pembahasan - IPB Repository

PEMBAHASAN
Keragaman Gen Leptin dan Gen Miostatin Terhadap Pengelompokkan Sapi
Aceh dan Sapi Madura
Keragaman gen leptin dikelompokkan berdasarkan haplotipe, sedangkan
keragaman gen miostatin tidak dikelompokkan berdasarkan haplotipe. Gen
miostatin mempunyai 20 haplotipe (Dunner et al. 2003). Haplotipe pertama
berada pada daerah ekson satu. Pada penelitian ini keragaman gen miostatin yang
dianalisis adalah pada ruas promotor sehingga haplotipe gen miostatin tidak dapat
terdeteksi. Gen leptin mempunyai dua haplotipe, yaitu haplotipe GCATC dan
haplotipe ATGCT. Kedua haplotipe tersebut ditemukan pada sapi madura.
Fenomena ini kemungkinan disebabkan oleh asal sapi madura dari dua moyang
yang berbeda. Penelitian ini memperkuat simpulan Nijman et al. (2003) yang
menyatakan bahwa sapi madura diperkirakan berasal dari hasil hibridisasi antara
B. indicus dengan banteng (B. javanicus).
Pengelompokan gen leptin dan gen miostatin berdasarkan analisis filogeni
menunjukkan topologi yang berbeda (Gambar 10 & Gambar 11). Perbedaan
topologi tersebut terletak pada pemisahan pengelompokan antara sapi aceh dengan
sapi madura. Gen miostatin memisahkan kelompok sapi aceh dengan kelompok
sapi madura sedangkan topologi berdasarkan gen leptin mengelompokkan sapi
aceh dan sapi madura pada satu haplotipe yang sama dan sapi madura lainnya
mempunyai haplotipe tersendiri. Keragaman genetik gen miostatin yang tertinggi
ditemukan pada sapi madura sehingga menyebabkan pengelompokan sapi madura
terpisah dari sapi aceh dan data pembanding dari GenBank. Sapi aceh mempunyai
hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan B. taurus. Hal ini dapat
diasumsikan bahwa karakter gen miostatin pada sapi aceh kemungkinan
dipengaruhi oleh garis keturunan B. taurus. Pengaruh garis keturunan B. taurus
kemungkinan terjadi ketika introduksi Inseminasi Buatan pertama sekali yang
dilakukan oleh pemerintahan Belanda untuk mengembangkan ternak unggul sapi
aceh. Semen beku yang digunakan berasal dari jantan B. taurus (Sari 2011). Sapi
madura dikelompokkan menjadi dua kelompok. Pengelompokan sapi madura pada
penelitian ini mendukung hasil penelitian Firdhausi (2010) yang melaporkan
bahwa sapi madura dapat dikelompokan menjadi dua kelompok berdasarkan DNA
mitokondria, yaitu kelompok B. indicus dan kelompok B. javanicus.
Potensi Keragaman Gen Leptin dan Gen Miostatin Sebagai Marka Genetik
Perubahan basa yang ditemukan pada gen leptin dan gen miostatin tidak
menyebabkan terjadinya perubahan asam amino. Perubahan basa pada gen
miostatin ditemukan pada ruas promotor. Nukleotida pada ruas promotor tidak
ditranskripsikan ke dalam asam amino. Ruas promotor berperan sebagai tempat
inisiasi enzim terhadap gen yang akan ditranskripsikan. Pada gen leptin perubahan
basa C→T posisi -91 nt terjadi pada posisi sebelum kodon awal (ATG). Basa
nukleotida yang diterjemahkan menjadi asam amino merupakan ruas penyandi
yang diapit oleh kodon awal (ATG) dan kodon akhir (TAA, TAG, atau TGA)
(Brown 2007). Perubahan basa pada daerah penyandi menentukan fenotipe yang
dihasilkan. Liefers et al. (2002) mengungkapkan pada daerah penyandi genotipe
AB menghasilkan produksi susu dan berat tubuh lebih tinggi dibandingkan
dengan genotipe AA. Genotipe TT menghasilkan lemak karkas lebih tinggi
dibandingkan dengan genotipe CC (Kononoff et al. 2005). Selain itu, Oprzadek et
al. (2003) melaporkan bahwa genotipe AA merupakan genotipe yang
menghasilkan berat karkas paling tinggi diantara genotipe lainnya. Bagian gen
selain daerah penyandi meskipun tidak menyandikan asam amino tetapi juga
menentukan fenotipe. Nobari et al. (2010) melaporkan bahwa perubahan basa
pada daerah intron berpengaruh terhadap berat tubuh dan produksi susu. Titik
mutasi pada gen miostatin meskipun tidak menyebabkan fenomena otot ganda
tetapi juga berpengaruh terhadap deposisi lemak intramuskular. Genotipe mutan
pada gen miostatin menghasilkan lemak intramuskular lebih tinggi dibandingkan
dengan genotipe liar. Karkas dari genotipe heterozigot menghasilkan lemak
intramuskular lebih sedikit daripada karkas genotipe homozigot (Allais et al.
2010).
Keragaman gen leptin tidak hanya berpotensi sebagai marka genetik untuk
Marker-Assisted Selection (MAS) tetapi gen leptin juga berperan sebagai marka
genetik untuk mendeteksi material babi di dalam produk yang halal. Farouk et al.
(2006) menemukan fragmen gen leptin babi sepanjang 152 pb di dalam satu
sampel nugget ayam dan dua sampel choklat. Gen leptin merupakan gen yang
terlibat di dalam pengaturan lemak tubuh. Setiap species mempunyai lemak tubuh
yang berbeda. Lemak babi mempunyai trigliserida lebih tinggi dibandingkan
dengan lemak hewan lainnya.