconstruct Phylogeny tree of Rana chalconota
which can be used as an information of molecular to identify species with PCR
method. Kind of the research of exploration research which was characterize COI
sequence gene. The method of isolation used CTAB and than gene amplified with
PCR method. Product of amplified squencing to analyze the composition of
nitrogen base in COI gene. The molecular data analysis use software BioEdit and
MEGA Version 5.0. The result of the research showed that COI segment gene of
Rana chalconota have 655 pb. The sequence predicted coding 213 of amino acid.
From the squennce there are 84 of conserve nucleotides, 582 variabel nucleotides,
451 parsimoni informative nucleotides dan 131 singleton nucleotides. The
composition of nitrogen base COI gene sequencing of Rana chalconota namely
Timin (T) 21,5%, Cytosin (C) 19.1%, Adenin (A) 29,5% dan Guanin 29,9%. The
reconstruction of Phylogeny tree between Rana chalconota and its compared
sequence is known that Rana chalconota has faster evolution compared with others
Rana group until it classified in one group with Bufo group.
Key Words : Rana chalconota, Characteristics COI Gene