Agarosa adalah polisakarida turunan dari rumput laut yang
advertisement
Agarosa adalah polisakarida turunan dari rumput laut yang membentuk gel padat ketika dilarutkan dalam larutan pada konsentrasi antara 0,5 – 2 % (w/v). Agarosa yang digunakan untuk elektroforesis lebih murni daripada agarosa yang digunakan untuk kultur bakteri. Ketika medan listrik diberikan pada gel agarosa dalam larutan buffer yang akan menghantarkan listrik, fragmen DNA bergerak melalui gel ke arah elektroda positif pada kecepatan yang tergantung dari ukuran dan bentuknya (DNA sangat bermuatan negatif). Fragmen linier yang kecil bergerak lebih cepat dari yang besar. Hal ini terjadi akibat fragmen linier yang lebih besar akan lebih dihambat oleh seratserat yang menyusun gel. Hasilnya, proses elektroforesis dapat memisahkan fragmenfragmen DNA berdasarkan ukurannya masing-masing. Sampel DNA ditempatkan dalam sumur di permukaan gel, power supply dinyalakan dan DNA dapat bermigrasi melalui gel dalam alur yang terpisah. Pewarna yang ditambahkan juga ikut bermigrasi dan digunakan untuk mengamati proses elektroforesis. DNA ditandai oleh etidium bromida yang dimasukkan dalam gel. DNA tampak sebagai pita oranye akibat penyinaran sinar UV. DNA plasmid yang belum terurai bergerak pada gel agarosa umumnya terdiri dari dua pita. Pita yang di bagian bawah , yang lebih mobil, terdiri dari plasmid DNA yang membentuk superkoil negatif. Larik ini memiliki mobilitas tinggi karena konformasi DNA-nya kompak. Larik yang di bagian atas merupakan lingkaran terbuka atau DNA yang terpotong yang berasal dari rantai DNA superkoil yang terputus. DNA merupakan salah satu jenis asam nukleat yang fungsinya adalah sebagai materi genetik pembawa sifat pada organisme. DNA inilah yang merupakan cetakan dari seluruh jenis protein yang dihasilkan oleh organisme, jadi di tempat inilah awal terjadinya sintesis protein. Protein ini merupakan komponen yang terpenting dari bahan kehidupan. Mulai dari struktur hingga fungsi kehidupan dibangun dari makromolekul ini. Struktur primer DNA merupakan suatu polimerisasi dari nukleotidanukleotida. Nukleotida ini merupakan gabungan dari berbagai molekul yaitu yang pertama gula deoksiribosa yang merupakan cincin gula pentosa dimana gugus hidroksil pada posisi 2’ digantikan dengan hidrogen. Molekul selanjutnya yaitu basa cincin aromatik heterosiklik yang mengandung C dan N. Ada dua macam basa, yaitu purin yang memiliki struktur bisiklik serta pirimidin yang memiliki stuktur monosiklik. Basa purin terdiri dari dua jenis yaitu adenin(A) dan guanin(G), sedangkan basa pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu sitosin(S) dan timin(T). Gula deoksiribosa terikat pada posisi karbon no. 1 pada pirimidin dan karbon no. 9 pada purin basa dan basa ini terikat pada posisi karbon no.1’ pada gula deoksiribosa. Selanjutnya molekul yang terkandung dalam DNA adalah fosfat. Fosfat ini terikat pada posisi karbon 5’ dari gula deoksiribosa. Polimerisasi nukleotida ini merupakan ikatan fosfodiester yaitu ikatan kovalen gugus fosfat antara 5’-hidroksil dari suatu gula deoksiribosa dengan 3’-hidroksil dari gula deoksiribosa selanjutnya. Karena sifat fosfat yang bermuatan negatif, maka DNA ini merupakan anion dari asam kuat. Struktur sekunder DNA merupakan gabungan dari dua untai rantai DNA yang terpisah yang membentuk heliks ganda yang searah tangan kanan. Rantai utama, yaitu gula-fosfat bermuatan negatif terletak di bagian luar dari struktur heliks ganda ini sedangkan basa dari masing-masing rantai membentuk ikatan hidrogen satu sama lain. Pasangan basa yang bentuk ikatan tidak sama panjang dan letaknya menyebabkan terjadinya struktur ini. Pada DNA, basa guanin hanya berpasangan dengan sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan basa arginin hanya berpasangan dengan timin membentuk dua ikatan hidrogen sehingga setiap rantai mengambarkan rantai pasangannya secara spesifik. Satu keliling heliks terdiri dari 10 pasang basa. DNA plasmid merupakan rantai DNA ekstra kromosom pada bakteri. Struktur molekul ini heliks ganda sirkular dan berukuran kecil (2-200 kb). Plasmid ini tersedia beberapa kopi dalam bakteri dan mempunyai kemampuan unutk bereplikasi secara mandiri. Biasanya plasmid membawa beberapa gen, salah satunya mengekspresikan resistansi terhadap zat tertentu, misalnya ampisilin dan tetrasiklin yang merupakan antibiotik.