1 PENDAHULUAN Latar Belakang Sapi Bali

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Sapi Bali merupakan salah satu sumber daya genetik ternak asli Indonesia
yang sudah didomestikasi (MacHugh, 1996) dan termasuk salah satu aset dunia yang
sangat berharga (Noor et al., 2000). Sementara, bangsa sapi lokal Indonesia yaitu
Madura, Aceh, dan Pesisir. Sapi Sumba-Ongole (SO) dan Java-Ongole (PO) juga
dianggap sebagai sapi lokal Indonesia (Martojo, 2003). Noor (2010) menyatakan
bahwa ternak asli maupun lokal memiliki keunggulan yaitu mampu beradaptasi
dengan lingkungan lokal seperti kualitas pakan berkualitas rendah, ketersediaan air
yang kurang, iklim tropis, manajemen yang kurang baik, dan ketahanan terhadap
penyakit. Dengan demikian, ternak-ternak inilah yang paling cocok untuk dipelihara
dan dikembangkan di Indonesia khususnya bagi peternak kecil (small holder farmer),
walaupun produksinya relatif lebih rendah dari ternak impor.
Sapi Bali merupakan sapi yang berasal dari domestikasi banteng (Bos
javanicus) yang pada awalnya termasuk banteng liar asli dari Pulau Bali (Hayashi et
al., 1980). Proses domestikasi tersebut mengakibatkan terdapat beberapa perbedaan
dan kesamaan antara ternak domestikasi dan ternak liar sebagai nenek moyang
(Vaisanen dan Jensen, 2003). Sementara sapi lokal (Madura, Pesisir, dan Aceh)
merupakan persilangan banteng dan sapi luar yang masuk ke Indonesia. Namun,
telah cukup lama berada di Indonesia sehingga berkembang biak sesuai dengan
lingkungan lokal (Abdullah et al., 2008), hal tersebut menyebabkan kemungkinan
adanya keragaman genetik seperti keragaman di DNA mitokondria (mtDNA) di
daerah D-loop antara sapi-sapi lokal Indonesia dan sapi Bali. Adanya dugaan
keterkaitan/hubungan kekerabatan (filogenetik) antar bangsa sapi yang ada di
Indonesia menjadi hal penting untuk diketahui.
Keterkaitan hubungan antar sapi asli dan sapi lokal Indonesia telah dilakukan
berdasarkan ukuran tubuh (Otsuka et al., 1980; Abdullah, 2008), ukuran tengkorak
(Hayashi et al., 1980), protein darah (Namikawa et al., 1980), DNA mikrosatelit
(Mohamad et al., 2009) dan DNA mitokondria daerah CO I (Febriana, 2011).
Beberapa hasil penelitian tersebut masih bersifat parsial dan terbatas pada salah satu
bangsa sapi lokal.
Di sisi lain, Indonesia memiliki beberapa bangsa sapi lokal
Indonesia yang merupakan sapi-sapi yang sudah diakui oleh dunia (sapi Bali,
1
Madura, Pesisir, Aceh, dan PO). Semakin berkembangnya kajian ilmu genetika
molekuler saat ini, maka penelitian terhadap bangsa sapi lokal Indonesia pada tingkat
molekuler khususnya pada DNA mitokondria sangat diperlukan, terutama DNA
mitokondria di daerah D-loop karena DNA mitokondria mempunyai jumlah turunan
yang lebih tinggi (high copy number), yaitu mempunyai jumlah salinan sebesar 10 3104 molekul DNA mitokondria/sel somatik (Randi, 2000). Keunggulan lain dari
mtDNA yaitu ukuran mtDNA kecil sehingga dapat dipelajari secara utuh. Genom
DNA mitokondria mempunyai laju evolusi 5-10 kali lebih cepat dari DNA inti
(Clayton, 1992).
Nijman et al. (2003) menyatakan bahwa penentuan daerah D-loop mtDNA
pada sapi dapat digunakan untuk menunjukkan proses hibridisasi pada bangsa sapi
Indonesia termasuk sapi asli Indonesia (sapi Bali). Penanda atau marker DNA
mitokondria adalah penanda genetik berdasarkan garis maternal yang hanya
diwariskan melalui induk tanpa mengalami rekombinasi. Penciri yang berbasis pada
DNA mitokondria dapat digunakan untuk merekonstruksi pohon kekerabatan
(filogenetik) pada berbagai bangsa/spesies yang saling berdekatan (Duryadi, 1994).
Penelitian di daerah D-loop sudah sangat spesifik dan sudah digunakan
sangat luas, penelitian mtDNA daerah D-loop pernah dilakukan untuk mengetahui
variasi DNA mitokondria dan evolusi sapi Hitam Jepang (Bos taurus) (Mannen et
al., 1998), memposisikan sapi Zebu Amerika berasal dari Bos indicus (Meirelles et
al., 1999), menentukan perbedaan genetik dan variasi sekuen daerah D-loop mtDNA
sapi asli Cina (Lai, 2005), mengetahui hibridisasi banteng (Bos javanicus) dan zebu
(Bos indicus) (Nijman et al., 2003), menetukan keragaman genetik dan pohon
filogenetik kerbau sungai di Mesir (Hassan et al., 2009).
Hal ini menjadikan
penelitian identifikasi keragaman D-loop mtDNA penting untuk dilakukan,
mengingat sapi-sapi tersebut merupakan sumber daya genetik yang dimiliki
Indonesia. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi dasar tentang
DNA mitokondria di daerah D-loop (data base) pada sapi-sapi Indonesia. Selain itu
hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai salah satu dasar dalam
menentukan kebijakan program pemuliaan sapi Indonesia terutama dalam upaya
pelestarian, pengembangan dan pemanfaatannya secara berkelanjutan.
2
Tujuan
Penelitian ini bertujuan untuk mendapat sekuen daerah D-loop mtDNA dan
mengetahui keragaman daerah D-loop mtDNA pada sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh
dan PO di Indonesia.
Tujuan lain yaitu untuk mengetahui hubungan genetik
(filogenetik) antara sapi Bali, Madura, Pesisir, Aceh, dan PO.
3