simulasi dinamika molekular senyawa kandidat

SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA KANDIDAT ANTIKANKER
2-KLORO-3-{[3-(2,2,2-TRIFLUOROASETIL)FENIL]AMINO}-1,4DIHIDRONAFTALEN-1,4-DION DENGAN PROTEIN Bcl-xL
Oktavianus Hendra Cipta
12/331427/PA/14681
INTISARI
Telah dilakukan simulasi dinamika molekuler kompleks senyawa
antikanker 2-kloro-3-{[3-(2,2,2-trifluoroasetil)fenil]amino}-1,4,-dihidronaftalen1,4-dion (NPQ) dengan protein Bcl-xL. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
mengetahui ikatan hidrogen antara ligan dengan protein dengan metode
penambatan molekuler dan melihat kestabilan ikatannya dengan simulasi
dinamika molekuler.
Penelitian ini diawali dengan mencari situs aktif dari protein Bcl-xL yang
akan digunakan sebagai binding site untuk penambatan molekuler. Kemudian
diamati ikatan hidrogen yang terjadi dan selanjutnya kompleks dalam air tersebut
disimulasi menggunakan metode simulasi dinamika molekuler untuk melihat
kestabilan ikatan hidrogen yang terjadi.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa konformasi ligan hasil penambatan
molekuler yang paling stabil memiliki energi bebas ikatan sebesar -100,361 kJ/mol
dan terikat pada asam amino ASN76 dan ARG79. Setelah dilakukan simulasi
dinamika molekuler, diketahui ikatan hidrogen yang paling stabil adalah antara
residu asam amino ASN76 dengan atom O1 pada ligan NPQ. Berfungsinya atom
O1 yang merupakan gugus keton pada ligan sebagai akseptor elektron, diharapkan
memiliki aktivitas biokimia dalam tubuh sehingga dapat berfungsi sebagai
inhibitor untuk protein Bcl-xL.
Kata kunci:
1,4-naftoquinon, Bcl-xL, penambatan molekuler, simulasi dinamika
molekuler.
xii
MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION OF ANTICANCER COMPOUND
CANDIDATE 2-CHLORO-3-{[3-(2,2,2-TRIFLUOROACETYL)PHENYL]AMINO}-1,4DIHYDRONAPHTALENE-1,4-DIONE WITH Bcl-xL PROTEIN
Oktavianus Hendra Cipta
12/331427/PA/14681
ABSTRACT
Molecular dynamics simulation of anticancer compound 2-chloro-3-{[3(2,2,2-trifluoroacetyl)phenyl]amino}-1,4-dihydronaphtalene-1,4-dione (NPQ) with
Bcl-xL complex have been done. The purpose of this study is to find out hydrogen
bonding between ligand and protein with molecular docking method and to
observe the stability of the hydrogen bonding with molecular dynamics
simulation.
This study is started by looking for the active site of Bcl-xL protein that will
be used for molecular docking. Then we observed hydrogen bonding occured in
molecular docking and after that the complex between anticancer and protein in
water were simulated with molecular dynamics simulation methods to observe
the stability of the hydrogen bonding occured.
The result of the study showed that the most stable ligand conformation
from molecular docking have binding free energy -100.36 kJ/mol and bound to
ASN76 and ARG79 amino acid. From molecular dynamics simulation, it is known
that the most stable hydrogen bonding are between ASN76 amino acid residue
with O1 atom from the NPQ ligand. The function of O1 atom which is a ketone
functional group of the ligand as an electron acceptor, is expected to have
biochemical activity in the body so it can be used as inhibitor for Bcl-xL protein.
Key words:
1,4-naphtoquinone, Bcl-xL, molecular docking, molecular dynamics
simulation
xiii