TUGAS KELOMPOK BIOLOGI MOLEKULER II Nama : Dwi Wulan

TUGAS KELOMPOK BIOLOGI MOLEKULER II
Nama
: Dwi Wulan Bestari
NIM
: B1J006079
E-mail
: [email protected]
Blog
: www.a16079.wordpress.com
Nama
: Fristi Kristiana
NIM
: B1J006081
E-mail
: [email protected]
Blog
: www.friezty.wordpress.com
Nama
: Indah Purnamasari
NIM
: B1J006083
Judul topik : Identify the key features of the various prokaryotic and eukaryotic
RNA polymerases and describe the structures of the promoter
sequences that they recognize
Kode Tugas : K13-PIT-05
Ringkasan
Enzim yang bertanggung jawab untuk penyalinan DNA ke dalam RNA adalah
DNA-dependent RNA polymerases. Transkripsi gen nuklear eukaryotik memerlukan tiga
RNA polymerase yang berbeda, yaitu RNA polymerase I, RNA Polimerase II dan RNA
polymeraseIII. Masing-masing merupakan protein multi-subunit (8–12 subunit) dengan
massa molekular lebih dari 500 kDa.
Archaea memiliki RNA polymerase tunggal yang serupa dengan enzim eukaryotik.
Tetapi secara umum ini tidak khas untuk prokaryot sebab RNA polymerase bakteri sangat
berbeda, yaitu terdiri dari lima subunit (2 subunit α, satu subunit β yang terkait β’, dan
subunit σ). Subunit α, β dan β' setara dengan ke tiga subunit RNA polymerase eukaryotik,
tetapi subunit α mempunyai ciri khusus , kedua-duanya memiliki persamaan dalam
strukturnya dan kesamaan pada bagian serta fungsi nya.
Pengenalan Sequense untuk Transkripsi Inisiasi
Posisi ini ditandai oleh sequense target yang dikenal oleh RNA polymerase sendiri
atau oleh protein DNA-binding yang ada kaitannya dengan DNA, bentuk platform ikatan
RNA polymerase.
Gambar 1. Dua arah dimana RNA polymerase terikat oleh promotor. (A)
menunjukkan pengenalan promotor oleh RNA polymerase, terjadi di bakteri. (B)
Pengenalan promotor protein DNA-binding yang membentuk platform on ke RNA
polymerase mengikat. Mekanisme ini tidak langsung terjadi dengan eukaryotic dan
archaeal RNA polymerase.
RNA Polymerases Bakteri Terikat. oleh Promotor
Pada bakteri, target sequence untuk pemasangan RNA polymerase disebut
promotor. Promotor berfungsi untuk menguraikan ke tiga gen dalam operon laktosa.
Ketika lokus diinaktifkan oleh mutasi, gen di dalam operon tidak dapat diekspresikan;
lokus nampak untuk promoter mengekspresikan suatu gen. Lokus merupakan pengikatan
untuk RNA polymerase yang dicatat operon.
Gambar 2. Promotor untuk operon laktosa E coli. Promoter merupakan daerah
pengikatan lacZ, yaitu gen pertama pada operon. Sequense DNA menunjukkan
posisi –35 (5’-TTGACA-3’) dan -10 kotak (5’TATAAT-3’), kedua komponen
sequence dalam promoter berbeda.
Promotor pada Eukaryotic Lebih Kompleks
Pada eukaryotik, promotor digunakan untuk menguraikan semua urutan penting di
dalam inisiasi transkripsi suatu gen. Untuk beberapa gen sequense memiliki fungsi yang
berbeda, tetapi tidak termasuk promotor inti, atau disebut juga basal promoter di mana
inisiasi yang kompleks disusun, tetapi juga satu atau lebih hulu elemen promoter sebagai
promotor inti. Protein yang terikat pada hulu elemen meliputi sedikitnya beberapa
penggerak transkripsi dan yang lain adalah promotor ekspresi gen. Masing-masing ke tiga
jenis RNA polymerase eukaryotik mengenali perbedaan jenis sequence promoter.
Gambar 3. Struktur promotor eukaryotik. Daerah promoter ditandai warna biru.
Struktur promotor RNA polymerase III mengacu pada 5S rRNA gen. Gen lain yang
dijelaskaan oleh RNA polymerase III mempunyai struktur promoter yang berbeda,
mencangkup TATA box dan upstream elements similar untuk promoter RNA
polymerase II.
Promotor RNA polymerase II bersifat variabel dan dapat meregang untuk beberapa
kilobases upstream untuk memulai transkripsi. Promotor inti terdiri dari dua segmen: -25
atau TATA box (5'-TATAWAW-3', dimana W adalah A atau T) dan inisiator sequense
(5'-YYCARR-3', dimana Y adalah C atau T, dan R adalah A atau G) yang terletak di
sekitar nucleotide +1.
Daftar Pustaka
Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions, Joh Wiley and Sons inc., New York.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.biblist.7242
Diakses pada tanggal 22 November 2008
Situs Terkait
http://www.nsf.gov/news/mmg/media/images/promoter_f.jpg
http://www.uic.edu/classes/bios/bios100/lectf03am/eukprot.gif
http://faculty.uca.edu/~johnc/lac%20operon%201.gif
http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/08_10_transcription_factor
s.jpg
http://www.nature.com/onc/journal/v23/n18/images/1207547f3.jpg
http://departments.oxy.edu/biology/Stillman/bi221/110300/EUpol35S.jpeg
http://submit.biolcell.org/boc/097/0211/boc0970211f03.gif
Diakses pada tanggal 22 November 2008