Analisis Sekuen Poliketida Sintase Domain

Analisis Sekuen Poliketida Sintase Domain Ketosintase pada Bakteri Endofit Akar
Ageratum conyzoides L
Abstrak
Polyketida synthase (PKS) merupakan kelompok enzim multi kompleks yang
bertanggungjawab dalam proses biosintesis berbagai macam senyawa poliketida. Poliketida
sintase mempunyai beberapa modul yang terdiri atas beberapa domain dengan fungsi yang
berbeda. Ketosintase (KS) merupakan salah satu domain yang diperlukan untuk proses
elongasi atau pemanjangan rantai poliketida. Ketersediaan dan diversitas domain ketosintase
di alam penting dalam usaha penemuan obatan – obatan baru. Telah dilakukan kloning gen
ketosintase bakteri endofit akar Ageratum conyzoides L ke dalam vektor pGEMT – Easy. Gen
ketosintase diperoleh dari bakteri endofit akar Ageratum conyzoides dengan metode isolasi
DNA secara lansung melaui proses enrichment. Primer DKF/DKR dan HGLF/HGLR
digunakan untuk mengamplifikasi domain ketosintase secara lansung dari berbagai sampel
lingkungan. Amplikon diklon kedalam plasmid pGEMT – Easy dan ditransformasikan
kedalam bakteri Escherichia coli DH5α. Seleksi transforman dilakukan dengan metode
seleksi biru putih. Efesiensi transformasi diperoleh sebesar 6.68 X 103 CFU/µg untuk gen
ketosintase heterokyst glicolipid dan 3.12 X 103 CFU/µg untuk gen ketosintase non
heterokyst glicolipid. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa telah berhasil
teridentifikasi domain ketosintase dari berbagai kelompok bakteri meliputi, Actinobacteria,
Cyanobacteria, Proteobacteria, dan beberapa mikroorganisme yang belum teridentifikasi.
Keyword : Polyketida sintase, Ketosntase, Ageratum conyzoides, Kloning
Susadi Nario Saputra, 2013
Analisis Sekuen Poliketida Sintase Domain Ketosintase Pada Bakteri Endofit Akar Ageratum conyzoides L.
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu
ABSTRACT
Polyketide synthase (PKS) are known to produce a class of medically and industrially
include a broad range of bioactive compound such antibiotics. PKSs are multifungsional
enzyme that organized into module and consist of several domain. KS domain is responsible
for the condensation of an extender unit onto the growing polyketide chain during polyketide
biosynthesis. The diversity of modular polyketide synthase (PKS) gene in root of Ageratum
conyzoides were studied by sequencing analysis than before clone in DH5α bacteria. Primer
for the amplification of PKS domain were DKF and DKR for non heterocyst glicolipid and
HGLF and HGLR for heterocyst glikolipid. The eficience of transformation 6.68 X 103
CFU/µg for heterokyst glicolipid gene and 3.12 X 103 CFU/µg for heterokyst glicolipid
gene. Phylogenetic analysis of 20 amino acid (AA) sequences indicates that the identified
ketosynthase (KS) domains were clustered with those from diverse bacterial groups,
including Cyanobacteria, Proteobacteria, Actinobacteria and some unidentified
microorganisms. Phylogenetic result show DK10 DK8 and DK3 include protobacteria group,
DK6 DK7 and DK9 include Cyanobacteria, DK4 DK7 include Actinobacteria group.
Phylogentic analysis of heterocyst glycolipid biosynthetic ketoshynthase region with respect
to diverse range of ketosynthase domain, including type I and II
Keyword : Polyketide sinthase, Ketosynthase, Ageratum conyzoides, Cloning
Susadi Nario Saputra, 2013
Analisis Sekuen Poliketida Sintase Domain Ketosintase Pada Bakteri Endofit Akar Ageratum conyzoides L.
Universitas Pendidikan Indonesia | repository.upi.edu | perpustakaan.upi.edu