Keragaman Genetik Kambing Lokal Berdasarkan

1
PENDAHULUAN
Kambing, Capra hircus, merupakan
anggota kelas Mamalia, ordo Artiodaktila, sub
ordo Ruminansia dan famili Bovidae
(Devendra & McLeroy 1982). Kambing
banyak digunakan sebagai hewan ternak
penghasil daging, susu, dan serat (Ensminger
2002). Di Indonesia, memelihara ternak
kambing masih tergolong sebagai usaha
sampingan (small entrepreneurship) oleh
petani penggarap lahan, yang biasanya
memelihara kambing sebanyak 2-10 ekor
(Devandra & Burns 1994).
Kambing sebagai hewan ternak pertama
kali dimasukkan ke Jawa pada tahun 1700-an
oleh Pemerintahan Hindia Belanda, yang
kemudian menyebar ke berbagai wilayah di
Indonesia. Di setiap wilayah, kemudian ternak
kambing berkembang membentuk kambingkambing lokal Indonesia yang dicirikan
dengan karakter teradaptasi ke kondisi
kelokalannya. Karakter lokal yang umum
ditemukan di seluruh wilayah Indonesia
adalah menurunnya laju pertumbuhan dan
ukuran tubuh, bersifat prolifik (kemampuan
beranak lebih dari satu ekor), dan lebih tahan
terhadap parasit dan iklim tropis. Sebagai
hewan ternak, salah satu campur tangan
peternak yang menonjol adalah membantu
proses perkawinan untuk memperoleh ternakternak yang lebih baik. Biasanya peternak
menyukai ternak jantan unggul untuk
dikawinkan dengan induk betina yang
dipunyainya secara turun-menurun di suatu
wilayah. Perkawinan berbantuan manusia
tersebut akan meningkatkan keragaman ternak
kambing, baik antar wilayah maupun di dalam
suatu wilayah. Untuk mengungkapkan hal
tersebut, dilakukan analisis keragaman ternak
kambing yang ada di beberapa wilayah di
Indonesia berdasarkan genom mitokondria.
Genom mitokondria (mtDNA) vertebrata
merupakan molekul DNA yang berbentuk
sirkular, dengan ukuran 15-20 ribu pasang
basa. Genom mitokondria ini berisi 22 gen
yang menyandikan tRNA, 2 gen menyandikan
rRNA, 13 gen menyandikan protein, dan
sebuah ruas yang disebut Daerah Pengendali
(control region atau d-loop) sebagai tempat
dimulainya replikasi dan transkripsi (Avise
1994). Variasi panjang mtDNA pada
vertebrata lebih disebabkan oleh duplikasi gen
daripada adanya tambahan gen. Genom
mitokondria memperlihatkan pewarisan sifat
genetik melalui garis maternal, artinya
mtDNA hanya diwariskan dari induk betina.
Selain itu, mtDNA tidak mengalami
rekombinasi
dan
banyak
dilaporkan
mempunyai laju mutasi yang cepat (MacHugh
& Bradley 2001). Atas dasar ini, mtDNA
menjadi populer sebagai penanda molekuler
keragaman genetik pada berbagai hewan.
Keragaman genetik mtDNA dapat
diketahui dengan cara mengamplifikasi
mtDNA pada sekuen tertentu secara in vitro.
Metode ini dikenal sebagai Polymerase Chain
Reaction (PCR). Keragaman mtDNA dapat
diketahui dengan memotong hasil amplifikasi
PCR menggunakan enzim restriksi, yang
dikenal dengan metode Polymerase Chain
Reaction-Restriction
Fragment
Length
Polymorphism (PCR-RFLP). Variasi panjang
hasil
pemotongan
ini
yang
akan
memperlihatkan keragaman mtDNA akibat
perbedaan-perbedaan situs enzim restriksi
yang digunakan. Selain itu, keragaman
mtDNA dapat diketahui dengan metode
sekuensing, suatu metode untuk mengetahui
runutan nukleotida, yang dilanjutkan dengan
analisis penyejajaran (alignment) antar
sampel.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui
keragaman kambing lokal berdasarkan Daerah
Pengendali mtDNA.
METODE
Bahan
Sampel darah kambing, berupa buffy coat,
yang digunakan pada penelitian ini merupakan
koleksi beku Dr. Bess Tiesnamurti,
Puslitbangnak Bogor. Sampel tersebut berasal
dari Sumatera Utara (22 sampel), Muara-kab.
Tapanuli Utara (30), Samosir (31), MaricaSulawesi Selatan (30), dan Gembrong-Bali
(13).
Metode
Ekstraksi dan isolasi DNA. Ekstraksi
DNA dilakukan menggunakan kit ekstraksi
DNA (Real Genomics™ Genomic DNA
Extraction Kit – Real Biotech Corporation),
dengan prosedur sesuai dengan petunjuk
produsen untuk buffy coat.
Amplifikasi Daerah Pengendali. Ruas
Daerah Pengendali pada DNA mitokondria
diamplifikasi
menggunakan
mesin
Thermocycler (TaKaRa PCR Thermal Cycler
MP4 – TaKaRa Biomedicals). Amplifikasi
ruas ini menggunakan pasangan primer AF22
(5’-GCG TAC GCA ATC TTA CGA TCA3’) dan AF24 (3’-TCA TCT AGG CAT TTT
CAG TG-5’), yang meliputi ruas Daerah
Pengendali mulai dari bagian akhir gen Cyt b