PRAKTIKUM BIOINFORMATIKA

PRAKTIKUM PENGANTAR
BIOINFORMATIKA
SESI 1 :
Pengenalan website Bioinformatika
Data & Website Bioinformatika
DATA
NUKLEOTIDA
The International Sequence
Database Collaboration
Entrez
NIH
NCBI
•Submissions
•Updates
GenBank
DDBJ
•Submissions
•Updates
getentry
EMBL
•Submissions
•Updates
EBI
CIB
NIG
EMBL
SRS
Situs website - Bioinformatika - database
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
1.Situs ini dikembangkan oleh NCBI USA
2.Perkembangan sangat pesat &
pengguna dari situs ini para ahli
molecular biologi & bioinformatika
3.Fasilitas/option sangat luas ( DNA,
protein, Blast, pubmed, tools, struktur
protein dll)
Situs website - Bioinformatika - Europe database
http://www.srs.ebi.ac.uk
1. Situs ini adalah
database/gen bank
versi Eropa khusus
dikembang oleh
bioinformatika di
UK.
2. Fasilitas tools yg
dimiliki sangat
lengkap khususnya
untuk menganalisis
DNA ( Clustal dll) &
protein
3. Di indonesia kurang
populer
dibanbingkan NCBI
CIB-DDBJ
Center for information biology
• http: //www.ddbj.nig.ac.jp/
• Jepang
PROTEIN
Situs website - Bioinformatika
protein database. http://www.expasy.org/sprot/
1.Situs ini
mengkhususkan
pada protein
database
2.Fasilitas meliputi :
Blast, struktur dll
PDB
Protein data bank
• http://www.rcsb.org/
pdb/home/home.do
• 3D Struktur
Uniprot
• http://www.uniprot.org/
SITUS DATABASE
MOLEKUL LAIN
Situs website - Bioinformatika
- Microbial database. http://www.tigr.org
1. Banyak digunakan
oleh peneliti biologi
molekuler dibidang
mikroba.
Situs website - Bioinformatika
Genome database. http://www.jgi.doe.gov/
1. Situs ini relatif baru
dibandingkan
NCBI, tetapi
fasilitas yang ada
sangat luas,
termasuk database
microbial dan
eukayotic.
2. Situs ini dilengkapi
dengan map
metabolisme
pathway dari
microbial.
PROGRAM/ TOOL
Situs website - Bioinformatika - Program/Tools - Design primer
http://frodo.wi.mit.edu
Salah satu program
desain primer
secara on line yang
paling populer &
dikembangkan oleh
MIT.
Situs website - Bioinformatika - Program/Tools - Phylogeny
http://evolution.genetics.washington.edu
Situs khusus untuk
mendowload
program-program yg
terkait dengan studi
moleculer Filogenetik.
Banyak program yang
dapat diakses secara
free.
Situs website - Bioinformatika - Program/Tools - Commercial
http://www.clcbio.com
1. Salah satu program
bioinformatika
komersial. Harga dapat
mencapai 25
Juta/program atau sewa
sekitar 1 jt/3 bulan
2. Program sangat bagus
& mudah digunakan
serta memiliki koneksi
dengan gen bank.
3. Dengan program ini kita
dapat mengakses gen
bank & menganalisis
DNA, protein secara
terintegrasi
Situs website - Bioinformatika - Program/Tools - Molecular Biology
http://www.molbiol-tools.ca
1. Situs freeware
program molecular
biology & program
bioinformatika yg
terbaru dapat
diperoleh di situs ini
Situs website - Bioinformatika - Program/Tools - Primo
http://www.changbioscience.com
SESI 2
DATABASE - GENE BANK - NCBI :
contoh kasus
Information ttg : nucleotida & protein dari NCBI
Information ttg : all database & PubMed
Search Nucleotide : linamarase
Pencarian gen, ketik : linamarase
Ada 8 corenucleotida &
18 EST gen linamarase
yg terdapat
pada gen bank
OUTput : pencarian gen linamarase
Output : gen linamarase
Informasi gen
linamarase
Ditampilkan secara lengkap
OUTPUT
Urutan lengkap protein linamarase
Urutan lengkap
gen linamarase (1859 basa)
Penggunaan All database : pencarian virus H5N1
1.Pilih database
2.Ketik H5N1
3.Output : informasi
tentang PubMed,
nucleotida, protein
dan 3D Domain
struktur dll
Pencarian influenza virus
Pilih database
1.
Pilih genome
2.
Pilih influeza virus resouces
output : pencarian virus H5N1
Pilih sesuai pencarian
Output virus H5N1 asal
daerah di Indonesia
Output : pencarian H5N1
(anallisis multiple alignment)
Tugas : Praktikum - 24 Agustus 2007
• Mengenal website bionformatika dengan
baik. SESI 1 : Pengenalan website
Bioinformatika (on line & commercial).
• Sesi 2 : DATABASE - GENE BANK - NCBI :
contoh kasus (bisa menggunakan gen atau
protein lain)
• Hasil yg diperoleh disimpan dalam folder
pribadi yang telah disediakan.
• Bahan praktikum/slide dapat dicopy(softcopi)
- minta kepada asisten.
• Minggu depan praktikum mulai jam 15.0017.00 di Comlabs