ABSTRAK YAYU SITI NURHASANAH. Karakterisasi Cendawan Botryodiplodia theobromae dan Rhizoctonia solani dari Berbagai Tanaman Inang Berdasarkan Morfologi dan Pola RAPD-PCR. Dibimbing oleh KIKIN HAMZAH MUTAQIN dan SURYO WIYONO. Cendawan Botryodiplodia theobromae (Pat.) dan Rhizoctonia solani (Kuhn.) masing-masing memiliki kisaran inang yang luas dan gejala yang beragam bergantung inangnya. Morfologi cendawan tersebut dari inang yang berbeda nampak serupa, namun ada kemungkinan bahwa dapat berbeda apabila dianalisis lebih dalam lagi karakteristiknya secara morfologi maupun molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi cendawan B. theobromae dan R. solani dari berbagai tanaman inang berdasarkan morfologi dan pola DNA cendawan dengan teknik RAPD. Berdasarkan pengamatan karakter masingmasing isolat B. theobromae berasal dari lima tanaman inang yaitu, jeruk, kakao, karet, manggis, dan pisang serta R. solani berasal dari lima tanaman inang yaitu, jagung, nanas, padi, sorghum, dan ubi jalar, kedua cendawan tersebut menunjukkan keragaman morfologi. Ukuran konidia B. theobromae asal jeruk, kakao, karet dan pisang menunjukkan perbedaan yang nyata. Konidia isolat B. theobromae asal manggis tidak terbentuk baik pada media Water Agar (WA) yang diberi jerami maupun pada Potato Dextrose Agar (PDA), hal ini menunjukkan bahwa pembentukan konidia yang optimum membutuhkan kondisi lingkungan tertentu. Hasil analisis menggunakan teknik Random amplified polymorphic-Polymerase chain reaction (RAPD-PCR) terhadap B. theobromae asal jeruk, karet, kakao, manggis, dan pisang menggunakan primer OPD 06 dan OPN 07 menghasilkan pola pita DNA yang berbeda baik dari jumlah maupun ukuran fragmen DNA. Demikian juga hasil analisis RAPD-PCR terhadap isolat R. solani asal jagung, nanas, padi, sorghum, dan ubi jalar menggunakan primer OPD 06 dan OPN 07 menghasilkan pola pita DNA yang berbeda. Hasil tersebut menunjukkan bahwa antar isolat B. theobromae maupun R. solani yang berasal dari masing-masing inangnya yang berbeda menunjukkan perbedaan genetik yang nyata. Kata kunci: Botryodiplodia theobromae, Rhizoctonia solani, karakter morfologi, RAPD-PCR.