dinamika populasi dan karakter morfologi

2
digunakan adalah cyclohexamide, nalidixid
acid, dan griseovulvin. Bahan-bahan lain
yang digunakan adalah buffer fosfat 12.5
mM (Lampiran 3), etanol 70%, aquades, dan
NaOCl 1%, alkohol, dan spirtus.
Alat yang digunakan adalah grinder IKA
A11, laminar air flow, tabung reaksi, tusuk
bambu steril, cawan petri, mikroskop dan
alat-alat standar laboratorium Mikrobiologi.
Metode
Populasi aktinomiset asal tanah.
Tanah dari pembibitan dan tanah
persemaian diambil dari Kebun Percobaan
Taman Muara, Bogor, Jawa Barat. Kedua
sampel tanah dikering anginkan selama 3
jam, kemudian dikeringkan dengan oven
pada suhu 800 C selama 1 jam. Pengenceran
serial sampel tanah dilakukan dengan garam
fisiologis 0.85 g/ 100 ml aquades. Tanah
bibit dan semai ditimbang sebanyak 10 g,
kemudian masing-masing dilarutkan dalam
90 ml garam fisiologis. Setelah itu sebanyak
1 ml masing-masing sampel dimasukkan ke
dalam tabung reaksi yang berisi garam
fisiologis 9 ml, tabung divorteks agar
suspensi merata. Pengenceran bertingkat
dilakukan sampai pengenceran ke-3 yaitu
10-1, 10-2, dan 10-3. Sebanyak 100 µl dari
pengenceran 1, 2, 3 disebar di atas media
HV
yang
telah
diberi
antibiotik
cyclohexamide dengan konsentrasi 50 ppm.
Inkubasi dilakukan selama 8 minggu.
Pemilihan tanaman
Varietas padi yang dipilih adalah
Ciherang, Inpago 4, Inpari 9, Inpara 2, dan
IR64. Pemilihan varietas tersebut didasarkan
pada perbedaan ekosistemnya. Ciri-ciri
masing-masing varietas padi menggunakan
buku deskripsi padi Suprihatno 2008
(Lampiran 4). Padi jenis Ciherang, IR64 dan
Inpari 9 merupakan padi yang ditanam pada
lahan irigasi; Inpago 4 merupakan padi yang
ditanam pada lahan kering subur; Inpara 2
merupakan padi yang ditanam pada lahan
pasang surut atau lebak. Tiap-tiap varietas
diisolasi aktinomiset endofitnya pada umur
0, 2, 4, 8, 12 minggu setelah tanam. Umur 0
minggu
adalah
bibit
padi
hasil
perkecambahan selama 2 minggu.
Pengambilan sampel
Tanaman yang sehat dipilih untuk
menghindari adanya fitopatogen di dalam
jaringan tanaman tersebut. Tanaman
kemudian
dicuci
bersih
untuk
menghilangkan tanah yang mengotorinya.
Bagian tanaman padi yang digunakan untuk
isolasi adalah bagian akar, batang, dan daun.
Isolasi aktinomiset endofit
Sterilisasi
permukaan
tanaman
dilakukan berdasarkan metode Coombs &
Franco (2003) yang dimodifikasi. Tanaman
dicuci
bersih,
kemudian
permukaan
disterilkan dengan cara merendam potongan
tanaman dalam larutan etanol 70% selama 1
menit, natrium hipoklorit (NaOCl) 1%
selama 5 menit, etanol 70% selama 1 menit
dan terakhir dibilas menggunakan aquades
steril sebanyak tiga kali. Fungsi perendaman
dari larutan etanol 70% adalah untuk
mematikan organisme yang berada di
permukaan jaringan tanaman, sedangkan
perendaman dalam larutan NaOCl 1%
adalah untuk meluruhkan kotoran dari lemak
dan debu. Bagian tanaman yang sudah steril
kemudian dipotong-potong menjadi tiga
bagian; yaitu akar, batang, dan daun.
Potongan
tanaman
digerus
dengan
menggunakan grinder IKA A11 kemudian
dilarutkan dengan menggunakan buffer
fosfat 12.5 mM. Ekstrak hasil penggerusan
diambil sebanyak 0.1 ml dan disebar secara
merata pada media HV agar yang sudah
mengandung cycloheximide (50 ppm) dan
nalidixid acid (20 ppm) lalu diinkubasi pada
suhu ruang selama 8 minggu. Isolasi dengan
metode tanam langsung dilakukan dengan
meletakkan bagian tanaman yang sudah
dipotong langsung di atas media HV agar
yang telah diberi antibiotik yang sama.
Potongan tanaman dan ekstrak yang disebar
pada media HV agar dilakukan triplo.
Tes efektivitas sterilisasi permukaan
Larutan aquades steril hasil rendaman
terakhir sterilisasi pemukaan diuji untuk
mengetahui ada atau tidaknya mikrob lain
yang tumbuh dari permukaan tanaman.
Sebanyak 100 µl air rendaman disebar di
atas media HV yang telah diberi antibiotik
cyclohexamide
(50
ppm)
kemudian
diinkubasi pada suhu ruang 280 C selama 4
minggu.
Uji keberadaan aktinomiset asal benih
padi
Isolasi aktinomiset asal benih padi
dilakukan dengan sterilisasi permukaan
menurut metode Coombs & Franco (2003)
yang dimodifikasi. Sebanyak 100 butir benih