Genomik dan Ekspresi Gen
advertisement
Sidik Jari DNA dan Genomik Sidik Jari DNA • DNA dari dua individu berbeda hanya 0,1% • Perbedaan kecil ini bisa digunakan untuk membuat sidik jari genetik • Alec J. Jeffreys, University of Leicester, Inggris: Restriction length polymorphism analysis (RFLP) • Metode untuk identifikasi varian DNA menggunakan enzim restriksi Microsatellite DNA • Urutan nukleotida pendek CACACA yang muncul secara berulang (short tandem repeat, STR) • Genom manusia mempunyai (paling sedikit) 650.000 STR Single Nucleotide Polymorphism • Polimorfisme: jumlah kopi suatu gen dalam satu populasi yang tidak persis sama • SNP: perbedaan hanya pada satu pb Proyek Genom Manusia • Inisiatif: Departemen Energi 1986 • National Institute of Health (NIH) bergabung 1990 • Draft Genom manusia, Juni 2000 • Selesai April 2003 Peta fisik • Sequence tagged sites (STS): nukleotida 100500 pb dengan urutan yang unik • Expressed sequence tag (EST), berasal dari pustaka cDNA • Genom atau satu klon dari pustaka dengan insert yang besar dipotong dengan enzim restriksi. Kemudian dilakukan pelacakan marker STS atau EST. Jika kedua marker berdekatan, maka keduanya akan berada pada fragmen DNA hasil pemotongan. Ukuran fragmen ditentukan, dari sini kemudian dibuat perkiraan jarak antar marker. NIH: Contig • Pemotongan dengan enzim restriksi menghasilkan fragmen 150.000 pb • Fragmen DNA diklon ke dalam bacterial artificial chromosome (BAC) dan diperbanyak dalam bakteri • Genom manusia: 30.000 klon BAC • Satu klon dari pustaka sering kali overlap dengan klon lain. • Daerah yang overlap mempunyai urutan nukleotida yang sama, artinya akan mempunyai sisi pengenalan enzim restriksi yg sama, marker STS sama, dan EST sama. Contig map membandingkan daerah-daerah yang overlap kemudian mengurutkan klon menjadi fragmen yang lebih panjang. Craig Venter/Celera Genomics: Shotgun sequencing • Haemophilus influenzae. 1995. • Genom: 1830 kb • Pustaka klon: 19.687 klon • 28.643 sekuensing Craig Venter/Celera Genomics: Shotgun sequencing • Shot gun Sequencing • 2,9 x 109 pb • Satu juta halaman buku, 3000 huruf per halaman • Diprediksi mengandung 25.000 gen • Baru 50% fungsinya yang diketahui Genom berbagai organisme
