Kata Pengantar

BAB 5. HASIL DAN PEMBAHASAN
5.1. Gen Cox-1 Lanjutan
Amplifikasi lanjutan terhadap gen Cox-1 telah dilakukan yaitu terhadap
sampel-sampel yang belum dilakukan pada tahun pertama. Amplifikasi lanjutan
terhadap Gen Cox-1 Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Sungai
Indragiri menggunakan primer Fish F2 dan primer Fish R2 menghasilkan fragmen
berukuran 655 pb. Fragmen ini terletak pada basa ke 51 sampai dengan basa ke
705 (acuan gen Cox-1 utuh Silurus asotus sepanjang 1551 pb (GenBank 2014,
nomor akses JN116720).
Penjajaran berganda dilakukan terhadap runutan gen Cox-1 yang diperoleh
dengan menggunakan runutan pembanding yaitu runutan gen Cox-1 ikan-ikan
dalam Ordo Siluriformes (Silurus asotus, Kryptopterus apogon, Ompok pabo dan
Ictalurus punctatus) yang ada di GenBank. Runutan DNA yang diperoleh dari
hasil penjajaran berganda adalah 624 nukleotida, yaitu pada posisi ke 82 sampai
dengan posisi ke 705 (acuan gen Cox-1 utuh Silurus asotus (JN116720). Bagian
runutan fragmen yang tidak terbaca yaitu 31 nukleotida dari ujung 5’ primer Fish
F2.
Enam ratus dua puluh empat nukleotida hasil penjajaran berganda gen
Cox-1 parsial Kryptopterus limpok dari Sungai Kampar dan Sungai Indragiri
dengan data pembanding jenis-jenis ikan dalam ordo Siluriformes (GenBank),
ditranslasikan dengan menggunakan program MEGA versi 3,0 (Kumar et al.
2004) menghasilkan 208 asam amino. Posisi 208 asam amino ini terletak pada
posisi ke 28 sampai dengan asam amino ke 235, dengan acuan asam amino hasil
translasi gen Cox-1 utuh Silurus asotus (GenBank). Dari 208 situs asam amino,
paling banyak adalah asam amino sinonimous (nukleotida penyandi berubah,
asam amino sama), dan yang paling sedikit asam amino non sinonimous
(nukleotida penyandi berubah, asam amino berubah).
Seratus lima puluh tujuh situs penyandi dikategorikan sebagai situs
beragam karena terjadinya substitusi transisi dan transversi nukleotida. Dari 157
situs beragam tersebut kejadian substitusi paling sering terjadi pada basa ketiga
22
dari triplet kodon. Substitusi yang paling sedikit terjadi pada gabungan ketiga
triplet kodon (basa kesatu, kedua dan ketiga).
Asam amino non sinonimous terletak pada situs ke 28, 29, 30, 58, 173,
187 dan 201. Dari 7 asam amino non sinonimous tersebut, 3 asam amino dapat
dijadikan penanda genetik K. limpok dari Sungai Kampar yaitu V pada situs ke
28, G pada situs ke 29 dan V pada situs ke 30. Tiga asam amino juga dapat
dijadikan penanda genetik K. limpok dari Sungai Indragiri yaitu E pada situs ke
28, T pada situs ke 173, dan G pada situs ke 201. Asam amino S pada situs ke 187
merupakan penanda genetik genus Kryptopterus karena dipunyai oleh K. limpok
(Kampar dan Indragiri) maupun K. apogon (GenBank), sementara tidak dipunyai
oleh data pembanding lainnya.
Kejadian substitusi transisi lebih banyak terjadi daripada substitusi
transversi pada gen Cox-1 parsial jenis-jenis ikan dalam Ordo Siluriformes.
Substitusi transisi di antara jenis ikan dalam ordo Siluriformes sebanyak 4-75
nukleotida. Substitusi transversi di antara jenis ikan dalam ordo Siluriformes
sebanyak 5-44 nukleotida. Sedangkan jarak genetik di antara jenis ikan dalam
ordo Siluriformes yaitu 0,01-0,17.
5.2. D-loop Region
Molekul DNA total diperoleh dari hasil isolasi dan purifikasi DNA O.
hypophthalmus yang berasal dari tiga sungai paparan banjir Riau yaitu, Sungai
Kampar, Sungai Indragiri Hulu dan Sungai Tapung. DNA total Kryptopterus
apogon telah diisolasi dari sampel-sampel yang berasal dari Sungai Kampar Kiri
dan Sungai Tapung Hilir. DNA total O. hypophthalmus dan K. apogon yang
berasal dari masing-masing sungai, dipilih untuk dijadikan cetakan untuk proses
amplifikasi fragmen D-loop DNA mitokondria.
Proses PCR dilakukan untuk mengamplifikasi fragmen D-loop dari DNA
mitokondria O. hypophthalmus. Fragmen DNA hasil PCR menggunakan primer
L15926 dan H00651 (Kocher et al.
1989) menghasilkan fragmen D-loop
berukuran 153 pb. Amplifikasi fragmen D-loop dilakukan dengan menggunakan
sepasang primer F-H00651 dan R-L15926 pada sampel K. apogon dari Sungai
23
Kampar Kiri dan Sungai Tapung Hilir dengan menghasilkan produk PCR
berukuran 86 bp.
Data urutan nukleotida yang diperoleh, disejajarkan dengan data fragmen
D-loop mitokondria dari famili Siluridae yang ada di GenBank yakni Silurus spp
(Silurus soldatovi, Silurus glanis, Silurus asotus, Silurus meridionalis, dan Silurus
lanzhouensis). Hasil pensejajaran menunjukkan bahwa dari 153 pb, hanya 71 pb
DNA D-loop O. hypophthalmus yang mirip dengan DNA D-loop dari famili
Siluridae. Runutan DNA K. apogon
dari hasil pensejajaran
C
A yang diperoleh
berganda adalah 76 nukleotida, yaitu pada posisi 353 sampai dengan posisi ke 437
(diacu kepada D-loop utuh Silurus spp. (GenBank)).
Komposisi basa pada D-loop mitokondrial parsial O. hypophthalmus
adalah T = 22,5%; C = 22,5%; A = 29,9%; G = 25,0%. Li dan Zhang (2005)
menuturkan bahwa kandungan basa Guanin pada DNA mitokondria hewan
memiliki jumlah paling sedikit di antara basa nukleotida yang lain. Hasil
penelitian membuktikan bahwa pada ikan lais O. hypophthalmus, kandungan basa
purin (A+G= 54,9%) lebih tinggi bila dibandingkan basa pirimidin (C+T= 45%),
bahkan komposisi basa Guanin memiliki jumlah basa kedua tertinggi setelah
Adenin, yakni sebesar 25,0%.
Pada hasil penelitian ini telah ditemukan keragaman situs nukleotida yang
dapat dianalisis. Keragaman dari situs-situs tersebut dapat dijadikan sebagai
penanda jenis maupun penanda habitat untuk ikan O. hypopthalmus, karena pada
situs-situs tersebut terdapat variasi yang unik yang besifat spesifik yang hanya
dimiliki O. hypophthalmus. Analisis polimorfisme nukleotida menunjukkan
sekuen DNA D-loop parsial dari ketiga sungai memiliki urutan yang unik dan
khas sehingga dapat dijadikan penanda habitat karena berbeda antara satu dan
lainnya.
Penanda genetik spesifik diperoleh dengan membandingkan fragmen Dloop parsial yang didapat dari hasil penelitian dengan data pembanding dari
GenBank. Bila dilihat secara teliti, penanda genetik akan memberikan dua
kelompok besar, yaitu situs nukleotida di antara kelima sekuen Silurus spp akan
saling mengelompok dan terpisah dengan ketiga data dari fragmen D-loop
kelompok O. hypophthalmus pada penelitian ini. Situs nukleotida yang dapat
24
dijadikan sebagai penanda genetik untuk ikan O. hypophthalmus terdiri dari 18
situs nukleotida dan berada pada situs nukleotida ke 11 (A), 12 (G), 15 (G), 16
(G), 18 (T), 20 (G), 21 (G), 26 (A), 29 (C), 32 (T), 37 (G), 38 (C), 44 (G), 45 (A),
48 (C), 49 (C), 56 (A), 62 (A). Kedelapan belas situs nukleotida ini hanya dimiliki
oleh jenis O. hypophthalmus dari ketiga habitat ikan yang diteliti, oleh karena itu
situs-situs nukleotida ini dapat dijadikan penanda spesies untuk membedakan
jenis O. hypophthalmus dengan spesies yang lain.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa ditemukan penanda habitat yang
dapat digunakan untuk membedakan habitat O. hypophthalmus dari Sungai
Indragiri Hulu dengan kedua sungai lainnya yang berjumlah 15 situs nukleotida.
Posisi penanda habitat ini terletak pada situs nukleotida ke 3, 7, 8, 13, 17, 23, 27,
30, 39, 42, 53, 60, 64, 67, 68. Salah satu situs nukleotida penanda habitat ini (situs
nukleotida ke 39) merupakan situs nukleotida insersi yang hanya ditemukan pada
O. hypophthalmus yang bahkan tidak dimiliki oleh kelompok Silurus spp.
Berdasarkan hasil
penelitian ditemukan ciri spesifik dari K.
apogon
Sungai Kampar Kiri dan Sungai Tapung Hilir sebagai penanda jenis sebanyak 22
buah situs basa nukleotida yang dapat membedakan Silurus spp. dengan K.
apogon yaitu pada situs basa nukleotida No. 1, 12, 17, 22, 24, 27, 32, 35, 37, 38,
39, 40, 53, 59, 61, 63, 64, 66, 68, 70, 72, dan 73. Terdapat 25 buah situs basa
nukleotida sebagai situs penanda habitat pada K.
apogon yang dapat
membedakan dua habitat sungai yang berbeda yaitu pada situs basa nukleotida
No. 4, 6, 7, 8, 9, 15, 16, 19, 31, 36, 41, 42, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 55, 57, 58, 60,
62, 71, dan 74.
25