Virus

Virus of Fungi, Yeast
and Parasitic Microorganism.
Page 1
Anggota kelompok :
1. Waode Nur Zara
2. Yunitazari Laksmi PW
3. Venessa Alia
4. Siti Amalia
5. Sutina
6. Vilandri Astarini
7. Angga Kusnan Qodafi
8. Oktira Roka Aji
9. Nur Azizah
10.Anissa Kurnia M
10407030
10407031
10407032
10407033
10407034
10407035
10407036
10407038
10407039
10407040
Page 2
VIRUS OF FUNGI
Page 3
Mycoviruses
• Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research
Institute,
USA
untuk
pertamakalinya
mendapatkan hasil eksperimen mengenai virus
yang ditemukan pada jamur Agaricus bisporus
yang menyebabkan
“die-back disease” pada
tahun 1962.
• Karakteristik yang paling umum dari “mushroom
virus diseases” yaitu kerusakan pada panen dan
kehiangan kemampuan untuk menghasilkan
mycelium.
Page 4
Morphology of Mycoviruses
• Rod-shaped, filamentous and herpes types.
• Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25 and 50 nm
(diameter) dan berat partikelnya 6-13 x 106 dalton.
• Memiliki double-stranded ribonucleic acid (dsRNA), biasanya
tersedmentasi menjadi 1-8 segments dengan total molekul 2 to
8.5 X 106 dalton.
• The dsRNA segments are separately enclosed into identical
capsids.
• Berdasarkan materi genetiknya, dsRNA Mycovirus berbeda dengan
dsRNA pada hewan dan tumbuhan. Pada mycovirus semua materi
genetrik dilindungi oleh virion tunggal.
Page 5
Efek Infeksi Mycovirus :
Morphological differences
perubahan drastis pada fungi inang :
• Perlambatan pertumbuhan
• Pembentukan koloni abnormal
• irregular margins
• reduksi jumlah spores asexual yang
viable
Page 6
karakteristik isolat-isolat DK21 yang mengandung dsRNA dan yang tidak
Isolatea
dsRNA
Morphologyb
DK21 mengandung dsRNA
+
DK21 tidak mengandung
dsRNA
T-DK B2
−
Merah tua,
irregular
Pink, sirkuler
T-DK C5
+
T-DK D1
+
T-DK F1
−
+
* Fusarium graminearum isolates
Merah tua,
irregular
Merah tua,
irregular
Merah tua,
irregular
Pink, sirkuler
Colony diameter
(cm)c
0.86 ± 0.25d
2.34 ± 0.13
1.01 ± 0.33d
0.98 ± 0.51d
0.88 ± 0.08d
2.38 ± 0.04
Page 7
Efek Infeksi Mycovirus :
Perubahan Patogenitas
• Hypovirulence adalah fenomena dimana
virulensi suatu fungi patogen berkurang,
bahkan sampai hilang karena infeksi
mycovirus.
• Reduksi tingkat virulensi (hypovirulence)
termasuk penekanan sporulasi, perubahan
morfologi koloni, reduksi pigmentasi,
peningkatan akumulasi oksalate, dan
perubahan aktivitas sellulase dan laccase.
Page 8
Mycovirus lain yang menyebabkan hypovirulence pada fungi patogen
tanaman, yaitu:
• mitovirus di Cryphonectria parasitica , Ophiostoma novo-ulmi ,
Sclerotinia homoeocarpa , Chalara elegans dan Botrytis cinerea
• mycoreoviruses di Cryphonectria parasitica , dan Rosellinia
necatrix
• Beberapa mycoviruses yang tidak terklasifikasi, seperti SsDRV
pada family Flexiviridae di S. sclerotiorum , DaRV di Diarporthe
ambigua , FgV-DK21 di Fusarium graminearum dan a 33-nm
mycovirus isometrik di B. cinerea
Page 9
Mekanisme Transmisi
• Mycovirus dsRNA dapat secara
sitoplasmic ditransmisi dari salah satu
strain fungi inang ke yang lainnya selama
hyphal fusion (anastomosis).
• Hypal fusion diartikan sebagai fusion
complete dinding dan sitoplasma
keduanya dan hal ini berbeda dari kontak
langsung dan adesi hypae
Page 10
Aplikasi
Mycovirus digunkan sebagai kontrol alternatif fungi pathogen
tanaman.




Masalah yang berhubungan dengan kontrol menggunakan zat kimia
(fungisida):
Fungisida tidak mencapai di cabang secara efisien karena kanopi
yang lebat
B. cinerea resisten terhadap fungisida
Residue fungisida di tanaman
Menyebabkan polusi lingkungan.
alternatif non-fungisida sperti kontrol biologi sangat diperlukan dan
telah menarik perhatian para peneliti dan telah mengawali
penemuan strain-strain hypovirulen baru di fungi lainnya.
Page 11
Mycoviruses
• Beberapa fungi penting
Mycoviruses yaitu :
–
–
–
–
–
–
–
yang
mengandung
Agaricus bisporus (25-50 nm)
Alternaria tenius (30-40 nm),
Aspergillus foetidus (40-42 nm)
Penicillium brevicompactum (40 nm)
P.chrysogenum (35 nm),
P.funiculosum (25-30 nm)
P.notatum (25 nm),
Page 12
Page 13
Virus of Fungi
Family
Genus
Materi Genetik
unassigned
Rhizidiovirus
dsDNA
Chrysoviridae
Chrysovirus
dsRNA
Endornaviridae
Endornavirus
dsRNA
Hypoviridae
Hypovirus
dsRNA
Partitivirus
dsRNA
Cryspovirus
dsRNA
Mycoreovirus
dsRNA
Totivirus
dsRNA
Victorivirus
dsRNA
Botrexvirus
ssRNA
Sclerodarnavirus
ssRNA
Mycoflexivirus
ssRNA
Narnavirus
ssRNA
Mitovirus
ssRNA
Partiviridae
Reoviridae
Totiviridae
Alphaflexiviridae
Gammaflexiviridae
Narnaviridae
Page 14
Virus of Fungi
Rhizidiovirus
Virion
• Virus capsid tidak beramplop
• simetri ikosahedral.
• nucleocapsidnya isometric
• Diameter 60 nm.
Host
• Fungi
• Hyphochytridiomycota
Spesies
Rhizidiomyces virus (RZV)
host : Rhizidiomyces sp.
Page 15
Virus of Fungi
Hypovirus
Spesies
Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1)
Cryphonectria hypovirus 2 (CHV-2)
Cryphonectria hypovirus 3 (CHV-3)
Cryphonectria hypovirus 4 (CHV-4)
Virion
Tidak punya capsid.
dsRNA genomenya terencapsulasi
memanjang dengan enzim replikasi
viralnya di dalam host-derived lipid
pleomorphic vesicles (50-80nm in
diameter).
Host
Cryphonetria parasitica
Sclerotinia scleroliorum
Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1)
Page 16
Virus of Fungi
Partitivirus
Virion
Kapsid ikosahedral
Tidak beramplop
Diameter 30-35 nm
Simetri ikosahedral
Contoh :
Atkinsonella hypoxylon virus
(AhV)
Page 17
Virus of Fungi
Mycoreovirus
Virion
• tidak beramplop
• Ikosahedral virion dengan struktur kapsid ganda
• diameter 80 nm
Spesies
mycoreovirus 1:
Cryphonectria parasitica mycoreovirus-1 (CpMYRV-1)
mycoreovirus 3:
Rosellinia necatrix mycoreovirus-3 (RnMYRV-3)
Cryphonectria parasitica adalah fungi yang menyerang tanaman Castanea spp.
Tetapi juga terkenal dapat merusak berbagai Quercus spp
Page 18
VIRUS OF YEAST
Page 19
Virus of Yeast
Virus pada ragi Saccharomyces
cerevisiae
Page 20
Virus of Yeast
Saccharomyces cerevisiae killer virus M1
Saccharomyces cerevisiae disebut “killer” karena
membawa ds-RNA virus yang menyebabkan mereka
dapat mensekresi sejumlah toksin yang bersifat letal
untuk sel tertentu
Virus M1 (kategori M spesies) merupakan jenis double
stranded RNA (ds-RNA) virus pada S.cerevisiae yang
berukuran 1.7-2.1 kbp (lebih kecil dari L spesies yang
berukuran 4.5)
Termasuk cytoplasmic viruslike particles (VLPs).
Saccharomyces cerevisiae killer virus M1  mengkode
toksin K1 dan K28 yang spesifik untuk mekanisme
imunitas
Page 21
Virus of Yeast
Saccharomyces cerevisiae killer virus M1
Produk protein inisial dari proses translasi M ds-RNA
disebut prepotoksin. Target prepotoksin adalah secretory
pathway dari yeast. Prepotoksin diproses untuk
menghasilkan α/β dimer yang bertindak sebagai bentuk
aktif dari toksin
Mekanisme Toksin K1:
K1 berikatan dengan β-1,6-D-glucan receptor pada
dinding sel target  masuk ke dalam sel berikatan
dengan reseptor plasma membran Kre1p  Membentuk
kation-selektif channel ion pada membran yang bersifat
letal pada sel
Page 22
Virus of Yeast
Saccharomyces cerevisiae killer virus M1
Mekanisme toksin K28:
K28 menggunakan reseptor
α-1,6-mannoprotein untuk
masuk ke dalam sel
Toksin prekursor dapat
diimpor ke retikulum
enoplasma setelah
diproses di RE, K28 pindah
ke sitoplasma dan
menghentikan sintesis DNA
pada nukleus, meransang
terjadinya apoptosis
Page 23
Virus of Yeast
Sekilas Mengenai “Killer Yeast”
• Killer yeast = ragi (Saccharhomyces cereviseae) yang
membawa virus dengan RNA untai ganda.
• Virus tersebut membuat ragi menghasilkan sejumlah protein
racun yang bersifat lethal terhadap sel reseptor.
• Jenis ragi ini bersifar imun terhadap efek racun dari protein
tersebut dikarenakan mempunyai kekebalan intrinsik.
• Strain “Killer Yeast “ dapat menyebabkan masalah dalam
proses komersial  membunuh strain yang diinginkan untuk
ditumbuhkan.
Page 24
Virus of Yeast
Contoh
ScV-L
-
Double-stranded RNA sederhana
-4,8 kbp RNA (L) encapsidated in isometric
Memiliki dua jenis dsRNAs,
Yang terbesar adalah 4,9 kbp mengkode the plopeptida
kapsul terbesar
- Yang terkecil dsRNA (M) adalah 1,9 kbp mengkode a
polipeptida yang mensekresi toxin (killer factory)
Page 25
Virus of Yeast
• Virus ini mencegah pertumbuhan dari
strains yeast liar yang sensitif
• Menebabkan kontaminasi dai fermentasi
alkohol.
• Aktivitas volatil yang tinggi, memproduksi
H2S
Page 26
Virus of Yeast
Taksonomi Yeast Virus
Saccharomyces cerevisiae virus L-A
Klasifikasi Virus :
Grup: Grup III (dsRNA)
Famili: Totiviridae
Genus: Totivirus
Page 27
Virus of Yeast
 Virus yang telah dijelaskan sebelumnya dinamakan sebagai
Saccharomyces cereviseae virus L-A.
 Merupakan virus dengan RNA untai ganda dan mempunyai bentuk
ikosahedral.
 Mempunyai sebuah segmen genomik tunggal sepanjang 4.6 kb yang
mengkode protein coat utamanya: Gag (76 kDa) dan sebuah protein
fusi Gag–Pol (180 kDa) dan beberapa sekuen satellite RNA untai
ganda = M dsRNAs.
 Segmen genomiknya mengkode:
a. protein coat virus
b. protein yang dapat mereplikasi genom virus
 M dsRNAs mengkode:
a. toksin protein sekresi (the Killer Toxin).
b. immunitas terhadap toksin tersebut.
Page 28
Virus of Yeast
Pemanfaatan “the Killer Toxins”
 Untuk mengidentifikasi strain  Morace, Archibusacci, Sestito and
Polonelli (1984) menggunakan toksin yang dihasilkan dari 25 spesies ragi
untuk membedakan di antara sebanyak 112 strain patogen strains,
berdasarkan sensitifitasnya terhadap tiap toksin.
 Untuk mengontrol pertumbuhan ragi yang tidak diinginkan Polonelli
et al. (1994) menggunakan sebuah “killer yeast” untuk mengontrol
pertumbuhan C. albicans.
 Untuk agen antifungiBeberapa eksperimen menunjukkan bahwa antibodi
yang mempunyai aktivitas biologis serupa dengan “the Killer Toxins” dapat
digunakan sebagai agen antifungi.
Page 29
VIRUS OF PARASITIC
MICROORGANISM
Page 30
Apa itu Parasit?
• Parasit adalah organisme yang hidup pada inang
untuk memperoleh nutrisi tanpa memberikan
keuntungan pada inang tersebut. Bahkan
cenderung merugikan pada inang.
• Beberapa contoh parasit diantaranya adalah
protozoa, yeast, atau organisme multisellular
lainnya seperti fungi atau cacing.
Page 31
Protozoa
• Protozoa merupakan hewan bersel tunggal,
berinti banyak dan tidak memiliki dinding sel.
Ukurannya antara 3-1000 mikron dan
merupakan organisme mikroskopis bersifat
heterotrof.
• Beberapa jenis protozoa bersifat parasit dan
menyebabkan penyakit pada manusia dan
hewan ternak.
Page 32
Penemuan Virus pada
Protozoa
• Virus atau partikel seperti virus telah terobservasi pada
beberapa protozoa, yaitu Leishmania, Entamoeba histolytica,
Acanthamoeba sp., Naegleria, Plasmodium vivax, P. berghei,
Paramecium aurelia, Carchesilun polypinum dan 19notocoma
sabellarum.
• Pada strain tertentu Paramecium aurelia ditemukan adanya
fenomena ‘pembunuh’ (killer) yang berkaitan dengan
keberadaan sejumlah partikel yang disebut sebagai kappa di
dalam sitoplasmanya.
Page 33
Kappa
• Status biologis kappa dan partikel terkait, telah lama menjadi
subjek investigasi intensif dan memunculkan banyak spekulasi.
• Kappa telah diamati sebagai elemen genetika endegenous,
virus, rickettsia, bakteri atau alga degenerasi. Bukti yang
mendukung bermacam sudut pandang sangat sedikit dan
kebanyakan tidak dapat dibuktikan.
• Sonneborn (1938) menyebut partikel infeksi, innterselular
parasit, menjadi manifestasi sebuah level organisasi
protoseluler,yang akan menentukan perbedaannya dari tipe
bakteri.
Page 34
Membedakannya..
• Ukuran, sensitivitas pada antibotik, reproduksi dengan
pembelahan transverse dan keberadaan DNA dan RNA pada
partikel yang sama akan menjadikan mereka seperti rickettsia
atau bakteri.
• Sebaliknya, ketiadaan atau sedikitnya enzim dan kegagalan
pertumbuhan ekstraseluler akan membuat mereka seperti
virus. Konsentrasi DNA dan RNA pada Kappa dan partikel
lambda sangat mirip dan tidak dapat membedakan partikel ini
dari bakteri.
Page 35
• Keberadaan kappa bergantung kepada gen kromosomal dominan
K. Beberapa peneliti, seperti T.M. Sonneborn, mengamati bahwa sel
P. aurelia yang mengandung partikel-partikel kappa akan
menghasilkan senyawa beracun yang dapat mematikan strain-strain
protozoa lainnya yang ada di sekitarnya. Senyawa beracun ini
selanjutnya disebut sebagai paramesin, sedangkan partikel-partikel
kappa ternyata merupakan bakteri simbion yang kemudian dikenal
dengan nama Caedobacter taeniospiralis, yang artinya bakteri
pembunuh berbentuk pita spiral.
Page 36
Kelas Kappa pada Paramecium
Page 37
Virus Taxonomy
Page 38
00.075.0.03.001.
Leishmania brasiliensis virus 1-1
.
Nama, Sinonim dan Silsilah
Sinonim: Leishmania RNA virus-1. ICTV memberi akronim LRV1-1.
Termasuk tipe spesies genus Leishmaniavirus, famili
00.075.Totiviridae
ICTVdB Virus Code: 00.075.0.03.001. nomor assesi Virus : 75003001.
kode Obsolete virus: 75.0.3.0.001; nomor assesi superced:
75030001.
NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 58103.
Page 39
Sifat Virion
Leishmania brasiliensis virus 1-1
• Morfologi
Virion memiliki capsid tanpa amplop, melingkar dengan icosahedral
simetri. Isometric capsid berdiameter 33 nm.
• Asam Nukleat
Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear,
dsRNA. Panjang genom komplitnya 5284 nukleotida.
accession number [M92355].5'-end genom tidak memiliki cap
(penutup).
• Protein
Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.
Page 40
Sifat Biologi
Leishmania brasiliensis virus 1-1
Inang Alami
• Domain
Domain Eucarya.
• Domain Eucarya
Protoctistae.
Page 41
Giardia lamblia
Giardia lamblia adalah protozoa penyebab
giardiasis, mengganggu pencernaan,
dengan berdiam di usus. Menginfeksi
dengan membentuk cyst pada saluran
pencernaan dan menyebabkan diare dan
infeksi usus.
Page 42
00.075.0.02.001.
Giardia lamblia virus
Nama, Sinonim dan Silsilah
ICTV memberi akronim: GLV.
tipe genus 00.075.0.02. Giardiavirus;
family 00.075. Totiviridae.
CTVdB Virus Code: 00.075.0.02.001. Virus
accession number: 75002001. Obsolete
virus code: 75.0.2.0.001; superceded
accession number: 75020001.
NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID:
29255.
Page 43
Sifat Virion
Giardia lamblia virus
• Morfologi
Terdiri atas capsid tanpa amplop, membulat dengan icosahedral
simetri, isometric capsid berdiameter 36 nm.
• Asam Nukleat
Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear,
dsRNA. Panjang genom komplitnya 7000 nukleotida. 5'-end genom
tidak memiliki cap (penutup). accession number [L13218].
• Proteins
Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.
Page 44
Sifat Biologis
Giardia lamblia virus
Inang Alami
• Domain
Domain Eucarya.
• Domain Eucarya
Protoctistae.
Page 45
Acanthamoeba polyphaga
•Acanthamoeba adalah patogen pada manusia yang
menyebabkan enchephalitis fatal (infeksi otak) yang
jarang terjadi dan berpotensi menyebabkan infeksi
kebutaan pada kornea (keratitis)
•Ditemukan (1980) amoeba dari mata yang terinfeksi,
yang kemudian dihubungkan dengan trauma pada mata.
•Pada pertengahan 1980 kasus terjadi pada pengguna
lensa kontak, penggunannya menjadi sangat beresiko
dengan 95% kasus keratitis adalah pengunannya.
Page 46
00.110.0.01.001.
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
Nama, Sinonim, dan Silsilah
Sebelumnya dikenal sebagai Misnomer bradfordcoccus,
baru setelah diketahui sebagai virus. Termasuk ke
dalam Mimivirus.
ICTVdB Virus Code: 00.110.0.01.001. Virus accession
number: 11001001. NCBI Taxonomy ID: 212035.
Page 47
Sifat Virion
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
• Morfologi
Virion memiliki capsid tanpa amplop,capsid berbentuk bola dengan
icosahedral simetri.Isometric capsid berdiameter 300-400nm dan
memiliki fibril dengan panjang 80 nm. Capsid virion terusun atas
multilayer. Capsid hexagonal.
Menunjukan warna gram-positive pada pewarnaan gram.
• Sifat Psikokimia dan Fisika
Virions memiliki buoyant density dalam CaCl sekitar1.36 g cm–3.
.
Page 48
Sifat Virion (2)
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
• Asam Nukleat
Genomnya tidak segmented dan memiliki molekul tunggal dsDNA
sirkuler. Sequence komplit 1181404 nucleotida, dengan accession
number [AY653733] yang mengkode1262 genes.
• Lipid
tidak ada Lipid
• Karbohidrat
Tidak ditemukan karbohidrat
• Antigenitas
Penentuan antigen dapat ditemukan pada permukaan virion yang
berkoresponden pada 35 KDa polipeptida, dan dapat ditentukan
dengan uji immunoblotting.
Page 49
Sifat Biologis
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
• Inang Alami
Domain Eucarya, Protoctista
• Protoctista
Divisi Amoebozoa.
• Klasifikasi Inang
Family Amboebidae; Acanthamoeba polyphaga.
Page 50
Daftar Pustaka
•
Anonim 1, 2009. Hygiene - Viruses, Bacteria, and Parasites.http://www.scientificpsychic.com-health-hygiene.html.
Tanggal Akses : 6 November 2009.
•
Anonim 2, 2009. Protozoa. http://www.e-dukasi.net/mol/mo_full.php?moid=134&fname=bio_106_kb1_hal5.htm.
Tanggal Akses : 7 November 2009.
•
Anonim 3, 2009. Viruses in Protozoa. http://www.microbiologyprocedure.com/virus-structure-andclassification/viruses-in-protozoa.htm. Tanggal Akses : 7 November 2009.
•
ICTVdB Management (2006). 00.075.0.02.001. Giardia lamblia virus. In: ICTVdB - The Universal Virus Database,
version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA
•
Büchen-Osmond, C. (Ed) (2006). 00.110.0.01.001. Acanthamoeba polyphaga mimivirus. In: ICTVdB - The Universal
Virus Database, version 4. ICTVdB Management, Columbia University, New York, USA
•
ICTVdB Management (2006). 00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1. In: ICTVdB - The Universal Virus
Database, version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA
•
SONNEBORN, T. M. (1938). Mating types, toxic interactions and heredity in Paramecium aurelia. Science, N.Y. 88,
503
Page 51
• W. J. Van Wagtendonk, Jo Ann D. Clark and G. A. Godoy, 1963 National Academy of Sciences
• Zaifbio, 2009. Sterilitas Jantan pada Jagung. http://zaifbio.wordpress.com/2009/11/01/sterilitas-jantan-pada-jagung/. Tanggal
Akses : 7 November 2009. http://www.esrf.eu/events/Seminars/chantal-abergel-18september2009
• Anonim 1, 2009. Virus-like particle. http://en.wikipedia.org/wiki/Virus-like_particle (8 Novembr 2009)
• Anonim 2, 2009. Viral Zone. http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/230.html. (8 Novembr 2009)
• Fauquet,C. 2009. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. Academic Press.
• Schmitt, M.J. and D J Tipper, 1990, K28, a unique double-stranded RNA killer virus of Saccharomyces cerevisiae.
http://mcb.asm.org/cgi/content/abstract/10/9/4807 (8 November 2009)
Page 52