I. PENDAHULUAN Daerah Aliran Sungai (DAS) merupakan suatu kawasan atau sistem sungai dimana semua aliran (sedimen dan unsur hara) dari kawasan tersebut dikeluarkan melalui satu outlet. DAS bukan hanya sebagai kawasan bentang alam dengan batas topografi dan kesatuan hidrologi, namun merupakan satu kesatuan ekosistem (Linsley et.al., (1980) dalam Purnama (2010). Purnama (2010) menyatakan, bahwa DAS Serayu merupakan DAS terluas di Provinsi Jawa Tengah, yang mana DAS ini hampir meliputi sebagian wilayah selatan bagian Provinsi Jawa tengah. Temanggung, Wonosobo, Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas dan Cilacap merupakan beberapa kabupaten yang berada dalam aliran DAS ini. DAS Serayu merupakan kawasan terpenting di Karesidenan Banyumas. Hewan, tumbuhan, dan manusia sangat bergantung hidupnya pada keberadaannya. Sulistyo dan Setijanto (2002), Rukayah et al. (2003), juga melaporkan, sungai Serayu dan Klawing merupakan habitat bagi genus Mystus. Di DAS Serayu ditemukan berbagai spesies ikan, salah satunya adalah Mystus gulio. Spesies ini hidup di muara sungai, sungai pasang surut, danau, air tawar, dan sering memasuki laut (Talwar dan Jhingran 1991). Ikan ini tergolong ikan demersal dan memakan segala jenis makanan (omnivora) dengan makan utamanya udangudang kecil. Ikan lundu termasuk euryhaline hidup dikisaran salinitas 3 – 30 % (Nuraeni, 1995). Spesies M. gulio merupakan ikan konsumsi yang murah karena dapat didapatkan dari penangkapan liar. Spesies M.gulio ditemukan di DAS Serayu dengan penyebaran di Sundaland mencakup Malaya (Semenanjung Malaysia dan juga bagian selatan Thailand yaitu Tanah Genting Kra), Sumatera, Borneo, dan Jawa. India, Indochina meliputi Thailand, Vietnam, Kamboja, dan Laos (termasuk daerah aliran sungai Mekong dan bio.unsoed.ac.id Chao Phraya) (Kottelat et al., 1993). Penangkapan spesies M. gulio hingga saat ini masih bergantung dari tangkapan alam. Tidak adanya upaya perlindungan dan penangkapan yang dilakukan terus menerus dapat menyebabkan keberadaan ikan ini sulit ditemukan, maka harus dilakukan upaya konservasi genetik populasi maupun jenis. Salah satunya dengan mengetahui keragaman genetik spesies ini. Studi keragaman genetika dilakukan untuk mengetahui variasi genetika pada tingkat individu maupun populasi. Studi variasi genetik dapat dilakukan melalui pendekatan molekuler berupa DNA. Marka DNA yang lazim digunakan untuk menganalisis variasi genetik adalah marka RAPD. Penentuan variasi genetik ikan menggunakan marka RAPD pada prinsipnya didasarkan atas perbedaan amplifikasi PCR pada sampel DNA menggunakan sekuens DNA oligonukleotida pendek, yang secara genetik merupakan kelompok marka dominan (Williams et al., 1990; Welsh dan McClelland, 1990). Primer RAPD bersifat acak dengan ukuran panjang sekitar 10 nukleotida. Jumlah produk amplifikasi PCR berhubungan langsung dengan jumlah dan orientasi sekuens yang komplementer terhadap primer di dalam genom organisme (Azrai, 2005). Marka RAPD bersifat lebih sederhana bila dibandingkan dengan marka lainnya seperti Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Random Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), Simple Sequence Repeats (SSRs) maupun protein (isozyme dan allozyme) (Yunita dan Partomihardjo, 2011). Kelebihan lain menggunakan marka RAPD kualitas DNA yang dibutuhkan sedikit, hemat biaya, mudah dipelajari, dan primer yang diperlukan sudah banyak dikomersilkan sehingga mudah diperoleh (Azrai, 2005). Selain memiliki marka RAPD mempunyai kekurangan yaitu tingkat reproduksibilitas pola marka dari laboratorium ke laboratorium berbeda dan antara hasil percobaan dalam laboratorium itu sendiri yang sama, sangat sensitif terhadap variasi dalam konsentrasi DNA, memerlukan konsentrasi primer dan kondisi siklus suhu yang optimal pada saat pengujian. Selain itu, marka RAPD dominan dan tidak mampu menampilkan perbedaan sekuens DNA yang homolog, di antara fragmen-fragmen yang ukurannya hampir sama (Riedy et al., 1992). Penanda atau marka RAPD ini telah banyak digunakan untuk mengidentifikasi genotif ikan (Poerba, 2007). Analisis RAPD ini telah sukses dilakukan untuk mengetahui kekerabatan ikan gurami (Osphronemus gouramy Lac.) (Sari, 2012), keanekaragaman genetik ikan baceman (Hemibagrus nemurus) (Suparwati, 2012), bio.unsoed.ac.id dan mengetahui variasi genetik ikan senggaringan (Mystus nigriceps) (Destiana, 2011). Berdasarkan uraian di atas, maka masalah penelitian yang dikaji dapat dirumuskan sebagai berikut: 1) primer apa saja yang dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan polimorfik pada ikan M. gulio dari DAS Serayu dan 2) bagaimana keanekaragaman genetik di antara M. gulio dari DAS Serayu. 2 Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan primer yang dapat menghasilkan marka RAPD yang konsisten dan memiliki pita polimorfik pada DNA genom M. gulio serta untuk mempelajari keanekaragaman genetik Mystus gulio dari DAS Serayu dengan teknik RAPD. Penelitian ini diharapkan mampu memberikan informasi dasar mengenai keragaman genetik ikan M. gulio di DAS Serayu sebagai landasan dalam strategi konservasi. bio.unsoed.ac.id 3