v RINGKASAN MUHAMMAD FUADI. Deteksi

RINGKASAN
MUHAMMAD FUADI. Deteksi kemampuan Artemia dan kutu air dalam uptake
bakteri mengandung DNA asing menggunakan PCR. Dibimbing oleh
ALIMUDDIN dan DINAR TRI SOELISTYOWATI.
Peningkatan daya tahan ikan terhadap infeksi penyakit dapat dilakukan
melalui pemberian vaksin DNA. Pemberian vaksin umumnya menggunakan
metode injeksi. Namun demikian, metode injeksi memiliki beberapa keterbatasan
dan tidak efisien karena memerlukan cukup banyak waktu. Oleh karena itu,
diperlukan suatu metode alternatif yang dapat diaplikasikan secara massal seperti
melalui pakan alami. Artemia dan kutu air (Daphnia dan Moina) merupakan jenis
pakan alami yang sering digunakan sebagai pakan benih ikan. Penelitian ini
dilakukan untuk menentukan kemampuan Artemia dan kutu air dalam uptake
bakteri yang mengandung DNA asing menggunakan PCR. Informasi yang
diperoleh berguna dalam aplikasi vaksin DNA melalui pakan alami.
Artemia dan kutu air diberi bakteri mengandung DNA asing berupa
konstruksi gen pKrt-GFP sebagai model untuk vaksin DNA. Kepadatan bakteri
dalam media kultur pakan alami adalah 1,2 x 108 cfu/ml. Setiap 30 menit selama
3 jam, sebanyak 100 ekor Artemia diambil untuk isolasi DNA, sedangkan untuk
kutu air 30 ekor diambil setiap 2 jam sekali selama 10 jam. DNA genom Artemia
dan kutu air diisolasi menggunakan kit Puregene Minneapolis, USA. Konsentrasi
dan tingkat kemurnian DNA hasil isolasi dianalisis menggunakan DNA calculator
(GenQuant) dan elektroforesis dengan gel agarosa. Kemampuan Artemia dan kutu
air dalam uptake bakteri dianalisis menggunakan metode PCR dengan
menghitung jumlah copy DNA asing. PCR dilakukan menggunakan primer GFPF (5’-GGTCGAGCTGGACGG-3’) dan GFP-R (5’-ACGAACTCCAGCAGG-3’).
Sebagai kontrol internal loading DNA, PCR juga dilakukan menggunakan primer
β-aktin. Produk PCR dielektroforesis dan divisualisasi menggunakan etidium
bromida dan disinari ultraviolet. Ketebalan pita DNA diukur menggunakan
software UN-SCAN-IT gel 6.0 untuk mengetahui jumlah copy DNA asing yang
berhasil di-uptake oleh Artemia dan kutu air.
Hasil pengukuran rasio absorbansi DNA pada panjang gelombang λ260 dan
280
λ untuk DNA Artemia adalah 1,778-1,949, sedangkan untuk kutu air 1,7221,925. Hasil ini menunjukkan bahwa kualitas DNA genom hasil isolasi adalah
tinggi; bebas dari kontaminan, sehingga layak digunakan dalam proses amplifikasi
PCR. Hal ini juga didukung dengan munculnya pita DNA produk PCR
menggunakan primer β-aktin sebagai kontrol internal. Pada bobot basah yang
sama, jumlah Artemia adalah 15.000 naupli, sedangkan kutu air adalah 5.450
ekor. Dengan menggunakan DNA hasil isolasi dari 100 naupli Artemia dan 30
ekor kutu air, terlihat bahwa pita GFP produk PCR pada Artemia muncul di setiap
perlakuan dengan copy DNA tertinggi (2,37 x 1012) saat 1,5 jam setelah
perendaman, sedangkan pada kutu air hanya muncul pada 6 jam setelah perlakuan
dengan jumlah 0,02 x 1012 copy DNA. Dengan demikian dapat disimpulkan
bahwa kemampuan Artemia dalam uptake bakteri lebih tinggi daripada kutu air.
v