Evaluasi koefisien dan laju inbreeding pada kuda

MATERI DAN METODE
Lokasi dan Waktu
Penelitian ini dilaksanakan di Detasemen Kavaleri Berkuda (Denkavkud)
TNI-AD Parongpong, Jl. Kolonel Masturi km. 7 Kecamatan Parongpong, Kabupaten
Bandung Barat, Provinsi Jawa Barat pada Juli sampai dengan Agustus 2010.
Materi
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah alat tulis dan kalkulator.
Data yang digunakan adalah data primer berupa informasi struktur populasi, kuda
yang cacat akibat kelainan genetik dan manajemen perkawinan. Selain itu juga
digunakan data sekunder berupa data bobot badan dan tinggi pundak anak kuda yang
baru lahir dalam kurun waktu sepuluh tahun terakhir serta catatan silsilah dari Buku
Register Kuda (BRK) di Denkavkud. Kuda yang menjadi sampel adalah semua kuda
remaja di setiap kompi, yaitu kuda umur 1-3 tahun baik jantan maupun betina.
Prosedur
Data primer didapatkan dengan cara pengamatan langsung di lokasi
penelitian dan wawancara dengan pemelihara, staf, dokter hewan yang terdapat
disana. Data sekunder didapatkan melalui catatan atau recording yang dimiliki pihak
Denkavkud berupa Buku Register Kuda (BRK), kemudian silsilah dianalisis untuk
perhitungan koefisien inbreeding pada setiap individu (Fx), sedangkan laju
inbreeding dihitung berdasarkan data struktur populasi yaitu jumlah pejantan, calon
pejantan dan induk.
Jumlah total kuda yang terdapat di Denkavkud adalah 196 ekor dan terbagi ke
dalam dua unit, yaitu 91 ekor kuda di Kompi Kavaleri (Kikav) dan 105 ekor di
Kompi Peternakan (Kinak). Stuktur populasi dalam Kikav terdiri dari 37 ekor kuda
betina, 43 ekor jantan kebiri dan satu ekor kuda jantan yang hanya memiliki satu
testis. Berdasarkan populasi tersebut, sampel diambil dari kuda umur satu sampai
dengan tiga tahun, sehingga didapat delapan ekor kuda dari populasi Kikav.
Populasi kuda dalam Kinak terdiri dari 3 ekor stud, 8 ekor foals, 4 ekor colt,
16 ekor gelding, 18 ekor filly, 32 ekor mare, 15 ekor dewasa betina, 2 ekor pony dan
7 ekor kuda tua (afkir). Sampel yang digunakan adalah kuda umur satu sampai
dengan tiga tahun, sehingga sampel yang diperoleh dari Kinak berjumlah 22 ekor.
18
Masing-masing kuda dianalisis berdasarkan silsilahnya, jika terdapat tetuanya yang
inbred, maka ditambahkan nilai koefisien inbreeding dari tetua tersebut.
Analisis Data
Koefisien Inbreeding
Penghitungan koefisien inbreeding menggunakan metode analisis silsilah
yang dikembangkan oleh Allendorf dan Luikart (2008). Langkah pertama
menggambar silsilah, dimana setiap individu hanya muncul satu kali, dibuat dalam
bentuk alokade dan tanda panah (Gambar 1). Selanjutnya, dianalisis silsilah leluhur
(moyang) dari induk dan pejantannya. Jika tidak memiliki moyang bersama, individu
tersebut bukanlah hasil perkawinan sedarah, dan nilai koefisien inbreeding (Fx) = 0.
Namun, jika memiliki moyang bersama, telusuri semua silsilah dari mulai orangtua
individu tersebut, lalu menuju moyang bersama dan kembali lagi ke orangtua yang
lain dari individu tersebut (Tabel 4).
Koefisien inbreeding dari individu dihitung dengan menentukan n, yaitu
banyaknya individu dalam alur (tidak termasuk individu yang diperhatikan) yang
terdiri dari moyang bersama dari tetua yang kawin sedarah (inbred). Nilai koefisien
inbreeding dihitung dengan rumus (Allendorf dan Luikart, 2008):
F = Σ[(½n+1) (1+FCA)]
Keterangan
:F
= Nilai koefisien inbreeding
n
= Banyaknya garis dalam alur
FCA
= Koefisien moyang bersama
Sebagai contoh, perhitungan koefisien inbreeding dari seekor ternak X yang
dihasilkan dari satu generasi perkawinan saudara kandung dimana moyang
bersamanya bukan inbred dapat digambarkan sebagai berikut:
A
X
X
B
{
B
{
{
C
D
C
D
A
C
B
D
X
Gambar 1. Silsilah dalam Bentuk Alokade dan Tanda Panah
Sumber: Warwick et al. (1990)
19
Tabel 4. Perhitungan Koefisien Inbreeding dari Individu X
Moyang Bersama
C
D
Lintasan
A–C–B
A–D–B
N
1
1
n’
1
1
n+n’+1
3
3
Jumlah
Kontribusi
(½)3 = 0,125
(½)3 = 0,125
0,25*
Keterangan: *Nilai koefisien inbreeding Fx = 0,25 x 100% = 25%
Sumber: Warwick et al. (1990)
Laju Inbreeding
Laju inbreeding per generasi dihitung dengan rumus yang dikembangkan
oleh Wiener (1994):
Laju Inbreeding = + Keterangan:
Nm
= Jumlah pejantan dan calon pejantan
Nf
= Jumlah betina yang dapat dikawinkan
Bobot Badan dan Tinggi Pundak Anak Kuda yang Baru Lahir
Pengukuran tinggi pundak menggunakan tongkat ukur sederhana yang telah
diberi skala atau penggaris kayu dengan cara mengukur tinggi dari permukaan tanah
hingga pundak, sedangkan bobot badan diketahui dengan melakukan penimbangan.
Data yang digunakan adalah data kelahiran selama sepuluh tahun terakhir, kemudian
data tersebut dirata-ratakan dengan rumus (Walpole, 1993):
∑
Keterangan:
µ
: Rataan sampel
xi : Data sejumlah i
n
: Ukuran sampel
20