Isolasi dan kloning gen p5cs

ABSTRAK
YOSHITA KHURUN AIN. Isolasi dan Kloning Gen P5CS (pirolin-5-karboksilat
sintetase) dari Tanaman Karet. Dibimbing oleh LAKSMI AMBARSARI dan
TETTY CHAIDAMSARI.
Karet (Hevea brasiliensis) merupakan salah satu tanaman perkebunan yang
memegang peranan penting bagi Indonesia. Teknik molekuler dengan
memanfaatkan gen P5CS sebagai penanda molekuler merupakan metode seleksi
yang tepat dan akurat untuk menghasilkan klon karet yang sesuai dibudidayakan
di lahan marjinal. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengklon gen P5CS,
yang merupakan salah satu gen penanda sifat resisten kekeringan. Tahapan
penelitian yang dilaksanakan yaitu isolasi DNA genom tanaman karet, isolasi gen
P5CS dari tanaman karet dengan primer P5CS CS forward-P5CS CS reverse dan
P5CS start-P5CS stop, kloning ke dalam plasmid pGEM-T easy, isolasi DNA
plasmid, sekuensing, dan analisis hasil sekuensing. Isolasi DNA genom dari daun
tanaman karet berhasil dilakukan. Isolasi gen P5CS tanaman karet dengan primer
P5CS CS forward-P5CS CS reverse belum berhasil dilakukan, sedangkan isolasi
gen dengan primer P5CS start-P5CS stop berhasil dilakukan dengan
menghasilkan amplikon berukuran 2250 pb. Konfirmasi hasil kloning gen P5CS
melalui teknik PCR dengan primer M13 forward-M13 reverse menghasilkan
DNA berukuran 2450 pb. Isolasi DNA plasmid menghasilkan DNA berukuran
5450 pb. Analisis hasil sekuensing dengan BLASTX menunjukkan bahwa
amplikon yang telah diisolasi dan dikloning bukan gen P5CS, namun masih
mempunyai homologi yang tinggi (68%) dengan gen penanda kekeringan.
ii
ABSTRACT
YOSHITA KHURUN AIN. Isolation and Cloning of P5CS (pyrrolin-5carboxylate synthetase) Gene from Rubber Plant. Under direction of LAKSMI
AMBARSARI and TETTY CHAIDAMSARI.
Rubber plant (Hevea brasiliensis) is one of the plantations that has
important role in Indonesia. Molecular technique by using P5CS gene as
molecular marker is selection method that faster and more accurate for producing
rubber plant that compatible for marginal land. The aim of this research is to
isolate and clone P5CS gene as a marker gene of drought resistant. Steps of this
research are isolation of rubber plant DNA genome, isolation of P5CS gene from
rubber plant by P5CS CS forward-P5CS CS reverse and P5CS start-P5CS stop
primers, cloning into pGEM-T easy plasmid, isolation of plasmid DNA,
sequencing, and analyzing DNA sequence. Isolation of rubber plant DNA genome
is successfully proceed. Isolation of P5CS gene by using P5CS CS forward-P5CS
CS reverse primer is not been successfully proceed, while isolation gene by using
P5CS start-P5CS stop primer produce amplicon that has 2250 bp length. The
confirmation of P5CS gene cloning by PCR technique using M13 forward-M13
reverse primer produce DNA that has 2450 bp length. The length of plasmid DNA
that has been isolated is 5450 bp. The result of DNA sequence analysis by
BLASTX shows that amplicon which has been isolated is not P5CS gene, but it
has high homology (68%) with drought resistant gene.
iii