iv. simpulan dan saran

IV.
SIMPULAN DAN SARAN
A. Simpulan
Metode pendidihan dan metode kit komersial yang dimodifikasi dapat digunakan untuk
mengisolasi/mengekstraksi DNA Salmonella Typhimurium dan Shigella sonnei baik berupa kultur
murni maupun yang berada di dalam sampel susu UHT. Selain itu, isolat/template DNA yang
dihasilkan dengan metode pendidihan tersebut dapat digunakan untuk menentukan konsentrasi primer
yang tepat dalam pengujian yaitu sebesar 0,125 µM dan juga dapat digunakan untuk menentukan
spesifisitas primer InvA yang digunakan sehingga terbukti bahwa primer tersebut spesifik untuk
Salmonella Typhimurium, namun isolat/template DNA yang dihasilkan dengan metode pendidihan
tidak semurni isolat/template DNA yang dihasilkan dengan metode kit komersial, oleh karena itu
metode pendidihan tidak dapat menghasilkan kurva standar yang memiliki nilai efisiensi yang baik
dibandingkan dengan kit komersial.
Isolat/template DNA metode pendidihan menghasilkan kurva standar yang memiliki nilai
efisiensi sebesar 386,8% dan R2 sebesar 0,824 yang berarti bahwa metode pendidihan tidak dapat
mengkuantifikasi Salmonella Typhimurium di dalam sampel susu UHT. Sedangkan isolat DNA yang
dihasilkan dengan metode kit komersial menghasilkan kurva standar yang memiliki persamaan garis
y = 40,564 - 3,322x dengan nilai efisiensi sebesar 100% dan R2 sebesar 0,972 sehingga dapat
digunakan untuk pengkuantifikasian Salmonella Typhimurium pada susu. Konsentrasi Salmonella
Typhimurium yang dihasilkan pada sampel susu UHT spike dengan real-time PCR
(105 cetakan DNA/ml) tidak sesuai dengan pengkuantifikasian menggunakan metode konvensional
(104 CFU/ml), namun sesuai dengan pengkuantifikasian secara mikroskopis dengan petroff-hausser
(105 sel/ml). Hal tersebut dikarenakan sel mati dapat terkuantifikasi dengan metode real-time PCR dan
petroff-hausser sedangkan dengan metode konvensional sel mati tersebut tidak dapat terkuantifikasi.
B. Saran
1.
2.
3.
Dilakukan pengulangan penentuan konsentrasi primer, penentuan spesifisitas primer, dan
pengkuantifikasian Salmonella Typhimurium pada susu UHT setidaknya masing-masing dua
kali pengulangan pada setiap tahap pengujian agar didapat data yang lebih valid ketika masuk
ke tahap selanjutnya.
Dilakukan modifikasi untuk isolasi DNA dengan metode pendidihan agar menghasilkan
isolat/template DNA yang lebih murni bebas dari pengotor/inhibitor seperti penghilangan
kalsium dengan penambahan chelex-100, penghilangan protein dan lemak dengan
pengoptimasian penggunaan enzim proteinase K dan lipase sehingga dapat mengurangi biaya
pengujian jika dibandingkan dengan menggunakan kit komersial.
Dilakukan modifikasi pada tahap isolasi/ekstraksi DNA seperti dengan penambahan DNAse
baik itu terhadap metode kit komersial maupun terhadap metode pendidihan agar sel/mikroba
yang mati tidak dapat terkuantifikasi ketika pengujian dengan real-time PCR.
38