Identifikasi keragaman gen β-kasein (CSN2) pada

RINGKASAN
Ferdy Saputra. D14070024. 2011. Identifikasi Keragaman Gen β-Kasein (CSN2)
pada Kambing Peranakan Etawah, Saanen dan Persilangannya dengan Metode
PCR-SSCP. Skripsi. Departemen Ilmu Produksi dan Teknologi Peternakan,
Fakultas Peternakan, Institut Pertanian Bogor.
Pembimbing Utama : Ir. Sri Darwati, M.Si
Pembimbing Anggota : Prof. Dr. Ir. Cece Sumantri, M.Agr.Sc
Gen β-kasein secara langsung berkaitan dengan kualitas dan sifat susu.
Keragaman gen β-kasein pada kambing perah di Indonesia telah berhasil
diidentifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction-Single Strand
Conformation Polymorphism (PCR-SSCP). Metode PCR-SSCP merupakan metode
yang sensitif dalam mendeteksi adanya keragaman DNA. Metode ini merupakan
pemisahan asam nukleat rantai tunggal (single stranded nucleic acids) hasil
amplifikasi PCR dengan elektroforesis melalui gel poliakrilamid dan berdasarkan
pada perbedaan berat molekul pasangan basa, sehingga dapat menghasilkan
perbedaan struktur sekunder gen.
Berdasarkan pola migrasi, kambing PE di lokasi Ciapus ditemukan tiga
genotipe, yaitu CC, AA dan CA. Kambing PE di lokasi Cariu dan Elang 45
ditemukan empat genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO. Kambing Saanen di lokasi
Cijeruk ditemukan lima genotipe, yaitu CC, AA, OO, CA dan AO. Kambing Saanen
di lokasi Cariu dan Taurus ditemukan empat genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO.
Kambing PESA di lokasi Cariu ditemukan empat genotipe, yaitu AA, OO, CA dan
AO. Kambing PESA di lokasi Balitnak hanya ditemukan dua genotipe, yaitu CC dan
CA.
Pada kambing PE ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel C sebesar 0,66
dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,00 keduanya di lokasi Ciapus.
Kambing Saanen ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel A sebesar 0,66 di
populasi Cijeruk dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,12 di populasi
Taurus. Kambing PESA ditemukan frekuensi alel tertinggi pada alel C sebesar 0,83
dan frekuensi alel terendah pada alel O sebesar 0,00 keduanya di lokasi Balitnak.
Keragaman gen β-kasein pada Kambing PE, Saanen dan persilangannya
sangat tinggi dengan ditemukannya tiga alel, yaitu C, A dan O. Pada Kambing PE di
Cariu dan Elang 45 ditemukan tiga genotipe, yaitu CC, AA, CA dan AO. Kambing
Saanen di Cijeruk dan Kambing PESA di Cariu ditemukan lima genotipe, yaitu CC,
AA, OO, CA dan AO. Alel A merupakan alel yang frekuensinya tinggi pada
kambing PE, Saanen dan PESA yang berada di hampir semua lokasi dalam penelitian
ini kecuali pada kambing PE di Ciapus dan kambing PESA di Balitnak.
Kata-kata kunci: Gen β-kasein (CSN2), Kambing Perah, PCR-SSCP
ABSTRACT
Identification of β-Kasein Gene in Local Dairy Goat Using SSCP-PCR Method
Saputra, F., S. Darwati and C. Sumantri
Casein genetic polymorphisms are important and well known due to their effects on
quantitative traits and properties of milk. β-kasein gene is directly related to the
quality and properties of milk. A protocol for the rapid and simultaneous genotyping
of β-kasein alleles was conducted by single strand conformational polymorphism
polymerase chain reaction (SSCP-PCR) method in goat. Screening β-kasein gene
variability in 3 dairy goat breeds was conducted for Etawah Grade (77 samples),
Saanen (67 samples) and PESA (Crossbreed Etawah Grade with Saanen) (29
samples) in Bogor and Sukabumi. The objective of this research was to identify
polymorphism of the β-kasein (CSN2) gene in dairy goat. This research found three
alleles of the β-casein gene, ie CSN2*A, CSN2*C, dan CSN2*O. In most breeds,
CSN2*O occurred in the lowest frequency. The identification of the CSN2 gene
variability in the goat breeds indicated the highly of the A allele. The CSN2*A allele
had a high frequency in Saanen in Cijeruk (0,66); Etawah Grade in Cariu (0,62); and
PESA in Cariu (0,54). While the CSN2*C allele had a high frequency in PESA in
Balitnak (0,83); Etawah Grade in Ciapus (0,48); and Saanen in Taurus (0.38). Based
on the results of chi-square analysis, found that Saanen in Cariu and Taurus were not
in Hardy-Weinberg equilibrium.
Keyword: dairy goat, β-kasein gene (CSN2), SSCP-PCR