KARAKTERISASI BAKTERI YANG BERASOSIASI

10
Beberapa karakteristik morfologi dan
fisiologi pada SAB E-35 sama dengan
Providencia vermicola. Keduanya merupakan
bakteri Gram negatif berbentuk basil. Namun
terdapat beberapa perbedaan fisiologi yang
ditemukan diantara keduanya antara lain pada
reaksi oksidase, sitrat, sukrosa, adonitol dan
sorbitol dan salicin bila dibandingkan dengan
spesies P. vermicola yang didefinisikan
Somvanshi et al. (2006). Perbedaan yang lain
yaitu P. vermicola diisolasi dari nematode
entomopatogen Steinernema thermophilum
fase juvenil yang bisa menginfeksi jaringan
hidup. Perbedaan tersebut mengindikasi
bahwa spesies SAB E-35 kemungkinan adalah
spesies yang berbeda dari P. vermicola.
Meskipun hasil uji fisiologis menunjukkan
banyak perbedaan dengan P. vermicola,
namun hasil identifikasi genetik dengan
menggunakan gen 16S rDNA menunjukkan
homologi yang besar mencapai 99% dengan
beberapa strain dari genus Providencia (Tabel
5). Selain itu penampakan morfologi
menunjukkan ciri yang sama dengan genus
Providencia yang lain yaitu selnya basil dan
Gram negatif (Somvanshi et al. 2006).
Providencia merupakan anggota Enterobacteriaceae yang spesiesnya dikenal sebagai
patogen (O’Hara et al. 2000). Namun, apabila
dilihat dari ciri-ciri fisiologis, SAB E-35
kembali ditemukan beberapa perbedaan
dengan genus Providencia secara umum.
Menurut O’Hara et al. (2000), ciri umun
reaksi biokimia pada genus Providencia
antara lain positif pada reaksi penggunaan
sitrat dan fermentasi manosa, negatif pada
reaksi pencairan gelatin (22 ºC), produksi
H2S, serta dekarboksilasi lisin dan ornitin.
Sedangkan hasil uji fisiologis isolat SAB E-35
menunjukkan reaksi negatif pada reaksi sitrat,
positif pada reaksi gelatin dan ornitin. Oleh
karena itu, perlu identifikasi lebih lanjut untuk
menentukan identitas isolat SAB E-35.
Selain diidentifiksi sekuen gen 16S rDNA
dan uji fisiologis, analisis pohon filogenetik
juga telah dilakukan. Konstruksi pohon
filogenetik dilakukan dengan membandingkan
sekuen gen 16S rDNA isolate SAB E-35
dengan reference strain dari bakteri-bakteri
laut yang telah diketahui menghasilkan
senyawa bioaktif (Gambar 6). Reference
strain
yang
digunakan
antara
lain
Pseudoaltermonas tunicata (Rao et al. 2005),
Pseudomonas phenolica (Isnansetyo & Kamei
2003), Marinomonas mediterranea (LucasElío 2006), Spingomonas mollusco-rum
(Romanenko et al. 2007), Hallobacillus
salinus (Teasdale et al. 2009), Bacillus
licheniformis (Yan et al. 2003), Amycolatopsis mediterranei (Kim et al. 2006), serta
Streptomyces (Sunaryanto et al. 2010). Dari
semua reference strain yang dianalisis,
terlihat bahwa SAB E-35 mempunyai
kekerabatan paling dekat dengan kelompok
Pseudoalteromonas
dan
Marinomonas
mediterranea. Ada dua spesies Pseudoalteromonas yang digunakan sebagai reference
strain yaitu P. tunicata dan P. phenolica. P.
tunicata adalah bakteri Gammaproteobakteria
gram negatif berpigmen hijau yang
membentuk
koloni
pada
permukaan
organisme laut salah satunya Ulva lactuca,
memproduksi senyawa antibakteri yang
efektif terhadap gram positif dan gram negatif
(Rao et al. 2005). P. phenolica juga
menghasilkan antibiotik bakterisidal terhadap
methicilin-resistant Staphylococcus aureus
(MRSA) (Isnansetyo & Kamei 2003).
Sedangkan
Marinomonas
mediterranea
menghasilkan senyawa bioaktif marinocin,
suatu protein antibakteri yang disintesis oleh
bakteri laut melanogenik. Senyawa antibiotik
ini aktif menghambat pada kondisi aerobik
maupun anaerobik (Lucas-Elio et al. 2006).
SIMPULAN
Isolat SAB E-35 merupakan bakteri
penghasil senyawa antimikrob berspektrum
luas. Hasil penapisan isolat dan ekstrak kasar
isolat SAB E-35 menunjukkan aktivitas
antimikrob terhadap E. coli, B. subtilis, EPEC,
S. aureus, P. aureus, C. albicans dan C.
tropicalis. Isolat ini hanya membutuhkan
konsentrasi kecil (6.25%) dari senyawa
antimikrob
yang
dihasilkannya
untuk
menghambat beberapa mikrob. Isolat ini juga
terdeteksi mempunyai gen PKS dan NRPS.
Hasil analisis genetik berdasarkan gen
pengkode 16S rRNA menunjukkan bahwa
isolat tersebut mempunyai homologi paling
tinggi dengan Providencia vermicola.
DAFTAR PUSTAKA
Abubakar H. 2009. Bakteri yang berasosiasi
dengan spons Jaspis sp.: Analisis
penghasil senyawa antimikrob dan
keragaman genetiknya. [tesis]. Bogor:
Program Pascasarjana, Institut Pertanian
Bogor.
Ansari MZ, Yadav G, Gokhale RS, Mohanty
D. 2004. NRPS-PKS: a knowledge-based
resource for analysis of NRPS/PKS